Informacija

Lyginamieji kojų dydžiai

Lyginamieji kojų dydžiai



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Kai buvau vaikas, tėvas man parodė klasikinę esė „Apie tinkamą dydį“ J. B. S. Haldane. Jame (be kita ko) kalbama apie tai, kaip dideliems gyvūnams reikia storesnių kojų, kad išlaikytų savo svorį. Sveriu maždaug tiek pat, kiek 350 svarų elnio koja, bet mano kojų skersmuo artimesnis 1500 svarų arklio kojoms. Kodėl?


Yra įdomus ryšys tarp gyvūno šlaunikaulio ilgio, storio ir storio masės. Reikėtų atsižvelgti į tai, kad kaulai gali būti skirtingo tankio ir todėl gali išlaikyti skirtingą kiekį. Jūsų kojos raumuo taip pat nieko nedaro, kad išlaikytų jūsų svorį, jis (iš esmės) yra kaule. Jei žiūrite vien tik į koją, tai nelabai ką pasakys, kad reikia nuimti audinį ir iš karto gauti išmatavimus. Atsižvelgiant į skirtingas įvairių gyvūnų vartų strategijas, tai gali lemti skirtingą koją supančių raumenų lygį ir gali supainioti jūsų atsakymą.

MIT fizikos profesorius Walteris Lewinas vedė paskaitų ciklą, kur pirmoje paskaitoje jis kalbėjo apie santykinius gyvūnų šlaunikaulio dydžius ir storį, ir tai tikrai įdomu (http://www.youtube.com/watch?v =PmJV8CHIqFc – nuo ​​11 minučių iki 22 minučių). Trumpas atsakymas buvo toks, kad storio ir ilgio santykis išlieka panašus, palyginti su ilgiu.


Lyginamoji priekinės kojos morfologija sraigtiniuose drugeliuose: dydžių alometrija, poditų susiliejimas ir ontogenijos bei filogenijos praradimai

Sraigtinių drugelių (Nymphalidae, Heliconiinae, Heliconiini) priekinės kojos yra mažesnės, palyginti su mezotorakalinėmis ir metathoracinėmis kojomis. Patinams jie neatlieka jokios akivaizdžios funkcijos, bet patelės jas naudoja mušdamos augalus-šeimininkus, o tai susiję su kiaušialąsčių išsidėstymo vietos parinkimu. Čia, atsižvelgdami į visas pripažintas helikoninių drugelių linijas, aprašėme jų tarsi optine ir skenuojančia elektronų mikroskopija ir ieškojome poditų susiliejimo bei nuostolių, analizavome alometriją statiniu, ontogenetiniu ir filogenetiniu lygmenimis. Patelės buvo panašios, klubo formos, su nuo keturių iki penkių tarsomerų, kurių kiekviena turėjo sensilla chaetica ir trichodea. Patinėliai buvo cilindriniai, sudaryti iš penkių (anksti besiskiriančių giminių) iki vienos (palikuonių giminės) iš dalies arba visiškai susiliejusių tarsomerų, visi be sensilla. Pretarsi sumažėjo abiejų lyčių atstovams, kai kurioms rūšims jie buvo neryškūs arba jų nėra. Beveik visų rūšių patinų tarsalo ilgis buvo mažesnis. Tiek histologiniu, tiek morfometriniu lygiu buvo nustatytas staigus priekinių kojų dydžio sumažėjimas lydymosi metu iki paskutinio lervos stadijos. Abiejų lyčių atstovų dauguma populiacijos lygmeniu nustatytų priekinės ląstos kojų alometrinių koeficientų buvo neigiami, palyginti su mezotorakaline koja ir sparnais. Prothoracinis tarsi proporcingai mažėjo savo dydžiu evoliucijos metu. Didžiausios ir mažiausiosios reikšmės buvo nustatytos atitinkamai seniausios ir jauniausios giminės mazguose. Mūsų rezultatai rodo, kad spiralinių drugelių priekinės kojos evoliucija buvo pagrįsta poditų praradimu ir susiliejimu, kartu su neigiama dydžio alometrija statiniu, ontogenetiniu ir filogenetiniu lygiais. Vyrams šie procesai buvo ryškesni. Mūsų tyrimas papildomai patvirtino hipotezę, kad šių kojų struktūrų evoliuciją skatina patelės, pasirinkdamos kiaušialąsčių vietą, pakeisdamos jų naudojimą nuo vaikščiojimo iki būgnų. Patinams koja buvo atrinkta dėl funkcijos nebuvimo ir dėl to laipsniškai mažėjo, dėl podites susiliejimo ir praradimo.

Raktiniai žodžiai: Alometrinis augimas Būgnumo elgsena Evoliuciniai nuostoliai Helikoniniai drugiai Šeimininko augalų atranka Vabzdžių kojos.


Funkcijų keitimas pagal kūno dydį: teorijos ir faktai

1 pav. "Kodėl maži gyvūnai gyvena greičiau ir trumpiau?" 'Kas lemia gyvenimo tempą?' Tai klausimai, kurie biologus domina jau daugiau nei 150 metų, dėl kurių kyla diskusijos tarp teoretikų ir eksperimentatorių, kurios tęsiasi ir šiandien. Dar 1839 m. Sarrus ir Rameaux (1839 m.) suprato, kad medžiagų apykaitos galia negali padidėti trečiąja tiesinės dimensijos arba kūno masės galia, o ją riboja gebėjimas atsikratyti sveikų organizmų, kad organizmai išlaikytų energijos balansą, medžiagų apykaitą. gali skirtis tik proporcingai jų paviršiaus plotui. Rubneris (1883) iš tikrųjų nustatė, kad medžiagų apykaitos greitis šunims buvo proporcingas kūno paviršiaus plotui, ir pasiūlė jį didinti kūno masę padidinus iki 2/3. Gavęs bazinio metabolizmo greičio (BMR) įvertinimus daugeliui mažų ir didelių rūšių, Kleiber (1932) eksperimentiniu būdu nustatė (beveik) 3/4 eksponentą, apibūdinantį ryšį tarp BMR ir kūno masės, o ne 2/3 eksponento. Numatyta iš Rubnerio įstatymo. Kleiberio „dėsnis“ buvo patvirtintas daugybe tyrimų (Schmidt-Nielsen, 1984), nors jis ir toliau ginčijamas.

Knutas Schmidtas-Nielsenas 1977 m. išvyko į Masai Marą Kenijoje su C. Richardu Tayloru iš Harvardo universiteto ir Ewaldu R. Weibeliu iš Berno universiteto ir jų bendradarbiais, dirbančiais Afrikos žinduolių metabolizmo greičio mažinimo srityje.

Šis specialus numeris skirtas Knutui Schmidtui-Nielsenui – pradininkui, mentoriui, draugui

Knutas Schmidtas-Nielsenas 1977 m. išvyko į Masai Marą Kenijoje su C. Richard Taylor iš Harvardo universiteto ir Ewaldu R. Weibeliu iš Berno universiteto ir jų bendradarbiais, dirbančiais Afrikos žinduolių medžiagų apykaitos greičio mažinimo srityje.

Šis specialus numeris skirtas Knutui Schmidtui-Nielsenui – pradininkui, mentoriui, draugui

Skirtingai nuo Rubnerio paviršiaus įstatymo, Kleiberio 3/4 eksponentas yra mįslingas ir neturi jokio akivaizdaus ryšio su kūno dizainu. Siekis paaiškinti tokį svarbų alometrinį ryšį paskatino naujas teorijas. McMahon (1975) sukūrė elastingo panašumo koncepciją, teigdamas, kad atraminių konstrukcijų elastingumo gedimo tikimybė turėtų būti panaši visų dydžių gyvūnams. Šios analizės rezultatai rodo, kad mažesnių gyvūnų kojos gali būti lieknesnės nei didelių gyvūnų. Atsižvelgiant į elastingumo panašumą ir į tai, kad raumenų darbo jėgos sąnaudos yra proporcingos raumenų skerspjūvio plotui, gaunamas 3/4 MR skalės dydis, taigi mastelio teorija ir eksperimentiniai įrodymai gali būti suderinti. Naudodami visiškai kitokį intelektualų požiūrį, West ir kt. (1997) visai neseniai rėmėsi gyvūnų (energiją) paskirstančio kraujagyslių tinklo fraktaliniu pobūdžiu, kad iš pirmųjų principų gautų 3/4 mastelio eksponentą. Panašų metodą, kuris taip pat suteikia 3/4 mastelio koeficientą, bet naudojant mažiau prielaidų, pasiūlė Banvar ir kt. (1999). Bejano „konstrukcinė teorija“ (Bejan, 2000 ir p. 1677) taip pat paaiškina 3/4 mastelio eksponentą, manydama, kad srauto architektūra gali būti išvedama vienu srovių prieigos maksimizavimo dėsniu.

Taigi, kur mes esame šiandien? Šiame apžvalgos tome bandoma atsakyti į šį klausimą skirtingų sričių mokslininkams pristatyti savo teorijas arba eksperimentinius duomenis. Supriešinus teorijas su duomenimis, diskusijos tampa skaidrios ir skaitytojas turi pasirinkti savo pasirinkimą – susitikimas, vykęs prieš šį tomą, neabejotinai buvo kupinas daugybės ir karštų diskusijų, be jokių konfliktų sprendimo. Buvo tik vienas sutarimas, kurį galėjo pasiekti visi dalyvaujantys: „yra pleiskanojimas“ – bet „kaip“ ir „kodėl“?

Kalbant apie principų klausimą, yra du iš esmės skirtingi požiūriai, kuriais grindžiami čia pateikti dokumentai. (1) Eksperimentalistai tyrinėja įspūdingą gamtoje pasitaikančių variacijų spektrą, vienas atvejis yra pagrindinių gyvūnų plano moduliavimas, siekiant pritaikyti tas pačias funkcijas įvairaus dydžio kūnuose, nuo 2 g iki 5 tonų žinduolių, tuo tarpu(2) Teoretikai ieško paaiškinimų iš pirmųjų empiriškai nustatytų santykių principų, pavyzdžiui, medžiagų apykaitos greičio mastelio atsižvelgiant į kūno dydį. Idealiu atveju teorijos prognozės turėtų būti paremtos įrodymais, tačiau čia esmė ta, kad gyvenimo sąlygos ne visada yra paprastos. Pavyzdžiui, svarbu suvokti, kad gyvūno medžiagų apykaitos greitis priklausys nuo daugelio veiksnių ir gali lengvai skirtis 10 ar daugiau faktorių, priklausomai nuo aktyvumo lygio. Nors 3/4 galios dėsnis numato, kad 20 g sveriančios pelės bazinis metabolizmo greitis yra penkis kartus didesnis nei 500 kg sveriančio lenktyninio arklio, kai šie du gyvūnai bėga taip sunkiai, kaip gali, pasiekia maksimalų medžiagų apykaitos greitį. gramų kūno masė yra beveik tokia pati. Todėl sąlygos, kuriomis atliekami matavimai, turi būti aiškiai apibrėžtos, o teorijos turi atsižvelgti į šį metabolinės apimties skirtumą. Teorija ir eksperimentai galiausiai turi susilieti.

Kas galiausiai lemia funkcijos mastelį atsižvelgiant į kūno dydį? Atsakymą į tai galima rasti tik kuriant mechanines teorijas, pagrįstas pagrindinių funkcinių principų ir procesų supratimu. Kalbant apie medžiagų apykaitos greitį, šiame numeryje pateikiami du galingi „modeliai“ arba „teorijos“ (West ir kt., p. 1575 ir Bejan, p. 1677), kurie abu numato, kad medžiagų apykaita turėtų padidėti 3/4 kūno masės galia Mb remiantis konstrukcinėmis kraujagyslių sistemos savybėmis. Biologui tai atrodo sunku priimti a priori kad energijos panaudojimo greitį gyvūnams turėtų lemti jų „kuro tiekimo“ sistema: jis manytų, kad gyvūnai yra sistemos, kurias lemia paklausa, o ne energijos pasiūla. Kraujagyslės yra labai lanksčios ir buvo atrasti molekuliniai mechanizmai, galintys pritaikyti pasiūlą prie audinių poreikio. Bet galbūt tai nėra taip paprasta. Galimas tiekimo problemos sprendimas prieš medžiagų apykaitos paklausos kontrolę siūlo Suarezo ir Darveau pasiūlymas „daugiapakopis metabolinio mastelio reguliavimas“ (p. 1627). Jie mano, kad pasiūlos ir paklausos sistemos vystėsi kartu ir kad stebimas metabolinis mastelio keitimas yra įvairių žingsnių (alometrinio kaskados modelio), kontroliuojančių tiek pasiūlos, tiek paklausos procesus, svarbius nustatant energijos naudojimo greitį gyvūnams, pasekmė (Darveau ir kt. al., 2002). Tačiau problema yra ta, kad tokį modelį sunku redukuoti iki pirmųjų principų ir kad galios dėsnio mastelio keitimas tiesiogiai neišplaukia iš teorijos. Be to, jei visi nuoseklūs žingsniai bus suderinti su integruotu našumo lygiu, bus sunku, jei ne neįmanoma, atskirti pirminį ir antrinį poveikį.

Antrasis BMR modeliavimo 3/4 galios įspėjimas yra tas, kad BMR yra tik viena ir gana dirbtinė gyvūno gyvenimo būsena, nes ji atspindi absoliutų energijos poreikių minimumą. Tačiau energijos tiekimas turi atitikti daugybę skirtingų funkcinių ar metabolinių būsenų. Kuris iš jų turi stipriausią evoliucinį poveikį? Galbūt būtų geriau apsvarstyti lauko medžiagų apykaitos greičio (FMR) mastelį – vidutinį medžiagų apykaitos greitį, kurį gyvūnai efektyviai išeikvoja per ilgesnį laiką, vykdydami savo kasdienę išgyvenimo veiklą (žr. Nagy, 1999 ir p. 1621). Viršutinis tiksliai apibrėžtas metabolizmo apimties galutinis taškas – maksimalus medžiagų apykaitos greitis (MMR), kurį pasiekia gyvūnai, bėgiojantys maksimalios aerobinės energijos srauto sąlygomis (Weibel ir kt., 2004 Weibel ir Hoppeler, p. 1635), taip pat gali būti svarstoma ir analizuojama atsižvelgiant į „mastelio dėsnius“, nes tai būsena, kuri gali būti labai svarbi išlikimui, taigi ir atrankai evoliucijoje. Žvelgdami į tris šio JEB numerio indėlius, susijusius su BMR, FMR ir MMR, negalime rasti įtikinamų įrodymų, kad medžiagų apykaitos greitis padidėtų 3/4 galios esant bet kuriai iš šių sąlygų. White ir Seymour (2000, ir p. 1611) teigia, kad pastebėtas 3/4 BMR galios mastelis yra didelių žolėdžių įtraukimo į paskelbtus BMR duomenų rinkinius artefaktas, nes šie gyvūnai po absorbcijos užtrunka labai ilgai. dėl maisto produktų fermentacijos ir dėl to išpūsti pleiskanojimą. Jie praneša, kad „tikrasis“ BMR rodiklis yra 0,686, artimesnis Rubnerio pasiūlytam 2/3 laipsniui. FMR atveju Nagy (p. 1621) praneša apie 229 žinduolių, paukščių ir roplių rūšių mastelio rodiklius nuo <0,6 iki >0,9. Nustatyta, kad žinduoliams, sveriantiems nuo 7 g iki 500 kg, MMR mastelio koeficientas yra 0,872, o tai yra identiška šių gyvūnų raumenų mitochondrijų tūrio masteliui (Weibel ir Hoppeler, p. 1635). Ar, atsižvelgiant į visas šias sąlygas, galima rasti paprastą universalų medžiagų apykaitos greičio nustatymo dėsnį, kuris būtų paremtas arba bent jau nepaneigiamas eksperimentiniais duomenimis?

Visa tai turime turėti omenyje, kad stebimas bendras medžiagų apykaitos greitis atspindi daugybę viso kūno funkcijų, nuo ląstelių veiklos iki judėjimo, nuo kraujo apytakos iki virškinimo, kvėpavimo ar reprodukcijos ir daug daugiau. Todėl į šį tomą įtraukėme daugybę indėlių, apimančių ne tik medžiagų apykaitą, kad galėtume plačiau apžvelgti dabartines mastelio keitimo problemas, kurias mato žymūs lyginamieji biologai. Trumpos jų santraukos yra aprašytos „JEB viduje“. Visos šios funkcijos vykdomos gerai integruotoje sistemoje, kai vienos funkcijos veikia lygiagrečiai, o kitos – nuosekliai. Ar tokia sistema gali būti paprasta ir sumažinama iki pirmųjų principų? O gal sudėtingumo teorija gali padaryti sudėtingą sistemą paprastą? Šie klausimai yra pagrindas tolesniems apmąstymams, kuriuos, tikimės, paskatins čia surinkti dokumentai.


2 mintys apie &ldquo Svarbus dydis &rdquo

Žavi! Bet labai liūdna dėl dramblio Tusko. Kokia tragiška istorija.

Man labai patinka tai, ką JBS Haldane turi pasakyti šia tema:
“Akivaizdžiausi skirtumai tarp skirtingų gyvūnų yra dydžių skirtumai, tačiau dėl tam tikrų priežasčių zoologai jiems skyrė ypač mažai dėmesio. Dideliame zoologijos vadovėlyje nerandu jokių požymių, kad erelis būtų didesnis už žvirblį ar begemotas už kiškį, nors kai kurie niūrūs prisipažinimai daromi pelės ir banginio atveju. Tačiau lengva parodyti, kad kiškis negali būti toks didelis kaip begemotas, o banginis – mažas kaip silkė. Kiekvienam gyvūno tipui yra patogiausias dydis, o didelis dydžio pasikeitimas neišvengiamai pasikeičia ir formos.”


Diskusija

Genomo surinkimas

Keturių chromosomų rasių genomai viatica rūšių grupė, kurią čia surinkome su 2,94–3,27 Gb rinkinio dydžiu, yra trečias pagal dydį surinktas vabzdžių genomas, iš kurių didžiausias yra du skėriai amūrai. L. migratoria ir Schistocerca gregaria su atitinkamai 6,5 ir 8,6 Gb surinkimo dydžiais [55, 56]. Manome, kad genomo dydžio įverčiai, pagrįsti k-mer analize, geriau atspindi šių amūrų genomo dydį nei genomo rinkinio dydžius, nes labai pasikartojančios sekos (pvz., centromerai, telomerai, satDNR, nerekombinanti lyties chromosomų dalis) gali sugriūti. surinkimo procesas [66, 67, 78, 79]. Tačiau du skirtingi k-mer metodai davė gana skirtingus įvertinimus tarp chromosomų rasių (3,30–3,82 Gb pagal Supernova ir 5,42–6,32 Gb pagal findGSE), kurių priežastys lieka neaiškios. Dideli surinktų genomų kontigų dydžio skirtumai (kontig N50 29,11–35,69 kb) viatica rūšių grupė, L. migratoria (tęsinys N50 10,78 kb) [55] ir S. gregaria (contig N50 12,03 kb) [56] tikriausiai yra dėl skirtingų DNR bibliotekos paruošimo ir sekos nustatymo metodų. The L. migratoria genomas pagrįstas trumpais Illumina skaitymais (2 × 45–150 bp suporuotas galas) su keliomis intarpo dydžio bibliotekomis (ty keturiomis suporuotomis bibliotekomis, kurių dydis svyruoja nuo 170 iki 800 bp, ir penkiomis mate-porų bibliotekomis, kurių dydis svyruoja nuo 2 iki 40 kb. ). S. gregaria surinkimas naudojo suporuoto galo ir poros „Illumina“ trumpus skaitymus ir „PacBio“ ilgus skaitymus. N50 (158 kb) pastoliai S. gregaria genomo mazgas (8,6 Gb) yra mažesnis nei pastoliai N50 (326 kb) L. migratoria ir pastoliai N50 (317 kb), kuriuos gavome P24X0 lenktynėse. Be to, S. gregaria genomo surinkimas yra dar labiau suskaidytas nei L. migratoria kaip rodo BUSCO balai (žr. [56]), o tai rodo, kad tokių didelių žiogų genomų surinkimas yra sudėtingas net naudojant aukščiau pateiktų technologijų derinį. Nors mažesni genomo rinkiniai viatica rūšių grupė buvo gretesnė nei rinkinys L. migratoria, juose vis dar buvo trūkstamų ir suskaidytų genų. Tai gali būti dėl 1) didelio pasikartojančių nekoduojančių DNR skaičiaus, 2) intronų gigantizmo, 3) klaidų surinkimo proceso metu, 4) iš tikrųjų trūkstamų genų, 5) nesėkmės identifikuojant bet kokias reikšmingas atitikmenis ir (arba) 6) nesėkmę. genų numatymo etape sukurti net dalinį geno modelį, kuris galėjo būti atpažintas kaip suskaidytas BUSCO atitikmuo [65]. Tarp jų, mes įtariame, kad intronų gigantizmas ir pasikartojantys elementai gali būti pagrindinės sąrankos suskaidymo priežastys, nes intronų, tarpgeninių regionų ir pasikartojančių elementų ilgis žioguose yra daug didesnis nei D. melanogaster [55, 56], pavyzdžiui.

TE dinamika ir genomo evoliucija

Maždaug 66–72% genomo rinkinio viatica rūšių grupė atitinka TE. Jie yra net didesni nei 60–62 %, apie kuriuos pranešta apie genomo mazgus L. migratoria [55] ir S. gregaria [56], greičiausiai dėl metodologinių metodų, skirtų TE komentuoti, derinio, kurį naudojome. Atsižvelgiant į didelį Eumastacoidea ir Acridoidea skirtumą (

Prieš 197 milijonus metų [38]), dvi ortopterų superšeimos, kurioms priklausė viatica atitinkamai priklauso rūšių grupei ir skėriams amūrai, šie radiniai rodo, kad amūruose yra plačiai paplitę dideli pasikartojimai. The S. gregaria genomo rinkinyje yra 18 815 anotuotų genų, o L. migratoria genomo surinkimas turi panašų anotuotų genų skaičių (17 307), kaip ir neseniai praneštų dviejose svirplių rūšyse, kurių genomo rinkinio dydis yra 1,6 Gb (TE kiekis 40 % [80]), o tai rodo, kad šiuose ortopteranuose nėra dalinio ar viso genomo dubliavimosi įvykių. giminės. Be to, nebuvo įrodymų apie tokius didelio masto genomo dubliavimo įvykius viatica rūšių grupę, nes buvo dubliuoti tik 3–5% BUSCO genų. Todėl dideli šių amūrų genomo dydžiai greičiausiai atsiranda dėl TE išsiplėtimo, kuris buvo koreliuojamas su genomo dydžio evoliucija visame Gyvybės medyje [2, 81]. Iš tiesų, pastaruoju metu mes nustatėme didžiulį šimtų Mb (tarp 314 ir 464 Mb) TE grupių amplifikaciją viename genomo rinkinyje, o tai yra žymiai didesnis nei apskaičiuotas daugelio kitų vabzdžių genomo dydis [54, 81].Neseniai amplifikacija daugiausia įvyko aštuoniose TE superšeimose (DNR / DNR, DNR / P, DNR / Sola, DNR / hAT, DNR / TcMar, Helitron, LINE / L2, LTR / LTR, LTR / čigonų ir SINE / tRNR), kurių didžiausias. LTR / čigonų ir DNR / TcMar skirtumai, rodantys, kad naujausi TE superšeimų amplifikacijos plačiai suformavo TE kraštovaizdį chromosomų rasių genomuose. Taigi siūlome, kad didžiulis TE dauginimasis kartu su lėtu delecijos greičiu gali prisidėti prie žiogų genominio gigantizmo, kaip siūloma kitiems dideliems eukariotų genomams [81]. Šiuo atžvilgiu verta paminėti, kad mūsų apskaičiavimas, kad pastaruoju metu masiškai išplito TE (314–464 Mb vienam agregatui), greičiausiai yra nepakankamai įvertintas, nes mažo skirtumo TE genomo rinkiniuose paprastai yra nepakankamai [66, 67].

Neseniai aktyvūs TE yra leistinai transkribuojami lytinėse liaukose

Analizę apribojome nuorašais, kilusiais iš naujausių TE (ty K2P < 5%), nes tai gali būti svarbus transkripcijos ir perkėlimo veiklos šaltinis. Mūsų rezultatai parodė, kad neseniai aktyvios TE superšeimos iš visų penkių pagrindinių TE grupių (LINE / SINE / DNA / Helitron / LTR) yra transkribuojamos, o tai rodo, kad bent kai kurie transkribuoti TE gali (retro) perkelti. Naujausia TE ekspresija buvo skirtingai išreikšta lytinių liaukų liaukose, palyginti su somatiniais audiniais, panašiai kaip žinduolių kilmės [82]. Tai rodo, kad TE gali būti transkribuojami ir gali dažniau persodinti į lytines liaukas, perduodant naujus TE įterpimus kitai kartai. Žiogų kiaušidės ir sėklidės parodė netolygią naujausių TE išraišką, o tai rodo, kad TE transkripcijos skirtumai tarp lyčių gali būti dideli. Naujausių TE ekspresijos skirtumai tarp reprodukcinių ir somatinių audinių yra mįslingi, ypač todėl, kad naudojome somatines kūno dalis, kuriose buvo kelių tipų somatiniai audiniai, o tyrimai su stuburiniais gyvūnais parodė, kad TE ekspresijos lygiai somatiniuose audiniuose labai skiriasi [83]. TE transkripcija taip pat kinta priklausomai nuo lytinių liaukų vystymosi, o tai paaiškina visų gyvūnų lytinių liaukų transkriptinį sudėtingumą [82, 84]. Mes spėliojame, kad raiškos kitimas gali atsirasti dėl pasaulinio epigenetinio perprogramavimo gametogenezės metu arba dėl daug daugiau ląstelių tipų / stadijų, esančių lytiniuose liaukose, nei atskiruose šių žiogų somatiniuose audiniuose. Arba TE kontrolė gali būti griežtesnė somatiniuose audiniuose, todėl griežta TE slopinimas yra svarbus šeimininkui ir labiau įmanomas somatiniuose audiniuose (jokio visuotinio epigenetinio perprogramavimo). Dar reikia ištirti, ar didesnis visų penkių pagrindinių TE grupių transkripcijos aktyvumas, ypač reprodukciniuose audiniuose, yra susijęs su didesniu TE represinio mechanizmo aktyvavimu (piwi / piRNR kelias [85, 86, 87]), kad būtų išvengta galimai žalingo TE poveikio. (retro) perkėlimas į šeimininką visuotinio epigenetinio perprogramavimo metu [85,86,87,88]. Norint toliau tai išspręsti, reikės atlikti genų, dalyvaujančių piwi / piRNA kelyje, ekspresijos analizę kartu su mažais RNR sekos nustatymo duomenimis.

Chromosomų rasės V. viatica rūšių grupė turi bendrą satDNR rinkinį, kuris evoliucijos metu dažniausiai patyrė kiekybinius pokyčius

Atlikdami aukštos kokybės pakartojimų anotaciją, atskleidėme didžiausią satDNA šeimų kolekciją (129), apie kurias kada nors buvo pranešta apie žiogų genomus. Siūlome, kad 102 satDNA šeimos, pasidalijamos visoms keturioms chromosomų rasėms (1 papildomas failas: S6 ir S8 lentelės), būtų „biblioteka“, esanti viatica protėvis. 27 satDNA šeimos, kurios nebuvo pasidalytos visoms keturioms rasėms, taip pat atsirado po to, kai viatica protėvis arba buvo prarasti vienoje ar daugiau rasių. Tai reiškia, kad esminis satDNA šeimos evoliucijos žingsnis gali būti arba biologinių funkcijų įgijimas, arba pakankamai daug kopijų, kurias būtų galima išlaikyti „bibliotekoje“ per ilgus evoliucijos laikotarpius, sukaupimas. Kaip atsirado naujos satDNA šeimos, lieka neaišku viatica rūšių grupė, nors ir nevienodas kirtimas, galimi mechanizmai yra homologinė rekombinacija tarp sruogų, genų konversija, besisukančio rato replikacija ir perkėlimas [11, 14, 15, 16, 18, 20, 22]. Atsiradus satDNR, logiška manyti, kad satDNR šeimos stochastiškai plečiasi arba išnyksta ir išlaikomos tik ilgalaikėje perspektyvoje, jei jos įgyja funkciją, pavyzdžiui, susidarant centromerams ar heterochromatino formavimuisi. Norint patikrinti satDNA funkcionalumą ir nustatyti, ar satDNR buvo įgytos ar prarastos nepriklausomai, reikia papildomų duomenų (pvz., chromosomų in situ hibridizacijos ir ChIP-seq), įskaitant kitų morabinų amūrų rases / rūšis ir remiantis tvirta filogenetine hipoteze.

Remiantis satDNA bibliotekos hipoteze [28, 29], 50 iš 102 satDNR šeimų, pasidalijusių tarp visų keturių chromosomų rasių, patyrė kiekybinius kopijų skaičiaus pokyčius, ir tai įvyko dėl skirtingų K2P skirtumų (žr. 6b–d pav.). Tai rodo lygiagrečią satDNR amplifikaciją kai kuriose rasėse arba susitraukimą / pablogėjimą kitose. Tikėtina, kad kopijų skaičiaus pokyčiai įvyko dėl nevienodo perėjimo, o tai yra mechanizmas, galintis sukelti TR gausos pokyčius, kaip padidėjimą (pastiprinimą) arba praradimą (susitraukimą) [89]. Didelis satDNR šeimų skaičius šiose chromosomų rasėse glumina. Nekoduojančios satDNR tradiciškai buvo laikomos dažniausiai nenaudinga medžiaga, galinčia kauptis pirmiausia heterochromatine [11, 12, 13, 32, 34], kol jos tampa per sunkia apkrova šeimininko genomui (apžvelgta [50]). Bus įdomu patikrinti, ar diferencinė satDNR amplifikacija yra koreliuojama su heterochromatino kiekiu arba susijusi su euchromatinės chromosomos pavertimu heterochromatine, ypač neo-Y chromosomose, kurios, kaip įrodyta, yra satDNR spąstai. žiogai ir svirpliai (žr. [33, 34, 90]). Kita vertus, buvo pasiūlyta, kad diferencinė satDNR, kaip satRNR, ekspresija gali sukelti hibridų genominį nesuderinamumą, nes satRNR vaidina lemiamą vaidmenį kinetochorų surinkime (ty jungiasi prie specifinių centromerinių baltymų, tokių kaip CENP-A ir CENP-C) [30] , 31, 50, 51], heterochromatino susidarymą [49, 52, 53] ir funkciją ląstelių dalijimosi metu per siRNR ir piRNR kelius Schizosaccharomyces pombe, Drosophila, nematodai, žmonės [49,50,51,52,53, 91]. Taigi čia nustatytos satDNR šeimos yra kandidatų į būsimus tyrimus, kuriuose satDNR yra centromeruose ir kurios dalyvauja žiogų heterochromatino formavime, rinkinys.


Medžiagos ir metodai

127 visiškai sekvenuotų eubakterijų genomų baltymų sekos tuo metu, kai šis dokumentas buvo pateiktas publikavimui, buvo paimtos iš Nacionalinio biotechnologijos informacijos centro (NCBI) Genomo skyriaus, Entrez paieškos sistemos [39]. 1 lentelėje pateikiamas visų naudojamų genomų sąrašas su jų genomo dydžiu ir prisijungimo numeriais. Norėdami aptikti galimai homologinius genus, pradėjome atlikti BLASTP [40] visų baltymų sekos viename genome paiešką, palyginti su kiekviena baltymų seka visuose kituose genomuose. Tada užfiksavome geriausią abipusį kiekvienos baltymo sekos, kurios E vertė yra mažesnė nei 10–5, o sekos tapatybė didesnė nei 50% daugiau nei 60% ilgio, atitiktį. Norėdami patvirtinti rezultatus, atlikome keletą reprezentatyvių palyginimų, tirdami bitų balo ir maksimalaus bitų balo santykio pasiskirstymą [41]. Šis metodas atskirtų tikėtiną homologiją nuo atsitiktinio panašumo. Gavome beveik identiškus rezultatus, o dviejuose sąrašuose skiriasi tik sumažintas atitinkamų homologinių genų rinkinys. Pavyzdžiui, iš 3 026 homologų porų tarp E. coli K12 ir S. typhimurium aptikta abipusio pataikymo metodu, nustatyta, kad tik viena pora skiriasi nuo bitų balo metodo. Be to, tik trys genai buvo aptikti naudojant abipusio geriausio poveikio metodą, kurie nebuvo pasirinkti kaip homologai naudojant bitų balo metodą (naudojant ribinę vertę 0, 4). Galiausiai, bitų balų santykio metodas nustatė 165 papildomus homologus, kurie nebuvo pasirinkti naudojant abipusius geriausius rezultatus, nes neatitiko ilgio ir (arba) sekos tapatumo reikalavimų. Todėl visoms analizėms buvo naudojamas homologinių genų sąrašas, gautas pagal abipusius geriausius rezultatus.

Norėdami aptikti galimus paraloginius genus, atlikome visų genomo baltymų sekos BLASTP [40] paiešką pagal kiekvieną baltymų seką tame pačiame genome. Paralogus apibrėžiame kaip baltymų sekas, atitinkančias 10–5 E vertės slenkstį BLASTP [40] paieškoje ir turinčias bent 30 % sekos tapatumo daugiau nei 60 % jų ilgio [3].

Lyginant dviejų rūšių paralogus, kiekvienam homologiniam genui, aptiktam abiejuose genomuose, buvo sukurta genų šeima. Dėl to atsirado keletas nereikalingų šeimų, tačiau buvo užtikrinta, kad rūšių palyginimas būtų atliktas tarp lygiaverčių genų šeimų. Norint apibūdinti paraloginių genų funkcinį priskyrimą, buvo sukurtos išplėstinės genų šeimos [3], kuriose buvo visi genai, kurie buvo tarpusavyje susiję bet kurio iš jų narių smūgiais. Tai pagrįsta pereinamuoju sekos homologijos pobūdžiu [34] ir tai patvirtina išvados apie gerai ištirtus rūšių genomus, kurių metabolizmas gana gerai žinomas. Tokiais atvejais išplėstines genų šeimas sudaro genai, atliekantys panašias funkcijas [4]. Siekiant sumažinti kelių domenų baltymų įtraukimą į šeimą kartu su nesusijusiais nariais [2], ilgio ribos buvo 60%. Funkcijos priskyrimas genui buvo pagrįstas ortologinių grupių (COG) klasifikacija [42].


Duomenų prieinamumas

Šiame tyrime naudotus neapdorotus sekos duomenis galima rasti NCBI duomenų bazėje šiais Bioproject prisijungimo numeriais: PRJNA603155 (Harukei-3 meliono genomo sekos duomenų rinkinys), PRJNA624817 (septynių melionų prisijungimų genomo sekos duomenų rinkinys), PRJNA603146 ​​(RNA-CDNAT). sek.), PRJNA603129 (ONT tiesioginė RNR seka), PRJNA603204 (Harukei-3 meliono RNR seka visame audinyje) arba PRJNA603202 (lapų RNR seka šiltnamyje). Harukei-3 meliono genomo surinkimas ir anotacija (ver. 1.41 genomo reference) pasiekiama Melonet-DB (https://melonet-db.dna.affrc.go.jp/ap/dnl).


Mokytojai bet kokiame kontekste galėtų pasinaudoti šia pamoka. Tai yra homologinių struktūrų tyrimas. Pamoka skirta nuo vidurinės mokyklos iki vidurinės mokyklos, bet gali būti lengvai pritaikyta ir jaunesnio amžiaus lygiams. Ši pamoka tiks bet kokio dydžio klasei. Jį ketinama atlikti per vieną pamoką (50 min.). Vienintelės reikalingos medžiagos būtų spalvoti pieštukai/markeriai/arba kreidelės ir paukščio bei žmogaus kaulų struktūros kopijos. Šią veiklą galima lengvai pritaikyti įvairioms nustatymams ir sudėtingumo lygiams.

Šią pamoką galima įvesti prieš evoliucijos ir (arba) adaptacijos pamokas, jų metu arba po jų. Medžiagos paprastos – paženklintos paukščio ir žmogaus kaulų struktūros kopijos, spalvinimo medžiagos. Pavyzdžių kreipkitės į savo mokyklos anatomijos mokytoją, internetą ar net savo vadovėlį. Mokiniams bus pateiktos pažymėtų kaulų struktūrų kopijos ir prašoma kiekvieną panašų kaulo tipą nuspalvinti ta pačia spalva (pavyzdžiui, abiejų organizmų šlaunikaulis yra oranžinis). Spalva neturi reikšmės, kol kiekvieno organizmo struktūros yra tos pačios spalvos. Bet kurios skirtingos struktūros gali būti paliktos tuščios (pavyzdžiui, stulpeliai). Tai padės jiems vėliau pastebėti skirtumus. Nuspalvinę mokiniai gali sudaryti kiekvieno organizmo kaulų struktūrų panašumų ir skirtumų sąrašą. Venno diagrama būtų geras palyginimo vadovas. Nukreipkite juos į paukščio pėdos ir kulkšnies sritį, kuri "atsistoja aukštyn", palyginti su gulinčiu žmogumi. Nurodykite mokinius, jei reikia, nusiauti batus, kad pajustų savo pėdų kaulus ir pakelkite kulkšnis nuo grindų, kai jie sėdi kėdėje, kad stebėtų, kaip ši padėtis yra panaši į tai, kaip paukštis „tupiasi“ ar stovi. Po to, kai mokiniai pastebės panašumus ir skirtumus, nukreipkite juos į apskritimą ir pažymėkite „įprastą“ dalį, pvz., „Klaunas“, „Kelionis“, „Blauzdas“, „Pėda“ ir „Kvotos“. Jie turėtų atkreipti dėmesį į kiekvieno ilgio skirtumus, bet į panašumus, kaip jie pasilenkia (paukščiai "knees" NEsilenkia atgal – dažniausiai tai yra jų "enk" žmonės galvoti yra kelias). Paprašykite mokinių pajusti savo girnelę ir nukreipkite juos į paukščio girnelę. Uždarymui mokiniai gali būti raginami „vaikščioti“ kaip paukštis. Norėdami tai padaryti, jie gali pakelti kulkšnis nuo grindų ir vaikščioti ant kojų ir sulenktų kojų pirštų. Mokytojas gali paklausti, kuo paukščio pirštai skiriasi nuo žmogaus (daug ilgiau) ir paklausti, kodėl taip gali būti (pavyzdžiui, norint sugriebti medžio šaką ar maistą). Ši veikla gali būti lengvai išplėsta į diskusijas apie anatomiją ir fiziologiją (formą ir funkciją), priešistorinių gyvūnų, tokių kaip dinozaurai, evoliucinius pėdsakus ir, pavyzdžiui, tiesiog paukščių identifikavimą. Lyginant ir supriešinus su dinozaurais, reikėtų turėti ir šių kaulų struktūrų iliustracijas. Jis taip pat gali būti taikomas kitiems gyvūnams.


Rezultatai

Našumo metrika

Visi aprašyti įrankiai buvo išbandyti atsižvelgiant į jų surinkimo laiką, atmintį ir procesoriaus panaudojimą.

Laiko reikalavimai

Buvo pastebėti didžiuliai skirtumai tarp skirtingų įrankių, susijusių su surinkimo trukme. Be konkrečių įrankių skirtumų, įvesties duomenys ir naudojamų gijų skaičius turėjo didelę įtaką laiko poreikiui. Stebėtas veikimo laikas svyravo nuo kelių minučių iki kelių valandų (1 pav.).

Skaičiavimo laikas priklauso nuo gijų skaičiaus ir įvesties duomenų dydžio. Dėžutės rodo procesoriaus laiko poreikio skirtumus skirtingam gijų skaičiui ir įvesties duomenų dydžiui septyniems skirtingiems surinkėjams

Kai kurių surinkimų nepavyko užbaigti per mūsų nustatytą 48 valandų terminą. Vidutiniškai ilgiausiai sąranką sugeneravo IOGA ir Fast-Plast, po to ORG.Asm ir GetOrganelle . Labiausiai laiką sunaudojantis įrankis buvo chloroExtractor , kuris buvo šiek tiek greitesnis nei NOVOPlasty ir Chloroplast surinkimo protokolas .

Ne visi išbandyti įrankiai galėjo pasinaudoti prieiga prie kelių gijų. Tiek NOVOplasty, tiek ORG.Asm prireikė beveik tiek pat laiko, nepriklausomai nuo to, ar buvo leista naudoti 1, 2, 4 ar 8 gijas. Priešingai, Chloroplast surinkimo protokolas , chloroExtractor , GetOrganelle ir Fast-Plast gavo naudos iš kelių sriegių nustatymų (1 ir 2 pav. ir 1 papildomas failas: S4–S6 lentelės).

Našumo metrika. Boxplots, vaizduojantis procesoriaus ir RAM poreikį bei reikalingą vietą diske, priklausomai nuo surinkėjo, įvesties duomenų dydžio ir gijų skaičiaus

Atminties ir procesoriaus naudojimas

Didžiausias ir vidutinis procesoriaus naudojimas, taip pat didžiausias atminties ir disko sunaudojimas buvo užregistruotas visiems surinkėjams pagal tą patį įvesties duomenų rinkinį ir gijų skaičių (2 pav. ir 1 papildomas failas: S4–S6 lentelės). Apskritai įvesties duomenų dydis turėjo įtakos didžiausiam atminties naudojimui, išskyrus chloroExtractor ir IOGA. Šie du surinkėjai parodė atminties naudojimo modelį, kuriam mažiau įtakos turėjo duomenų dydis. Leidžiamų gijų skaičius turėjo tik ribotą poveikį maksimaliam atminties naudojimui. Visos programos gavo naudos iš didesnio gijų skaičiaus, jei buvo padidintas įvesties duomenų dydis, atsižvelgiant į jų atmintį ir procesoriaus naudojimo plotą. Priešingai, disko naudojimas buvo nepriklausomas nuo įvesties duomenų dydžio ir visų surinkėjų gijų skaičiaus.

Kokybiškas

Vidutiniškai visų įrankių naudotojo patirtis diegiant ir atliekant analizę buvo įvertinta kaip GERA (1 lentelė).

Tačiau aptikome šias nedideles problemas:

„GetOrganelle“ diegimo instrukcijose trūko dviejų nedidelių priklausomybių, o bandymų duomenų nebuvo [36]. Be to, paleidžiant jį vienu konkrečiu atveju iškilo problema A. thaliana duomenų rinkinys. Tai buvo išspręsta susisiekus su autoriais per GitHub [37].

„Fast-Plast“ diegimo instrukcijose trūko kai kurių priklausomybių [38]. Kaip ir GetOrganelle , Fast-Plast nesiūlo bandymo duomenų rinkinio ar mokymo programos, išskyrus kai kurias komandas [36].

ORG.Asm diegimo instrukcijos neveikė. Radome keletą problemų, kurios tikriausiai buvo susijusios su Python 3.7 reikalavimu [39]. Buvo prieinama mokymo programa su duomenų pavyzdžiais, tačiau laikantis instrukcijų įvyko segmentavimo klaida (2 lentelė). Radome šios klaidos sprendimą ir susisiekėme su autoriais [40].

Pagrindinė NOVOPlasty kritika buvo bandymų duomenų ir instrukcijų trūkumas. Tai ištaisė autoriai po to, kai su jais susisiekėme [41]. Be to, NOVOPlasty naudoja pasirinktinę licenciją, kur pirmenybė būtų teikiama OSI patvirtintai licencijai.

„ChloroExtractor“ yra su bandymų duomenimis ir trumpa pamoka. Tačiau šiuo metu neįmanoma įvertinti bandomojo paleidimo rezultatų, nes laukiamų rezultatų nėra [42].

IOGA diegimo instrukcijose trūko daug priklausomybių [43]. Taip pat nebuvo jokių bandymų duomenų ar mokymo programos ir jam nebuvo priskirta licencija [44]. Susisiekus su autoriais, buvo pridėta AGPL-3.0 licencija [45], taip pat pastaba aprašyme, paaiškinanti, kad IOGA nebeprižiūrima.

Chloroplast surinkimo protokolo diegimo instrukcijose taip pat trūko kai kurių priklausomybių. Sąrašas buvo atnaujintas, kai susisiekėme su autoriais [46]. Šis įrankis pateikiamas su išsamia mokymo programa ir bandymų duomenimis, tačiau laukiami rezultatai nepateikiami.

Kiekybinis

Norėdami atlikti kiekybinį įvertinimą, išbandėme visų programų pajėgumą surinkti chloroplastus, remiantis skirtingais įvesties duomenimis. Įvesties duomenys buvo sukurti iš esamų chloroplastų genomų arba atsisiųsti iš sekos saugyklų.

Imituoti duomenys

Visi skirtingi modeliuoti duomenys buvo pagrįsti A. thaliana chloroplasto ir šerdies genomo seka. Galima pastebėti kai kurias bendras tendencijas: 1:10 genomo ir chloroplasto rodmenų santykis turi per mažai chloroplastinių rodmenų daugeliui įrankių (išskyrus „Fast-Plast“ ir „GetOrganelle“). Geras visų įrankių veikimas buvo pastebėtas santykiu 1:100. Tolesnis santykio didinimas neturėjo papildomos naudos, net jei buvo naudojami gryni chloroplastai (3 pav.). Naudojant 250 bp porinį skaitymą, palyginti su 150 bp poriniu skaitymu, rezultatai nepagerėjo (3 pav.). „Fast-Plast“ atveju našumas buvo dar prastesnis dėl ilgesnio skaitymo ilgio, nes buvo grąžinta daugiau nei viena chloroplasto genomo kopija.

Modeliuotų duomenų rinkinių balas. Surinktų rezultatai iš modeliuotų duomenų rinkinių. Plytelių spalvų skalė atspindi rezultatą

Apskritai „GetOrganelle“ ir „Fast-Plast“ buvo sėkmingiausi modeliuojamų duomenų įrankiai, o Chloroplast surinkimo protokolas ir IOGA nesugebėjo sėkmingai surinkti chloroplastų iš 16 skirtingų duomenų rinkinių.

Tikri duomenų rinkiniai

Norėdami įvertinti realių duomenų našumą, naudojome viešai prieinamus trumpo skaitymo duomenis iš NCBI SRA su esamais etaloniniais chloroplastais. Pastebėjome didelius skirtumus tarp bandytų surinkėjų, jei palyginome gautus išlygiavimus su etaloniniais chloroplastais (4 pav.). Aukščiausius balus gavo GetOrganelle, kurio mediana buvo 99,8 ir 210 žiedinių mazgų iš 360 rinkinių, kurių metu buvo gauta produkcija (3 lentelė). „GetOrganelle“ pasirodymą sekė „Fast-Plast“, „NOVOplasty“, „IOGA“ ir „ORG.Asm“. „Fast-Plast“ aplenkė NOVOPlasty ir ORG.Asm pagal balus, pagamindama dvigubai daugiau 113 puikiai sujungtų chloroplastų genomų (NOVOPlasty pagamino 58, o ORG.Asm – 46 žiedinius genomus). IOGA ir Chloroplast surinkimo protokolas nesugebėjo surinkti apskrito vieno kontiginio genomo (3 lentelė, 5 pav.).

Septynių surinkėjų taškų surinkimo rezultatai. „Boxplots“ ir „swarplots“ vaizduoja mūsų naudojamo balų skaičiavimo algoritmo rezultatus. Skirtingiems surinkėjams. Dėžutės plotų ūsai rodo 1,5 x interkvartilių diapazoną

Nusivylęs siužetas [47], kuriame lyginamas surinkėjų sėkmė realiuose duomenų rinkiniuose. Siužetas rodo sėkmės sankirtą (score>99) tarp surinkėjų. Iš 69 duomenų rinkinių tik GetOrganelle sugebėjo gauti pilną chloroplastą. Keturiasdešimt trys buvo sėkmingi tiek su GetOrganelle, tiek su Fast-Plast ir pan

Nuoseklumas

Nuoseklumas buvo patikrintas pakartotinai paleidžiant mazgus, naudojant tikrus duomenis ir palyginus dvi agregatus (6 pav.). chloroExtractor buvo vienintelis įrankis, galintis atkurti tuos pačius balus visuose bandymuose (6 pav.). GetOrganelle , ORG.Asm , Chloroplast surinkimo protokolas ir IOGA sugeneravo kai kuriuos mazgus, kurie buvo nesėkmingi vienu paleidimu, bet davė išvestį kitu bandymu. Šių surinkėjų balai buvo beveik identiški, jei abu bandymai buvo sėkmingi (4 lentelė). Tiek Fast-Plast, tiek NOVOPlasty rodo tik nedidelius sėkmingų surinkimų pokyčius, dėl kurių susidaro rodyklės formos sklaidos diagramos (6 pav.). Atrodo, kad chloroExtractor yra tvirtiausias surinkėjas, neparodantis jokių nukrypimų tarp dviejų paleidimų.

Balai tarp dviejų kartotinių nuoseklumo bandymų. Sklaidos diagramos vaizduoja 1. bėgimų balus x-axis versus the scores of the 2. run y- duomenų rinkinių, kurie buvo atrinkti pakartotiniam vertinimui, ašis

Romanas

Galiausiai chloroplastų surinkimas rūšims, neturinčioms paskelbto chloroplasto, buvo atliktas naudojant skirtingus įrankius (7 pav.). Iš viso buvo sėkmingai surinkti 49 iš 105 chloroplastų (46,7 %), neturinčių etaloninės sekos CpBase (8 pav.).

Chloroplastų surinkimo sėkmė nerodo taksonominio šališkumo. Surinkėjų sėkmė realiose medžio duomenų rinkiniuose, gautuose iš NCBI taksonomijos [51]. Sklypas parengtas naudojant [52]

Nusivylęs siužetas [47], kuriame lyginamas surinkėjų sėkmė naudojant naujus duomenų rinkinius. Siužetas rodo sėkmės sankirtą (vienas kontig, length≥130kbp,ir≥17kbp) tarp surinkėjų. Iš 15 duomenų rinkinių tik GetOrganelle sugebėjo gauti visą chloroplastą. Dešimt buvo sėkmingi su GetOrganelle, Fast-Plast, NOVOplasty, ORG.Asm ir pan.

Beveik pusė (44,9%) sėkmingų surinktų chloroplastų buvo surinkti trimis ar daugiau skirtingų įrankių, o likusius sėkmingai sugeneravo tik vienas ar du skirtingi surinkėjai. Čia GetOrganelle parodė geriausią našumą ir sukūrė 15 skirtingų chloroplastų genomų. Agregatams, gautiems iš kelių surinkėjų, pasilikome „GetOrganelle“ mazgus, vizualiai apžiūrėję visus mazgus naudodami „AliTV“ [48].

Trims agregatams, kuriuos įsigijo skirtingi surinkėjai, bet ne GetOrganelle, pasilikome vieną agregatą, gautą NOVOPlasty ir du iš Fast-Plast. Visos gautos 49 sekos buvo pažymėtos GeSeq [49]. Skirtingų anotuotų genų skaičiaus mediana buvo 80 koduojančių sekų, 4 rRNR ir 27 tRNR (5 lentelė, 10 pav.). Visos sekos buvo saugomos mūsų saugykloje [50]. Siekiant išvengti kelių tos pačios sekos pateikimo Genbank, visos 49 sekos buvo patikrintos pagal Genbank duomenų bazę per BLAST. Galiausiai 20 sekų buvo įkeltos į NCBI TPA: inferential (1 papildomas failas: S1 lentelė) kaip nauji chloroplastų genomai. Be to, ieškant rūšies pavadinimo paaiškėjo, kad 7 iš 20 sekų yra naudojamos kaip dekoratyvinis augalas, liaudies medicinoje arba kaip kultūrinis augalas.


Biologija (BIOL)

Tai preliminari (arba paleidimo) 2021–2022 m. VCU biuletenio versija. Šiame leidime yra visos programos ir kursai, patvirtinti iki paskelbimo termino, tačiau po paleidimo galime gauti pranešimą apie papildomus programų patvirtinimus. Galutiniame leidime ir pilnoje PDF versijoje bus šie atnaujinimai ir jie bus prieinami rugpjūčio mėn. iki rudens semestro pradžios.

BIOL 101. Biologijos sampratos. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Aktualus požiūris į pagrindinius biologinius principus. Temos apima molekulinius ląstelių aspektus, bioenergetiką, fotosintezę, ląstelių kvėpavimą, ląstelių ir organizmo dauginimąsi, genetiką ir evoliuciją bei ekologiją. Netaikoma už biologijos specialybę.

BIOL 103. Pasaulinė aplinkos biologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 2 laboratorinės valandos (daugiausia skaitoma internetu). 4 kreditai. Internetiniai pristatymai, užduotys, debatai ir egzaminai reikalauja, kad studentai suprastų situacijas ir idėjas, susijusias su mokslinėmis, socialinėmis ir ekonominėmis sąvokomis, susijusiomis su Žemės aplinka. Laboratoriniai pratimai sustiprina pagrindines kurso sąvokas. Sujungia biologijos, chemijos, geologijos, fizikos ir sociologijos aspektus. Temos apima ekologiją, evoliuciją, gamtos išteklius, oro ir vandens išteklius, energiją ir perdirbimą, gyventojų biologiją ir tvarias pasaulines visuomenes. Netaikoma kaip būtina sąlyga nei 200 ar aukštesnio lygio biologijos kursui, nei B.S. biologijoje.

BIOL 151. Biologijos mokslų įvadas I. 3 val.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: MATH 141, MATH 151, MATH 200, MATH 201 arba patenkinamas matematikos praktikos egzamino balas ir CHEM 100 su minimaliu B pažymiu, CHEM 101 ir minimalus C įvertinimas arba patenkinamas chemijos egzamino balas. Įvadas į pagrindines biologines sąvokas, įskaitant ląstelių struktūrą, ląstelių metabolizmą, ląstelių dalijimąsi, DNR replikaciją, genų ekspresiją ir genetiką. Skirta biologijos specialybėms.

BIOL 152. Biologijos mokslų įvadas II. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir CHEM 101, abu su minimaliu C balu. Dėmesys evoliucijos principams, natūralios atrankos vaidmeniui gyvybės formų evoliucijoje, taksonomijai ir filogenezijai, biologinei įvairovei organizmų formos ir funkcijos kontekste ir ir pagrindiniai ekologijos principai. Skirta biologijos specialybėms.

BIOL 200. Kiekybinė biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos (skaitomas internetu arba hibridas). 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir BIOZ 151, kurių minimalūs pažymiai yra C ir MATH 151, MATH 200, MATH 201, STAT 210 arba patenkinamas VCU matematikos pozicijos testo balas per vienerių metų laikotarpį prieš pat kurso pradžią. Dalyvauti gali tik biologijos ir biologijos studijos. Įvadas į mokslinio metodo taikymą, eksperimentinį planavimą ir kiekybinius biologijos aspektus.

BIOL 201. Žmogaus biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 101, 151 arba 152 arba BIOL/ENVS 103. Žmogaus biologijos pagrindai, įskaitant žmogaus kūno sistemų struktūrą, funkcijas ir sutrikimus, žmogaus genetikos ir paveldėjimo principus, žmogaus evoliuciją ir žmogaus sąveiką su aplinką. Netaikoma kreditui į B.S. biologijoje.

BIOL 205. Pagrindinė žmogaus anatomija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos (plius komponentas internetu). 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 101 ir BIOZ 101, BIOL 151 ir BIOZ 151 arba BIOL 152 ir BIOZ 152, kurių kiekvienas turi minimalų C balą. Registruojami tik komunikacijos meno, sveikatos ir kūno kultūros, sveikatos, kūno kultūros ir mankštos specialybių studentai. ikisveikatos mokslų krypties klinikinių laboratorinių mokslų, klinikinių radiacijos mokslų, dantų higienos ir slaugos studentai, įtraukti į sveikatos mokslų sertifikatų programą, ir studentai, besimokantys konsultavimo krypčių iki darbo terapijos, ikigydytojo padėjėjo, priešfarmacijos ir priešfizinės medicinos. terapija. Be to, studentai, besimokantys paspartintos konsultacijos prieš odontologiją ir prieš slaugą, turi pasikalbėti su ikiprofesionaliu sveikatos patarėju prieš užsiregistruodami į pamoką. Žmogaus kūno struktūroms tirti naudojami žmogaus pavyzdžiai, modeliai ir interaktyvi programinė įranga, daugiausia dėmesio skiriama skeleto ir raumenų aspektams. Netaikoma kreditui į B.S. biologijoje.

BIOL 209. Medicinos mikrobiologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 101 ir BIOZ 101, BIOL 151 ir BIOZ 151 arba BIOL 152 ir BIOZ 152, kurių kiekvienas turi minimalų C laipsnį. Bendrieji mikrobiologijos ir imunologijos principai, kad būtų galima nuodugniai suprasti šeimininko ir mikrobo ryšį sergant ligomis. Netaikoma kreditui į B.S. biologijoje.

BIOL 217. Mitybos principai. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 101, 151 arba 152 su minimaliu C pažymiu arba BIOL/ENVS 103 su minimaliu C įvertinimu. Įvadas į pagrindinius mitybos principus ir jų taikymą skatinant augimą ir išsaugant sveikatą per visą gyvenimo ciklą. Netaikoma kreditui į B.S. biologijoje.

BIOL 284. Laboranto darbo patirtis. 0 valandų.

Semestro kursas 0 val. 0 kreditų. Dalyvauti gali tik studentai, gavę katedros vedėjo leidimą, ir tik studentai, kuriems laboratorijos vadovas sutiko globoti jų laboratorijos asistentą. Padeda palengvinti studentų įsitraukimą į Biologijos katedros tyrimų laboratorijas. Studentai padės su laboratorijos veiklos komponentais ir įgis patirties dirbant laboratorijoje. Studentai įgis praktinės patirties atlikdami užduotis, susijusias su konkrečiomis tyrimų sritimis, atsižvelgdami į laboratoriją, kurioje jie priimti dirbti. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 291. Biologijos temos. 1-4 valandos.

Semestro kurso kintamos valandos. Kintamasis kreditas. Būtinos sąlygos: BIOL 151, 152 ir BIOZ 151, 152, su minimaliais C balais. Pasirinktos biologijos temos studijos. Norėdami sužinoti konkrečias temas, kurios bus siūlomos kiekvieną semestrą, ir būtinas sąlygas, žiūrėkite užsiėmimų tvarkaraštį.

BIOL 300. Ląstelių ir molekulinė biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir 152 BIOZ 151 arba LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 arba LFSC/BNFO 252 CHEM 101 ir CHEZ 101, visi su minimaliu pažymiu C BIOL 200, MATH 200, MATH STAT212 arba MATH STAT214 Pagrindinės biologijos studijos turi būti baigusios BIOL 200. Išankstinės arba pagrindinės sąlygos: CHEM 102 ir CHEZ 102. Ląstelės molekulinės biologijos tyrimas, susijęs su genų ekspresija, ląstelių signalizacija ir ląstelių augimu bei diferenciacija.

BIOL 303. Mikrobiologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C laipsniu. Morfologinės, biocheminės, taksonominės, genetinės ir evoliucinės mikroorganizmų savybės, daugiausia dėmesio skiriant bakterijoms. Dėmesys sutelkiamas į struktūrines, mechanines ir biochemines adaptacijas, kurias naudoja mikroorganizmai sąveikaujant su ląstelėmis šeimininkėmis ir substratais.

BIOL 304. Biologijos įgūdžiai. 2 valandos.

Semestro kursas 1 paskaitos valanda (skaitoma internetu) ir 3 laboratorinės valandos. 2 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir BIOZ 151 ir instruktoriaus leidimas. Šis kursas suteikia praktinės patirties naudojant laboratorinius metodus, pabrėžia bibliotekų ir informacijos sklandumo įgūdžių ugdymą ir naudoja dabartines biologinių ir (arba) biomedicininių tyrimų temas, kad padėtų ugdyti kritinio mąstymo ir problemų sprendimo įgūdžius.

BIOL 307. Vandens ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 317, CHEM 102 ir CHEZ 102, su minimaliomis C klasėmis. Fiziniai, cheminiai ir ypač biologiniai gėlo vandens ekosistemų aspektai.

BIOL 308. Stuburinių gyvūnų histologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C laipsniu. Stuburinių ląstelių, audinių ir organų mikroanatomija ir struktūros santykis su funkcija. Laboratorinis darbas apima nuodugnų stuburinių mikroanatomijos tyrimą šviesos mikroskopo lygmeniu, taip pat įvadą į metodus, naudojamus ruošiant medžiagas histologiniam tyrimui.

BIOL 309. Entomologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, 152 ir BIOZ 151, 152, su minimaliais C balais. Lauko kursas, kuriame pagrindinis dėmesys skiriamas vabzdžių įvairovei, identifikavimui, gamtos istorijai ir pagrindinei biologijai.

BIOL 310. Genetika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir 152 BIOZ 151 arba LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 arba LFSC/BNFO 252 BIOL 300 CHEM 101 ir CHEZ 101, kurių kiekvienas turi mažiausiai C ir BIOL 200 pažymį, MATH2001, MATH2001, MATH2001 arba STAT 314. Biologijos magistrantai turi būti baigę BIOL 200. Išankstinės arba privalomos sąlygos: CHEM 102 ir CHEZ 102. Pagrindiniai augalų, gyvūnų ir mikroorganizmų molekulinės ir taikomosios genetikos principai.

BIOL 312. Bestuburių zoologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, 152 ir BIOZ 151, 152, su minimaliais C balais. Bestuburių gyvūnų tyrimas, akcentuojant aplinkos sąveiką. Reikalinga savaitgalio kelionė į jūrinę aplinką.

BIOL 313. Stuburinių gyvūnų gamtos istorija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, 152 ir BIOZ 151, 152, su minimaliais C balais. Natūrali stuburinių gyvūnų istorija, pabrėžiant Virdžinijoje kilusias rūšis.

BIOL 314. Gyvūnų dauginimasis. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL ir BIOZ 151, BIOL ir BIOZ 152 ir BIOL 300, kurių kiekvienas turi minimalų C balą. Įvadas į pagrindinę reprodukcijos anatomiją ir fiziologiją. Pagrindinių veiksnių, turinčių įtakos reprodukcinei veiklai, tyrimas ir kaip šie veiksniai naudojami reguliuojant naminių gyvūnų ir žmonių dauginimosi procesus.

BIOL 317. Ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir 152 BIOZ 151 arba LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 arba LFSC/BNFO 252 CHEM 101 ir CHEZ 101, visi su minimaliu pažymiu C BIOL 200, MATH 200, MATH STAT212 arba MATH STAT214 Biologijos specialybės turi būti baigę BIOL 200. Įvadas į pagrindinius ekologijos principus, įskaitant organizmų sąveiką ir fizinės aplinkos įtaką.

BIOL 318. Evoliucija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir 152 BIOZ 151 arba LFSC/BNFO 251 BIOZ 152 arba LFSC/BNFO 252 CHEM 101 ir CHEZ 101, visi su minimaliu pažymiu C BIOL 200, MATH 200, MATH STAT212 arba MATH STAT214 Biologijos magistrantai turi būti baigę BIOL 200. Teorinių ir empirinių evoliucinės biologijos pagrindų tyrinėjimas, daugiausia dėmesio skiriant procesams, skatinantiems evoliucinius pokyčius per visą gyvenimą.

BIOL 320. Sėklinio augalo biologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL ir BIOZ 151 ir BIOL ir BIOZ 152, kurių kiekvienas turi minimalų C klasę. Sėklinių augalų fiziologija, struktūra ir prisitaikymas.

BIOL 321. Augalų vystymas. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir 310, kurių kiekvienas turi mažiausiai C. Vystymosi pokyčių, vykstančių žemesnių ir aukštesnių augalų gyvavimo ciklo metu, apžvalga. Dėmesys skiriamas valdymo veiksniams, kurie yra susiję su reguliuojamų pokyčių, vykstančių kūrimo metu, reguliavimu.

BIOL 322. Ekonominė botanika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir 152 ir BIOZ 151 ir 152 arba lygiaverčiai, su minimaliais C balais. Šioje klasėje pagrindinis dėmesys skiriamas augalų morfologijai, anatomijai, fitochemijai, augimui ir dauginimuisi, nagrinėjant ekonomiškai ir kultūriškai svarbių augalų, įskaitant pasėlius, biologiją. naudojamas maistui ir gėrimams, vaistams ir vaistams, pluoštams ir medienai gaminti.

BIOL 324. Medicininė botanika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir BIOZ 151 BIOL 152 ir BIOZ 152 ir BIOL 300, visi su minimaliu C laipsniu. Temos apima augalų anatomiją, morfologiją ir reprodukciją tradicinė augalų medicina, tokia kaip Ajurveda ir tradicinės kinų medicinos augalų apsaugos sistemos ir antriniai metabolitai bei augalas. - išvestiniai vaistai nuo įvairių ligų / negalavimų, įskaitant vėžį, artritą, depresiją ir diabetą.

BIOL 325. Grybelių biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 2 paskaita ir 3 laboratorinės valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C laipsniu. Pagrindinė grybų biologija, įskaitant augimą, struktūrą, genetiką, įvairovę, grybų komercinį panaudojimą ir jų, kaip pavyzdinių organizmų, svarbą. Taip pat aptariama grybų ir augalų bei grybų ir žmonių sąveika.

BIOL 332. Aplinkos tarša. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: aštuoni biologijos kreditai. Aplinkos taršos tyrimas, pabrėžiant aptikimo ir mažinimo procedūras. Įtraukta į kryžminį sąrašą kaip: ENVS 330.

BIOL 333. Angiospermų evoliucija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151,152 ir BIOZ 151, 152, visi su minimaliu C laipsniu. Evoliucijos koncepcijų taikymas žydintiems augalams. Temos apima specifikacijos koncepcijas, vegetatyvinių ir seksualinių savybių raidą ir gaubtasėklių įvairovės apžvalgą šeimos lygmeniu.

BIOL 335. Pasaulinių pokyčių biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151 ir BIOZ 152, visi su minimaliu C laipsniu. Nagrinėjama, kaip žmonės daro įtaką biologinėms sistemoms, ir tiria, ką galima padaryti norint prisitaikyti prie būsimų globalių pokyčių arba juos sušvelninti, akcentuojant antropogeninius klimato pokyčius.

BIOL 340. Vystymasis ir kamieninės ląstelės. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir CHEM 102, kurių kiekvienas turi mažiausiai C. Pagrindiniai stuburinių gyvūnų vystymosi biologijos ir kamieninių ląstelių principai, nurodantys pagrindinius ląstelių ir molekulinius mechanizmus, kuriais vadovaujamasi vystymuisi ir kamieninių ląstelių biologijai. Didelis dėmesys skiriamas medicininiams vystymosi aspektams, tokiems kaip žmogaus apsigimimai, klonavimas, kamieninių ląstelių savybės ir jų panaudojimas medicinoje bei karjera vystymosi ir kamieninių ląstelių biologijos srityje.

BIOL 341. Žmogaus evoliucija. 4 valandos.

Semestro kurso 3 paskaitos ir 2 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: UNIV 200 arba HONR 200 su minimaliu C balu. Supažindina su žmonių įvairove, taip pat plačiu evoliucijos ir evoliucinės biologijos supratimu, ypač kai tai taikoma hominidų evoliucijai.Konkrečios temos apima pagrindinę genetiką, primatologiją, paleontologiją ir hominino fosilijų įrašus. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: ANTH 301.

BIOL 351. Bioinformatikos įvadas. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BNFO 201 ir BNFO 300 arba instruktoriaus leidimas. Kurso metu bus pristatytas praktinis ir teorinis įvadas į įrankius ir metodus, reikalingus įvairiems su genomu susijusių duomenų tipams gauti ir interpretuoti. Kursas apims kelis bioinformatinius metodus, kuriais grindžiamas nukleotidų ir baltymų sekų derinimas, statistinius duomenų vizualizavimo metodus R, eksperimentinių rezultatų, dažniausiai sutinkamų atliekant bioinformatikos duomenų analizę, tipus ir viešąsias duomenų bazes, kuriose galima pasiekti šiuos duomenis. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: BNFO 301.

BIOL 391. Biologijos temos. 1-4 valandos.

Semestro kursas 1-4 paskaitų valandos. 1-4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 152 ir BIOZ 152 ir BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 arba BIOL 318, kurių kiekvienas turi minimalų C balą. Pasirinktos biologijos temos studijos. Norėdami sužinoti konkrečias temas, kurios bus siūlomos kiekvieną semestrą, ir būtinas sąlygas, žiūrėkite užsiėmimų tvarkaraštį.

BIOL 392. Mokslinių tyrimų įvadas. 2 valandos.

Semestro kurso 1 paskaita ir 1 demonstracinė valanda. 2 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 arba BIOL 318 su minimaliu C balu. Įvadas į mokslinį procesą, įskaitant problemos apibrėžimo, informacijos rinkimo ir eksperimentinio planavimo mechaniką. Eksperimentavimas aptariamas duomenų rinkimo ir analizės metodų kontekste. Tikslai – parengti studentą būsimai mokslinių tyrimų patirčiai ir parašyti išsamius tyrimo pasiūlymus.

BIOL 395. Režisuotas tyrimas. 1-2 valandos.

Semestro kursas 1-2 savarankiškų studijų val. 1-2 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOZ 151 ir BIOZ 152 su minimaliais C pažymiais, Biologijos katedros leidimas ir mokslo mentorius. Galima gauti ne daugiau kaip du kreditus nuo BIOL 395 iki BIOZ 395, iš viso ne daugiau kaip šešis kreditus už visus mokslinių tyrimų ir stažuočių kursus (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir (arba) BIOL 395). būti taikomas 40 biologijos kreditų, reikalingų pagrindinei studijai. Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Mentoriais dirba ne tik Biologijos katedros dėstytojai, tačiau tyrimo kontekstas turi būti taikomas biologijos mokslams, kaip nustato katedra. Studijos turėtų apimti nukreiptus skaitymus, nukreiptus eksperimentus arba pažangius vadovaujamus tyrimus – visa tai tiesiogiai prižiūrint fakulteto nariui. Reikia mažiausiai trijų valandų prižiūrimos veiklos per savaitę per vieną kredito valandą. Šis kursas negali būti taikomas kaip laboratorinė patirtis. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 401. Taikomoji ir aplinkos mikrobiologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: 300 ir 317, kurių kiekvienas turi ne žemesnį kaip C pažymį. Pramonės, farmacijos ir žemės ūkio svarbos mikroorganizmų (bakterijų, dumblių, virusų ir grybų) biologija ir cheminė veikla.

BIOL 402. Lyginamoji stuburinių gyvūnų anatomija. 5 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 4 laboratorinės valandos. 5 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir BIOL 318, kurių kiekvienas turi mažiausiai C. Stuburinių formų evoliucija, parodyta pasirinktų stuburinių tipų anatominiais tyrimais.

BIOL 403. Primatologija. 4 valandos.

Semestro kurso 3 paskaitos ir 2 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: ANTH 210 arba ANTH 301/BIOL 341. Primatologija tiria taksonominius ryšius tarp primatų per lyginamąją anatomiją, lyginamąjį elgesį ir lyginamąją biochemiją. Primatų evoliucijos, demografijos, pragyvenimo, dauginimosi, socialinės organizacijos, komunikacijos sistemų ir ekologijos tyrimas. Įtraukta į kryžminį sąrašą kaip: ANTH 403.

BIOL 411. Fiziologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir CHEM 301, kurių kiekvienas turi minimalų C laipsnį. Pagrindinis dėmesys skiriamas pagrindinių fiziologinių sistemų funkcijų ir mechanizmų apibūdinimui ir supratimui, visų pirma naudojant žmogaus fiziologiją kaip modelį. Ypatingas dėmesys skiriamas supratimui, kaip skirtingos fiziologinės sistemos veikia kartu, kad išlaikytų homeostazę ir prognozuotų sistemos komponentų pažeidimo ar ištrynimo pasekmes, kurios gali atsirasti ligų ir traumų metu.

BIOL 413. Parazitologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C laipsniu. Eukariotinių parazitų epidemiologija ir patologinis poveikis, įskaitant parazitų gyvavimo ciklus ir šeimininko bei parazito ryšius.

BIOL 415. Mangrovių paukščių lauko ekologija. 4 valandos.

Semestro kursai dvi savaites užsienyje Panamoje (ar kitoje atogrąžų vietoje su mangrovių miškais), po kurių vyksta klasės susitikimai dvi dienas per savaitę per didžiąją pavasario semestro dalį. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317. Įspūdingas atogrąžų ekologijos tyrimas, daugiausia dėmesio skiriant paukščių ekologijai ir mangrovių ekosistemų išsaugojimui per unikalų griežto mokslo ir bendruomenės įsitraukimo derinį. Dvi savaites trunkančios studijos užsienyje, įskaitant bendradarbiavimą su vietinėmis gamtosaugos organizacijomis ir dalyvavimą švietimo informavimo veikloje su vietos mokyklomis, po to diskusijos, duomenų analizė ir pažangos bei tyrimų pristatymas viešame simpoziume universiteto miestelyje.

BIOL 416. Ornitologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 su minimaliu C įvertinimu. Pateikiamas integruotas paukščių tyrimas, įskaitant paukščių evoliuciją ir įvairovę, bendrąją anatomiją ir fiziologiją, elgesį ir ekologiją.

BIOL 417. Žinduoliai. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 218 ir 317 su minimaliais C balais. Žinduolių charakteristikų, prisitaikančios spinduliuotės ir pasiskirstymo tyrimas, akcentuojant Šiaurės Amerikos formas.

BIOL 420. Mielės ir fermentacija. 3 valandos.

Semestro kursas 2 paskaita ir 3 laboratorinės valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimalia C klase. Būtinos sąlygos: BIOL 303 ir BIOL 310. Aptaria pagrindinę mielių, naudojamų alaus ir trumpai vyno gamyboje, biologiją. Temos apims mielių savybes, tokias kaip augimas, struktūra, genetika, biologinė įvairovė ir natūralios buveinės. Bus aptariamas vyno ir alaus gamybos procesas. Laboratoriniai užsiėmimai apima pagrindinius mikrobiologijos metodus, mielių išskyrimą ir apibūdinimą naudojant DNR ir biocheminius metodus, taip pat fermentaciją veikiančių veiksnių tyrimą. Kurso pabaigoje studentai pristatys kitus jiems rūpimus fermentacijos produktus, tokius kaip actas, duona ir kt., pateikdami išplėstinę šio svarbaus proceso versiją.

BIOL 422. Miško ekologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 su minimaliu C laipsniu. Apima miško ekologijos pagrindus, ypatingą dėmesį skiriant įvairioms Virdžinijos miško ekosistemoms. Studentai įgyja supratimą apie pagrindines miško struktūros, augimo ir pasiskirstymo kontrolę ir susieja šiuos principus su tvariu miškų valdymu.

BIOL 423. Augalų fiziologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151 ir BIOZ 151 BIOL 152 ir BIOZ 152 ir BIOL 300 arba lygiaverčiai, visi su minimaliais C balais. Aukštesniųjų augalų fiziologija molekuliniu, ląstelių ir organizmo lygiu. Temos apima transporto procesus, medžiagų apykaitą, augimą, atsaką į stresą ir augalų bei dirvožemio sąveiką.

BIOL 425. Lauko botanika. 3 valandos. Paleiskite kurso vaizdo įrašą „Field Botany“.

Semestro kursas 2 paskaitų valandos ir 3 laboratorinės valandos.(60 proc. internetu, 40 proc. lauko/laboratorijos) 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 310 ir BIOL 317, abu su minimaliais C balais. Internetinės paskaitos, diskusijos, refleksijos ir vertinimai kartu su lauko patirtimi. Tyrinėja aplinkos sąlygų poveikį augalų morfologijai ir prisitaikymui, akcentuojant augalų anatomiją, augalų fiziologiją ir ekologiją.

BIOL 430. Invazijos biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151, BIOZ 152 ir BIOL 317, visi su minimalia C klase. Išsamus vaizdas į invazinių rūšių ekologiją ir poveikį. Integruoja istorinės žmogaus demografijos, ekologinių trikdžių, gamtos istorijos, rūšių sąveikos, invazijos kliūčių, invazinių rūšių valdymo ir poveikio natūralioms bendruomenėms bei ekosistemoms poveikį.

BIOL 431. Įvadas į jūrų biologiją. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 317, CHEM 102 ir CHEZ 102, su minimaliais C balais. Įvadas į fizinę, cheminę ir geologinę okeanografiją ir išsamesnis organizmų bei ekologinių procesų, susijusių su pasaulio vandenynų ir upių žiočių pelaginėje ir bentosinėje aplinkoje, traktavimas .

BIOL 435. Herpetologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 su minimaliu C balu. Roplių ir varliagyvių evoliucija, ekologija, struktūra, taksonomija ir elgsena.

BIOL 438. Teismo medicinos molekulinė biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 310 su minimaliu C balu. Suteikia supratimą apie molekulinės biologijos tyrimų metodikas, taikomas atliekant teismo ekspertizės mėginių analizę. Šiuolaikinės kriminalistinės DNR analizės temos apims kokybės užtikrinimą, DNR duomenų bankininkystę, šiuolaikinius tyrimus ir populiacijos genetiką. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: FRSC 438.

BIOL 440. Vystymosi biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir 310, kurių kiekvienas turi ne mažiau kaip C. Pagrindiniai vystymosi biologijos principai, orientuoti į stuburinių modelių organizmus, pabrėžiant pagrindinius ląstelių ir molekulinius mechanizmus, kurie lemia vystymąsi.

BIOL 445. Neurobiologija ir elgsena. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 su minimaliu C balu. Gyvūnų elgsenos tyrimas, pabrėžiantis ekologinį, evoliucinį ir neurobiologinį požiūrį.

BIOL 448. Neuromokslai. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C balu. Išankstinė arba būtina sąlyga: BIOL 310. Nervų sistemos pagrindinės sandaros, nervų sistemos veikimo ląsteliniu ir molekuliniu lygmeniu bei nervų sistemos formavimosi vystymosi metu tyrimas.

BIOL 450. Vėžio biologija I. 3 val.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300, ne mažesnis kaip C arba PHIS 309. Ląstelinių, molekulinių ir klinikinių vėžio vystymosi, progresavimo ir gydymo aspektų tyrimas.

BIOL 451. Vėžio biologija II. 4 valandos.

Semestro kursas 1 paskaita ir 12 laboratorinių valandų. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 450 ir instruktoriaus leidimas. 40 biologijos kreditų, reikalingų pagrindinei studijai, gali būti taikomi ne daugiau kaip šeši kreditai už visus mokslinių tyrimų ir stažuočių kursus (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir (arba) BIOZ 395). . Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Vėžio vystymosi, progresavimo ir gydymo ląstelinių, molekulinių ir klinikinių aspektų tyrimas.

BIOL 452. Vaistų biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C laipsniu. Nagrinėjama, kaip vaistai moduliuoja biologinių signalų perdavimo būdus, kad būtų galima tirti, gydyti, sustiprinti ir intoksikuoti organizmus. Įvadas į pagrindinę farmakologiją, kurioje daugiausia dėmesio skiriama žmogaus keliams ir ligoms. Temos apima pagrindines narkotikų klases (širdies ir kraujagyslių, virškinimo trakto ir kt.) ir piktnaudžiavimo narkotikais (alkoholis, marihuana ir kt.).

BIOL 453. Vėžio biologijos baigiamasis darbas. 4 valandos.

Semestro kursas 1 deklamacija ir 12 laboratorinių valandų. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 451. Iš 40 kreditų gali būti taikomi ne daugiau kaip šeši kreditai už visus mokslinių tyrimų ir stažuočių kursus (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir/arba BIOZ 395). biologija reikalinga specialybei. Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Studentai gali dalyvauti tik gavę dėstytojo ir tyrimo mentoriaus leidimą. Studentai gaus naudos iš neįkainojamų mokymosi galimybių vėžio tyrimų srityje, įskaitant praktinį mokymąsi, tiesioginį VCU fakulteto nario kuravimą, mokslinio rašymo įgūdžius, laiko ir mokslinių tyrimų projektų valdymą bei įvairių laboratorinių metodų poveikį ir mokymą. Be to, studentai įgis patirties rengdami vėžio tyrimo pasiūlymą ir baigiamąjį darbą.

BIOL 455. Imunologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 su minimaliu C arba PHIS 309 įvertinimu. Išsamus supažindinimas su aukštesniųjų gyvūnų imunine sistema, pabrėžiant antikūnais gydomo imuniteto molekulinį ir ląstelinį pagrindą.

BIOL 459. Infekcinių ligų ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 151, BIOL 152, BIOZ 151, BIOZ 152 ir BIOL 317, visi su minimaliu C laipsniu. Išsami ir naujausia infekcinių ligų priežasčių ir pasekmių apžvalga nuo atskirų organizmų iki pasaulinio masto. Nagrinėja infekcinių ligų ekologijos istoriją žmonių ir nežmonių populiacijose. Studentai sužino apie perdavimo ir koevoliucijos vaidmenį infekcinių ligų ekologijoje ir apie tai, kaip populiacijos modeliai naudojami siekiant informuoti apie epidemijų ir naujų infekcinių ligų valdymą.

BIOL 460. Žmogaus evoliucinė genetika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 318 arba BIOL 341 su minimaliu C laipsniu. Šiuolaikinių žmonių kilmė ir genetinė istorija, mūsų istorinė kolonizacija ir migracija, žmogaus genomo projekto naudingumas, mūsų skirtumai nuo kitų primatų, prisitaikymas prie mūsų aplinkos ir ligų, ir genetinių tyrimų etines pasekmes mūsų visuomenėje.

BIOL 475. Biologijos Capstone seminaras: ____. 1-3 valandos.

Semestro kursas 1-3 seminaro valandos. 1-3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 ir BIOL 318, kurių kiekvienas turi minimalų C balą. Dalyvauti gali tik biologijos specialybės, turinčios aukštesnes pareigas. Mokiniai prieš pamoką skaito priskirtus teminius darbus, rengia kritines analizes, diskutuoja ir diskutuoja apie pasirinktas pozicijas. Norėdami sužinoti konkrečias temas, žr. paskaitų tvarkaraštį.

BIOL 477. Biologijos Capstone patirtis. 0 valandų.

Semestro kurso kintamos valandos. 0 kreditų. Būtinos sąlygos: BIOL 300, BIOL 310, BIOL 317 ir BIOL 318, kurių kiekvienas turi minimalų C pažymį ir 90 valandų bakalauro kursinio darbo. Šie kursai laikomi pagrindine patirtimi, jei jie mokomi kartu su šiuo kursu: BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495, BIOL 497 arba kiti kursai, įskaitant teminius kursus, kurie apima pagrindines kompetencijas, kurių reikia norint įgyti pagrindinio akmens patirties, ir yra patvirtinti katedros. Biologijos katedros. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 480. Gyvūnų ir augalų sąveika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba BIOL 318 su minimaliu C pažymiu arba instruktoriaus leidimas. Ekologinės ir evoliucinės gyvūnų ir augalų sąveikos pasekmės.

BIOL 482. Preceptor Patirtis. 0 valandų.

Semestro kursas 0 val. 0 kreditų. Dalyvauti gali tik studentai, baigę atitinkamą kursą, kuriame jie bus mokytojo padėjėjai, turintys minimalų B pažymį ir kurių minimalus kaupiamasis GPA yra 3,0. Prieš registraciją taip pat reikalingas instruktoriaus ir skyriaus pirmininko leidimas. Mokytojų padėjėjai patobulins savo žinias apie kursų turinį ir ugdys įgūdžius, kurie yra natūralūs mokomajam vaidmeniui, supras mokymosi procesą tam tikroje disciplinoje ir gebės paaiškinti kurso turinio svarbą ir vertę pradedančiajai auditorijai. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 484. Tyrimo asistento patirtis. 0 valandų.

Semestro kursas 0 val. 0 kreditų. Dalyvauti gali tik studentai, gavę katedros vedėjo leidimą, ir tik studentai, kuriems tyrimo vadovas sutiko būti mentoriumi. Padeda palengvinti studentų įsitraukimą į Biologijos katedros tyrimų laboratorijas. Studentai įgis praktinės patirties, įskaitant duomenų rinkimą ir analizę, lauko ir (arba) laboratorinių metodų mokymąsi ir (arba) eksperimentinių procedūrų įsisavinimą, visa tai tiesiogiai prižiūrint fakulteto nariui. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 489. Mokslinių tyrimų komunikacija. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Būtina sąlyga: „Biocore“ baigimas su minimaliomis C klasėmis. Būtinoji sąlyga: BIOL 495, vyresnysis statusas. Galimybė studentams ugdyti įgūdžius, reikalingus veiksmingai perteikti savo tyrimą raštu. Apima įvairias seminarų diskusijas ir veiklas, įskaitant figūrų paruošimą publikavimui ir tiriamojo darbo parengimą teisingai naudojant pirminę literatūrą. Studentai pasinaudos šia galimybe, kad padėtų rašyti disertaciją BIOL 495.

BIOL 490. Tyrimo pristatymas. 1 valandą.

Semestro kursas 1 kreditas. Būtina sąlyga: „Biocore“ baigimas su minimaliomis C klasėmis. Išankstinės arba pagrindinės sąlygos: BIOL 492 arba 495 ir aukštas pareigas. Galimybė studentams išsiugdyti įgūdžius, reikalingus efektyviam tiriamojo darbo pristatymui žodžiu. Apima įvairias seminarų diskusijas ir veiklas, tokias kaip vaizdinės medžiagos rengimas ir statistinė duomenų analizė. Studentai pateiks keletą žodinių pranešimų, tiesiogiai susijusių su jų konkrečiais BIOL 492 arba 495 projektais.

BIOL 491. Biologijos temos. 1-4 valandos.

Semestro kurso kintamos valandos. Kintamasis kreditas. Būtina sąlyga: BIOL 300. Pasirinktos biologijos temos studijos. Norėdami sužinoti konkrečias temas, kurios bus siūlomos kiekvieną semestrą, ir būtinas sąlygas, žiūrėkite užsiėmimų tvarkaraštį.

BIOL 492. Nepriklausomas tyrimas. 1-4 valandos.

Semestro kursas 1-4 savarankiškų studijų val. 1-4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOZ 151 ir BIOZ 152, kiekvienas su minimaliu C pažymiu ir Biologijos katedros vedėjo leidimu. Gali būti kartojamas dėl kredito. Visiems moksliniams tyrimams ir stažuotėms skirtiems dalykams (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir (arba) BIOZ 395) gali būti taikomi ne daugiau kaip šeši kreditai, skirti 40 biologijos kreditų, reikalingų pagrindinei studijai. Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Reikalingi ne mažiau kaip du kreditai, kad kursas būtų laikomas laboratorine patirtimi. Projektai turėtų apimti duomenų rinkimą ir analizę, lauko ir (arba) laboratorinių metodų mokymąsi ir (arba) eksperimentinių procedūrų įsisavinimą, visa tai tiesiogiai prižiūrint fakulteto nariui. Reikia mažiausiai trijų valandų prižiūrimos veiklos per savaitę per vieną kredito valandą. Baigiant projektą turi būti pateikta galutinė ataskaita.

BIOL 493. Biologijos praktika. 1-3 valandos.

Semestro kursas 1-3 lauko patirties valandos. 1-3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 310 arba 317 su minimaliais C pažymiais ir Biologijos katedros vedėjo bei agentūros, įmonės ar organizacijos, kurioje bus atliekama praktika, leidimas. Gali būti kartojamas dėl kredito.Studentai gali gauti ne daugiau kaip tris kreditus per semestrą, iš viso šeši kreditai už visus mokslinių tyrimų ir stažuočių kursus (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir (arba) BIOZ 395). Pagrindiniam dalykui reikia 40 kreditų biologijos. Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Vienas kreditas suteikiamas už kiekvieną 100 darbo valandų profesinėje biologijoje. Stažuotė, skirta įgyti laboratorinę ar lauko patirtį ne miestelio profesinėje biologijos aplinkoje. Baigus praktiką turi būti pateikta galutinė ataskaita. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 495. Tyrimas ir baigiamasis darbas. 1-4 valandos.

Semestro kursas 1-4 tiriamojo darbo valandos. 1-4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 392, vadovaujančio dėstytojo leidimas ir katedros vedėjui priimtinas mokslinio tyrimo pasiūlymas. Būtinoji sąlyga: BIOL 489 arba BIOL 490. Galima kartoti ne daugiau kaip aštuonis kreditus. Studentai gali gauti ne daugiau kaip keturis kreditus per semestrą, iš viso šeši kreditai už visus mokslinių tyrimų ir stažuočių kursus (BIOL 395, BIOL 451, BIOL 453, BIOL 492, BIOL 493, BIOL 495 ir (arba) BIOZ 395). Pagrindiniam dalykui reikia 40 kreditų biologijos. Papildomi kreditai iš šių kursų gali būti taikomi aukštesniojo lygio ir atviriems pasirenkamiems kreditams siekiant laipsnio. Reikalingi ne mažiau kaip du kreditai, kad kursas būtų laikomas laboratorine patirtimi. Norint gauti biologijos pagyrimus, reikia mažiausiai keturių kreditų. Veikla apima lauko ir (arba) laboratorinius tyrimus, kuriuos tiesiogiai prižiūri fakulteto mentorius. Reikia mažiausiai trijų valandų prižiūrimos veiklos per savaitę per vieną kredito valandą. Tyrimų projektai turi apimti eksperimentinį projektavimą ir duomenų analizę. Šis kursas turi būti išklausytas du semestrus iš eilės, pradedant nuo rudens. Baigus tyrimą reikalingas aukštos kokybės rašytinis baigiamasis darbas.

BIOL 496. Biologijos priežiūra: ____. 2 valandos.

Semestro kursas 2 praktikos val. 2 kreditai. Gali būti kartojamas su kitu įskaitos kursu. Priimami tik studentai, baigę atitinkamą kursą su minimaliu B pažymiu ir kurių minimalus kaupiamasis GPA yra 3,0. Prieš registraciją reikalingas instruktoriaus leidimas. Preceptoriai padeda instruktoriams paskaitų (BIOL) arba laboratorijų (BIOZ) kursuose. Atsakomybės skiriasi ir gali apimti, bet neapsiribojant, pamokų lankymą, peržiūros sesijų vedimą ir kurso studijų / peržiūros medžiagos ruošimą. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta. Laipsnio reikalavimams gali būti taikomi ne daugiau kaip keturi BIOL 496 ir BIOL 499 kreditai.

BIOL 497. Ekologinių paslaugų mokymasis. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Būtina sąlyga: BIOL 317 su minimaliu C įvertinimu. Paslaugų mokymosi kursas, sujungtas su kurso turiniu ir medžiaga, dėstomu BIOL 317. Studentai ieškos ekologiniu požiūriu svarbių galimybių su vietos, valstijos ir federalinės bendruomenės partneriais, kurie suteiks patirties, kaip pagerinti akademinį praturtėjimą. ir asmeninį augimą bei padės ugdyti pilietinės atsakomybės jausmą. Studentai turi baigti mažiausiai 20 tarnybinio mokymosi valandų su bendruomenės partneriu (-iais).

BIOL 498. Vabzdžiai ir augalai Paslaugų mokymasis. 2 valandos.

Semestro kurso 2 lauko patirties valandos. 2 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 317 arba BIOL 318 su minimaliu C pažymiu ir instruktoriaus leidimu. Paslaugų mokymosi kursas, susijęs su vabzdžių ir augalų sąveika. Patirtis su bendruomenės partneriais, įskaitant viešuosius parkus, botanikos sodus ir ekologinius ūkius. Sukurta plėsti akademinį mokymą, stiprinti asmeninį augimą ir ugdyti pilietinės atsakomybės jausmą. Studentai turi baigti mažiausiai 40 tarnybinio mokymosi valandų su bendruomenės partneriu.

BIOL 499. Biologijos švino preceptorystė. 2 valandos.

Semestro kursas 2 praktikos val. 2 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 496 tame pačiame kurse, kurio pažymys yra išlaikytas. Dalyvauti gali tik studentai, baigę atitinkamą kursą su minimaliu B įvertinimu ir kurių minimalus kaupiamasis GPA yra 3,0. Prieš registraciją reikalingas instruktoriaus leidimas. Vadovaujantys mokytojai padeda instruktoriams paskaitų (BIOL) arba laboratorijų (BIOZ) kursuose. Įsipareigojimų kaupiasi daugiau nei reikalaujama išankstiniame kurse. Atsakomybės skiriasi ir gali apimti, bet neapsiribojant, vadovų komandų organizavimą dideliems registruojamiesiems kursams, vadovų kuravimą, duomenų įvedimą kurso medžiagoje, grupinio darbo vykdymą ir t. t. Įvertinama kaip išlaikytas / neišlaikytas. Laipsnio reikalavimams gali būti taikomi ne daugiau kaip keturi BIOL 496 ir BIOL 499 kreditai.

BIOL 502. Mikrobų biotechnologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: MICR/BIOC 503 arba BIOC 530, 531, 532 ir 533 arba lygiavertis, ir MICR/BIOC 504 arba lygiavertis. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Pagrindinių principų taikymo sprendžiant komercines problemas aptarimas. Kursas apims istorinius biotransformacijų principus, susijusius su pirminiu ir antriniu metabolizmu, taip pat rekombinantinės DNR technologiją ir monokloninius antikūnus bei produktus, gautus taikant rekombinantinės DNR technologiją.

BIOL 503. Žuvų biologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Žuvų klasifikacija, elgsena, fiziologija ir ekologija. Laboratorijos akcentuos žuvų rinkimą lauke ir egzempliorių identifikavimą.

BIOL 507. Vandens mikrobiologija. 4 valandos.

Semestro kursas 2 paskaita ir 4 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 303 ir 307 arba lygiaverčiai. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Šis kursas apims praktinį požiūrį į metodus, naudojamus kultivuojant, identifikuojant ir išvardijant konkrečius mikroorganizmus, turinčius įtakos elementų ciklui vandens sistemose, ir tuos, kurie daro įtaką arba nurodo vandens kokybę.

BIOL 508. Barjerinės salos ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis, arba instruktoriaus leidimas. Fizinių veiksnių, turinčių įtakos barjerinių salų susidarymui, augalų ir gyvūnų prisitaikymo kolonizacijai ir išlikimui šiose atšiauriose aplinkose tyrimas ir kaip pakrančių ekologiniai procesai atitinka bendrą ekologinę teoriją. Pabrėžiami pavyzdžiai ir problemos, susijusios su Virdžinija ir pietryčių JAV.

BIOL 509. Mikrobų ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis C ar aukštesnis įvertinimas. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Tyrinėja mikroorganizmų ir jų aplinkos sąveiką, įskaitant diskusijas apie mikrobų įvairovę, maistinių medžiagų ciklą, simbiozę ir pasirinktus taikomosios mikrobiologijos aspektus.

BIOL 510. Apsaugos biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Nagrinėjamas spartesnis rūšių nykimas dėl didėjančio žmonių populiacijos spaudimo ir biologinių, socialinių bei teisinių procesų, susijusių su biologinės įvairovės išsaugojimu.

BIOL 512. Augalų įvairovė ir evoliucija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 4 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir 310 arba lygiaverčiai, arba instruktoriaus leidimas. Kraujagyslinių augalų (įskaitant paparčius, gimnasėklius ir žydinčius augalus) taksonomija, įvairovė ir evoliucijos istorija. Paskaitoje akcentuojami evoliuciniai santykiai. Laboratorijoje akcentuojamas augalų, ypač Virdžinijos floros, atpažinimas ir identifikavimas, įskaitant kai kurias išvykas į vietines botanikos sritis.

BIOL 514. Upelio ekologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317. Galima tik kvalifikuotiems senjorams ir magistrantams. Upelių ir upių ekologijos tyrimas. Laboratorijoje pagrindinis dėmesys skiriamas vandens bendruomenių struktūrai ir funkcionavimui nuo kalnų iki pakrantės upelių.

BIOL 516. Populiacijos genetika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: STAT/BIOS 543. Teorinė ir empirinė analizė, kaip demografiniai ir evoliuciniai procesai įtakoja neutralią ir adaptyvią genetinę variaciją populiacijose.

BIOL 518. Augalų ekologija. 4 valandos.

Semestro kurso 3 paskaitos ir 2 laboratorinės valandos. Reikalinga viena trijų dienų ekskursija. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317. Galima tik kvalifikuotiems senjorams ir magistrantams. Paskaita, lauko ir laboratorinis kursas, susijęs su augalų bendrijų raida, sukcesija ir dinamika bei jų sąsajomis su klimatu, dirvožemiu, biotiniais ir istoriniais veiksniais.

BIOL 519. Miško ekologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis. Registracija tik magistrantams ir aukštesniojo lygio bakalauro studentams. Apima pažangias miško ekologijos temas, ypatingą dėmesį skiriant įvairioms Virdžinijos miškų ekosistemoms. Studentai įgyja supratimą apie pagrindines miško struktūros, augimo ir pasiskirstymo kontrolę ir taiko šiuos principus kurdami ir vykdydami absolventų lygio lauko tyrimų projektą.

BIOL 520. Gyventojų ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 310 ir BIOL 317 arba instruktoriaus leidimas. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Teorinė ir empirinė natūraliose populiacijose vykstančių procesų analizė, įskaitant populiacijos genetiką, populiacijos augimą ir svyravimus, demografiją, gyvybės istorijos strategijų raidą ir tarprūšines sąveikas. Kiekybiniai modeliai bus plačiai naudojami tiriant ekologines koncepcijas.

BIOL 521. Bendruomenės ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 317 arba lygiavertis. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Natūralių bendrijų, ekosistemų ir kraštovaizdžių struktūros ir funkcijos teorinė ir empirinė analizė.

BIOL 522. Evoliucija ir specifikacija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 310 arba lygiavertis. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Evoliucijos principai, akcentuojantys genetinius ir aplinkos veiksnius, lemiančius didelių ir mažų augalų ir gyvūnų populiacijų pokyčius, ir mechanizmus, atsakingus už specifiką.

BIOL 524. Endokrinologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir CHEM 301-302 ir CHEZ 301L, 302L arba lygiavertis. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Hormoninės kontrolės sistemos organų, audinių ir ląstelių lygiu. Nors pagrindinis dėmesys bus skiriamas stuburinių endokrininėms sistemoms, bus aptartos kai kurios bestuburių ir augalų kontrolės sistemos.

BIOL 530. Žmogaus genetikos įvadas. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Dalyvauti gali tik kvalifikuoti senjorai ir absolventai. Rekomenduojamos pagrindinės genetikos žinios. Pateikiamas išsamus žmogaus genetikos pagrindų tyrimas. Tyrinėja tokias temas, kaip Mendelio ir ne Mendelio paveldėjimas, kilmės analizė, citogenetika, aneuploidiniai sindromai, vėžys, genų struktūra ir funkcija, epigenetika, genų ekspresija, biocheminė genetika ir įgimtos metabolizmo klaidos.

BIOL 535. Šlapžemių ekologija. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis arba instruktoriaus leidimas. Gėlavandenių ir pakrančių šlapžemių ekologijos tyrimas, įskaitant fizinius ir biologinius šių sistemų aspektus, šlapžemių funkcijas vietiniu, kraštovaizdžio ir pasauliniu mastu bei pelkių reguliavimą ir atkūrimą. Studentai įgis įgūdžių, susijusių su analitiniais metodais, naudojamais laboratorijose ir lauke, siekiant nustatyti ir atskirti pelkių ekosistemas.

BIOL 540. Molekulinės genetikos pagrindai. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 310 arba instruktoriaus sutikimas. Pagrindiniai molekulinės biologijos ir genetikos principai ir metodikos taikomi genomo organizavimui, replikacijai, ekspresijai, reguliavimui, mutacijai ir pertvarkymui. Bus akcentuojamas platus įvadas ir svarbių temų integravimas prokariotinėse ir eukariotinėse sistemose. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: BNFO 540.

BIOL 541. Molekulinės genetikos laboratorija. 2 valandos.

Semestro kursas 1 paskaita ir 4 laboratorinės valandos. 2 kreditai. Išankstinė arba būtina sąlyga: BIOL 540 arba lygiavertis. Eksperimentai yra skirti taikyti pažangias molekulinės biologijos ir genetikos technologijas ir koncepcijas, naudojant prokariotines ir eukariotų sistemas. Dėmesys bus skiriamas eksperimentiniam dizainui, rezultatų integravimui per semestrą, atitinkamos publikuotos literatūros panaudojimui, moksliniam rašymui ir praktinės patirties su pažangia įranga bei metodikomis suteikimui. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: BNFO 541.

BIOL 545. Biologinis kompleksiškumas. 3 valandos.

Semestro kursas 2 paskaita ir 2 laboratorinės valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: fizika ir skaičiavimas arba instruktoriaus leidimas. Atvira tik absolventams ir kvalifikuotiems senjorams. Įvadas į sudėtingumo teorijos pagrindą ir atsirandančių savybių principus integruojamųjų gyvybės mokslų kontekste. Pabrėžiama dinamiška biologinių, fizinių ir socialinių sistemų komponentų sąveika, pradedant molekuliniu ir baigiant ekosistemų lygiu. Iliustruojami modeliavimo ir modeliavimo metodai biologiniam sudėtingumui tirti. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: LFSC 510.

BIOL 548. Bioinformatinės technologijos. 2 valandos.

Semestro kursas 2 paskaitų valandos. 2 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 545/LFSC 510 arba instruktoriaus leidimas. Supažindinama su technine ir programine įranga, naudojama kompiuterinėje biologijoje, proteomikoje, genomikoje, ekoinformatikoje ir kitose gyvybės mokslų duomenų analizės srityse. Kursas taip pat supažindins studentus su duomenų gavyba, duomenų bazių naudojimu, metaduomenų analize ir informacijos prieigos metodais. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: LFSC 520.

BIOL 550. Ekologinė genetika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Atvira tik kvalifikuotiems senjorams ir absolventams. Pristato ekologinės genetikos principus, ypač tuos, kurių pagrindai yra populiacinė ir kiekybinė genetika, ir iliustruoja konceptualius sunkumus, su kuriais susiduria išteklių valdytojai, norintys taikyti genetinius principus. Tyrinėja įvairias gamtosaugos genetikų naudojamas biologines technologijas ir suteikia galimybę studentams įgyti patirties analizuojant ir interpretuojant ekologinius genetinius duomenis.

BIOL 560. Tausojimo medicina. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Supažindina mokinius su pagrindiniais laukinės gamtos ligų, zoonozių, naujų infekcinių ligų, susijusių su laukine gamta ir žmonėmis, elementais ir šių temų išsaugojimu bei poveikiu sveikatai. Įtraukiamos diskusijos apie aplinkos kokybės ir laukinės gamtos bei žmonių ligų ir sveikatos sąveiką. Temos apima žuvų, varliagyvių, roplių, paukščių ir žinduolių ligas, aplinkos teršalų ir klimato poveikį toms ligoms bei jų sąveiką su žmonių sveikata.

BIOL 565. Ląstelių signalizacijos pažanga. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 300 arba lygiavertis. Aktualus kursas, skirtas citokinų, hormonų ir neurotransmiterių ląstelių komunikacijos pažangai. Kiekvieną semestrą pagrindinis dėmesys skiriamas vis kitai temai. Ankstesnės temos buvo vėžio biologija, alergija ir astma bei autoimunitetas.

BIOL 580. Eukariotų biotechnologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtinos sąlygos: BIOL 300 ir BIOL 310, abu su minimaliu C pažymiu arba baigę biologiją ar susijusią sritį. Dalyvauti gali tik magistrantai ir vyresniųjų klasių studentai. Gyvūnų ir augalų ląstelių biotechnologijų principų, koncepcijų, metodų, taikymo ir dabartinės pažangos, susijusios su ląstelių ir molekulinės biologijos aspektais, aptarimas. Kursas apims svetimų genų molekulinę konstravimo DNR klonavimo technologijas, skirtas DNR, RNR ir baltymų analizei nevektoriaus ir vektorinio tarpininkaujamo genetinės transformacijos genų reguliavimui transgeninių ląstelių ląstelių ir audinių kultūrų ląstelių sintezėje bei žemės ūkio, medicinos ir kitose pramonės srityse.

BIOL 591. Specialiosios biologijos temos. 1-4 valandos.

Semestro kursas 1-4 kreditai. Išsamus pasirinktos biologijos temos tyrimas. Norėdami sužinoti konkrečias temas, kurios bus siūlomos kiekvieną semestrą, ir būtinas sąlygas, žiūrėkite užsiėmimų tvarkaraštį. Jei siūlomos kelios temos, studentai gali pasirinkti daugiau nei vieną.

BIOL 601. Integruota bioinformatika. 4 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitos ir 3 laboratorinės valandos. 4 kreditai. Registracijai reikalingas instruktoriaus leidimas. Pateikiamos pagrindinės bioinformatikos sąvokos per eilę realaus gyvenimo problemų, kurias turi išspręsti studentai. Spręstos problemos apims genominės analizės, statistinės analizės ir sudėtingų biologinių reiškinių modeliavimo problemas, bet jais neapsiribojant. Bus akcentuojamas gilus kelių plačiai naudojamų bioinformatikos priemonių supratimas. Į kryžminį sąrašą įtraukta kaip: BNFO 601.

BIOL 602. Biologijos profesinis ir karjeros tobulinimas. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Dalyvauti gali tik studentai, turintys absolventų statusą. Šis kursas suteiks studentams žinių, išteklių ir įgūdžių, kad galėtų greitai ir sėkmingai įvykdyti M.S. biologijoje, tobulindami savo bendravimo ir planavimo įgūdžius keliais svarbiais formatais ir srityse, taip pat tyrinėdami alternatyvius karjeros kelius, pagrįstus jų asmeniniais tikslais ir vertybėmis.

BIOL 603. Mokslinės lyderystės pagrindai. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Priimami tik studentai, turintys absolventų statusą. Šio kurso tikslas – parengti studentus sėkmingai dirbti įvairių mokslinių grupių nariais ir vadovais studijų metu ir įvairiuose mokslinės karjeros keliuose. Studentai bus supažindinti ir įgyti patirties su pagrindinėmis komandų ir vadovaujančių komandų sampratomis, įskaitant vertybėmis pagrįstas misijas ir tikslus, efektyvų bendravimą ir grįžtamąjį ryšį, komandos vystymosi ir lyderystės etapus, įvairovę ir įtraukumą, mentorystę ir instruktavimą, konfliktų sprendimą, projektų valdymą, pokyčių vedimas, palikimas ir įvertinimas.

BIOL 604. Tyrimo vientisumas. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Dalyvauti gali tik studentai, turintys absolventų statusą. Šis kursas sukurtas siekiant suteikti diskusijomis pagrįstą požiūrį į tyrimų vientisumą. Kurso pabaigoje studentai puikiai supras, kaip mokslas sąveikauja su visuomene ir ją informuoja. Jie bus suvirškinę daugybę aktualių klausimų, susijusių su atsakingu tyrimų atlikimu, ir gebės aiškiai suformuluoti etinius ir teisinius iškilusių problemų sprendimus. Šiame kurse nagrinėjamos įvairios biologijos mokslų srities problemos, įskaitant laboratorinius ir lauko tyrimus. Šis kursas skirtas magistrantūros ir pradinio lygio doktorantūros studijoms. studentai. Įvertinta kaip įskaityta/neišlaikyta.

BIOL 605. Įvairovė ir įtraukimas į mokslą. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas.Dalyvauti gali tik studentai, turintys absolventų statusą. Šis kursas supažindins ir sudomins studentus su įvairiomis mokslo įvairovės formomis per pristatymus, įvairius kviestinius pranešėjus, diskusijas klasėje ir studentų užduotis, parengiant juos atpažinti ir panaudoti šią įvairovę, pasitelkiant įtrauktį per visą savo mokslinę karjerą ir gyvenimą.

BIOL 606. Kiekybinė ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Matematinės ekologijos principai ir taikymas bendruomenės lygmeniu, įskaitant eksperimentinio plano atrankos metodus, prielaidas ir apribojimus bei klasterių analizės, gradiento analizės ir koordinavimo naudojimą dideliems duomenų rinkiniams įvertinti, apibendrinti ir palyginti.

BIOL 607. Mokslo komunikacija: pagrindai. 2 valandos.

Semestro kursas 2 paskaitų valandos. 2 kreditai. Dalyvauti gali tik studentai, turintys absolventų statusą. Šio kurso tikslas – suteikti mokslo komunikacijos mokymus įvairioms auditorijoms iš mokslinės ir nemokslinės aplinkos ir įvairiose karjeros srityse. Kursas apima pagrindines rašymo taisykles, rašymo procesą, techninį rašymą, vaizdinį pristatymą, žodinį pristatymą, įtraukiant auditoriją ir bendravimą su visuomene. Studentai įgis mokslinio bendravimo įgūdžių atlikdami rašymo pratybas, filmuodami žodines pratybas ir kolegų peržiūrą, kad paruoštų juos abiturientams ir už jos ribų.

BIOL 608. Mokslo komunikacija: mokslinių tyrimų pasiūlymai. 2 valandos.

Semestro kursas 2 paskaitų valandos. 2 kreditai. Dalyvauti gali tik studentai, turintys absolventų statusą. Šio kurso tikslas – mokyti rašyti konkursinius mokslinių tyrimų pasiūlymus. Studentai įgis reikalingų įgūdžių, reikalingų mokslinių tyrimų parengiamojo etapo pasiūlymų rašymo etapui, įskaitant nuorodų tvarkytojus, anotuotas bibliografijas, idėjos pardavimą, imitacines apžvalgos paneles, trumpos formos pasiūlymus, ilgos formos pasiūlymus ir disertacijų/disertacijų pasiūlymus. Studentai išmoks pasiūlymų rašymo įgūdžių, kurie suteiks pranašumų teikiant paraiškas įvairiems finansavimo šaltiniams.

BIOL 609. Mokslinė komunikacija: viešasis diskursas. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Būtina sąlyga: BIOL 607. Į studijas gali patekti tik studentai, turintys absolventų statusą. Šio kurso misija yra mokyti baigiamąjį darbą/disertaciją baigiančius studentus pritaikyti įgūdžius, kuriuos jie išmoko būtinajame kurse, kad efektyviai perteiktų savo disertacijos / disertacijos tyrimus ir jų svarbą pasaulinėms biologijos problemoms, nemokslinei auditorijai. Studentai, sėkmingai baigę šį kursą, galės efektyviai bendrauti su mokslu ir savo tyrimų aktualumu žodžiu ir raštu su ne mokslininkais visuomenėje, vyriausybės ir nevyriausybinėse institucijose bei žiniasklaidoje. Įvertinta kaip patenkinama/nepatenkinama.

BIOL 610. Apsaugos programos. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Apima apsaugos metodų įgyvendinimą, įskaitant stebėjimą, planavimą, švietimą, buveinių valdymą ir apsaugos derinimą su žmogaus vystymosi strategijomis. Dėmesys sutelkiamas į tai, kaip užtikrinti, kad išsaugojimas veiktų ten, kur reikia suderinti biologinę įvairovę ir žmonių pragyvenimo šaltinius. Studentai naudos daugybę kompiuterinių programų, kad analizuotų ir interpretuotų valdymo strategijas.

BIOL 618. Ekosistemų ekologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis arba instruktoriaus leidimas. Supažindinimas su vandens ir sausumos ekosistemų sandara ir funkcionavimu. Kursas papildo kitus magistrantūros studijų programos pasiūlymus, atsižvelgiant į ekologinius procesus aukštesnėse organizacijose ir abiotinių veiksnių kontekste. Studentai įgis konkrečios disciplinos žinių per paskaitas ir skaitymus, ugdydami kiekybinį ir kritinį mąstymą.

BIOL 620. Biogeochemija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Registracija tik magistrantams. Šiame kurse bus nagrinėjami anglies, azoto, fosforo, sieros ir geležies biogeocheminiai ciklai Žemėje tiek iš istorinės perspektyvos, tiek atsižvelgiant į pasaulinius aplinkos pokyčius, atsižvelgiant į ciklus atskirai, taip pat pripažįstant, kad tarp šių ciklų yra reikšminga sąveika. Biogeocheminių procesų pavyzdžiai bus paimti iš daugelio ekosistemų, pradedant sausumos dirvožemiais ir baigiant giliavandeniais.

BIOL 626. Fiziologinė ekologija. 4 valandos.

Semestro kursas 4 paskaitų valandos. 4 kreditai. Būtina sąlyga: BIOL 317 arba lygiavertis. Šiame kurse nagrinėjami fiziologiniai organizmų prisitaikymai ir prisitaikymai, reaguodami į savo aplinką.

BIOL 630. Žinduolių dauginimosi modeliai. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Išsamus ekologinis ir evoliucinis žinduolių reprodukcinės anatomijos specializacijų ir adaptyviosios spinduliuotės tyrimas, dauginimosi ciklas, dauginimosi sezoniškumas ir veiksniai, įtakojantys vados dydį ir naujagimių vystymosi būklę. Kai tinkama, įtraukiama ir žmogaus reprodukcinė biologija.

BIOL 640. Evoliucija ir molekuliniai žymenys. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Molekulinės biologijos metodikos ir taikymas, susijęs su evoliucijos tyrimu, daugiausia dėmesio skiriant sistematikai, specifikacijai ir biogeografijai. Kursas suteikia įgūdžių suprasti, interpretuoti ir pasirinkti tinkamus molekulinius žymenis evoliucijos tyrimams, ypatingą dėmesį skiriant dabartiniams metodams ir naujausiai literatūrai. Sukurta taip, kad būtų naudinga tiek gamtos istorijos (ekologams, sistematikams, evoliucijos biologams), tiek molekulinės biologijos studentams.

BIOL 650. Apsaugos genetika. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Apima molekulinės genetikos taikymą biologinės įvairovės išsaugojimui. Pagrindinės temos apima molekulinius genetinės įvairovės matavimus, genetinės įvairovės praradimo mažose populiacijose įvertinimą, giminystės aptikimą, taksonominių neaiškumų išsprendimą, T&E rūšių genetinį valdymą, veisimą nelaisvėje ir pakartotinį įveisimą. Molekuliniams genetiniams duomenims analizuoti ir interpretuoti studentai naudos daugybę kompiuterinių programų.

BIOL 654. Aplinkos nuotolinis stebėjimas. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: ENVS 602 arba instruktoriaus leidimas. Šis kursas suteikia pagrindinį ir taikomąjį supratimą apie skaitmeninių nuotolinių jutiklių duomenų naudojimą aptikti, identifikuoti ir apibūdinti žemės išteklius. Studentai turi parodyti supratimą apie dirvožemio, augmenijos ir vandens išteklių spektrinius požymius įvairiose laboratorijose, kuriose naudojami tiek vaizdo, tiek ne vaizdo optiniai spektriniai duomenys. Įtraukta į kryžminį sąrašą kaip: ENVS 654 / URSP 654.

BIOL 660. Vystymosi biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: biochemija arba ląstelių biologija arba jų atitikmuo. Molekuliniai ir ląsteliniai vystymosi biologijos principai modelių sistemose, įskaitant muses, kirminus, žuvis ir žinduolius. Morfogeno gradientų, transkripcijos, ląstelių judėjimo ir signalizacijos supratimas vystymosi metu. Mokomi pažangūs metodai, leidžiantys studentams interpretuoti ir pateikti pirminės literatūros išvadas.

BIOL 676. Augalų ir gyvūnų ląstelių biologija. 3 valandos.

Semestro kursas 3 paskaitų valandos. 3 kreditai. Būtina sąlyga: biochemija arba ląstelių biologija arba instruktoriaus leidimas. Molekuliniai ir ląsteliniai ląstelių elgesio ir funkcijos augalų ir gyvūnų ląstelėse principai. Temos apima tarpląstelinį transportą, ląstelių ciklo kontrolę, signalizaciją ir ląstelių judrumą. Mokomi pažangūs metodai, leidžiantys studentams interpretuoti ir pateikti šios srities pirminės literatūros išvadas.

BIOL 690. Biologijos seminaras. 1 valandą.

Semestro kursas 1 kreditas. Gali būti kartojamas dėl kredito. Dėstytojų ir kviestinių dėstytojų pranešimai, biologijos ir susijusių sričių tyrimų ir plėtros diskusijos. Įvertinta kaip S/U/F.

BIOL 691. Specialiosios biologijos temos. 1-4 valandos.

Semestro kurso kintamos valandos. 1-4 kreditai. Išplėstinis pasirinktos temos tyrimas biologijoje. Norėdami sužinoti konkrečias temas, kurios bus siūlomos kiekvieną semestrą, ir būtinas sąlygas, žiūrėkite užsiėmimų tvarkaraštį. Jei siūlomos kelios temos, studentai gali pasirinkti daugiau nei vieną.

BIOL 692. Nepriklausomas tyrimas. 1-4 valandos.

Semestro kurso valandos derinamos. Sutvarkyti kreditus. Prieš registruojantis į šį kursą turi būti gautas instruktoriaus, patarėjo ir skyriaus pirmininko leidimas. Kursas, skirtas suteikti galimybę atlikti nepriklausomus tyrimus bet kurioje biologijos srityje, nepriklausančioje magistrantūros darbui.

BIOL 693. Aktualios biologijos temos. 1 valandą.

Semestro kurso 1 paskaitos valanda. 1 kreditas. Gali būti kartojamas dėl kredito. Sukurta lavinti įgūdžius rengiant ir pristatant žodinius pranešimus kartu su nuodugniu dabartinės biologijos temos tyrimu. Mokiniai veda pranešimus ir veda diskusijas pasirinkta tema.

BIOL 698. Baigiamasis darbas. 1-16 valandos.

Semestro kurso valandos derinamos. Sutvarkyti kreditus. Savarankiški studentų tyrimai sisteminės, aplinkos, raidos, elgesio, ląstelių ir molekulinės biologijos bei lyginamosios fiziologijos srityse.