Informacija

Ar archėjos patiria tuos pačius horizontalius genų perdavimo procesus kaip ir bakterijos?

Ar archėjos patiria tuos pačius horizontalius genų perdavimo procesus kaip ir bakterijos?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ar archėjose taip pat vyksta tokie procesai kaip konjugacija, transformacija ir pan.? Jei ne, ar jie turi savo horizontalius genų perdavimo metodus? Ar bakterijos gali konjuguoti su archėjomis?


Wagner A, Whitaker RJ, Krause DJ, Heilers JH, van Wolferen M, van der Does C, Albers SV (2017) Genų srauto mechanizmai archėjose. Nat Rev Microbiol 15: 492-501.

Genetinės medžiagos mainai yra pagrindinė genomo evoliucijos varomoji jėga visame gyvybės medyje ir turi tam tikrą vaidmenį archeologinė specifikacija, įvairovės pritaikymas ir palaikymas.


Soucy SM, Huang J, Gogarten JP (2015 m.) Horizontalus genų perdavimas: gyvybės tinklo kūrimas. Nat Rev Genet 16: 472-482.

Horizontalus genų perdavimas (HGT) yra genetinės medžiagos dalijimasis tarp organizmų, nesusijusių su tėvų ir palikuonių santykiais. HGT yra plačiai pripažintas prisitaikymo mechanizmas bakterijose ir archėjose.


Fuchsman CA, Collins RE, Rocap G, Brazelton WJ (2017 m.) Aplinkos poveikis horizontaliam genų perdavimui tarp bakterijų ir archejų. PeerJ 29: e3865.

Potencialūs taškai horizontalus genų perdavimas tarp archėjų ir bakterijų apima karštąsias versmes, jūros nuosėdas ir naftos gręžinius.


Apribojimų, turinčių įtakos bakterijų genomų evoliucijai PVC superfermente, nustatymas

Horizontalus perkėlimas vaidina svarbų vaidmenį bakterijų genomų evoliucijoje, tačiau jis paklūsta keletui suvaržymų, įskaitant ekologinę galimybę susitikti su kitais organizmais, perdavimo sistemų buvimą ir perkeltų genų tinkamumą. Bakterijos iš Planctomyctetes, Verrumicrobia, Chlamydiae (PVC) superprieglobstis turi suskirstytą ląstelių planą, kurį riboja intracitoplazminė membrana, kuri gali būti papildomas suvaržymas, turintis ypatingą poveikį bakterijų evoliucijai. Šiame tyrime mes ištyrėme 33 genomų iš PVC rūšių evoliuciją ir sutelkėme dėmesį į horizontaliai perkeliamų sekų greitį ir pobūdį, atsižvelgiant į jų buveinę ir ląstelių planą.

Rezultatai

Naudodami lyginamąjį filogenominį metodą, parodėme, kad buveinė daro įtaką bakterijų genomo turinio raidai ir horizontalaus DNR (HT) perdavimo srautui. Taigi bakterijos iš dirvožemio, iš vabzdžių ir visur esančios bakterijos parodė didžiausią horizontalaus pernešimo vidurkį, palyginti su bakterijomis, gyvenančiomis vandenyje, tarpląstelinėmis bakterijomis stuburiniuose gyvūnuose, bakterijomis iš amebų ir tarpląstelinėmis bakterijomis stuburiniuose (atitinkamai 379 ir 110 įvykių kiekvienai rūšiai). ir 7,6% kiekvieno genomo dėl HT, palyginti su 4,8%). Šių pernešimų partneriai daugiausia buvo bakteriniai organizmai (94,9 %), jie leido mums atskirti aplinkos bakterijas, kurios daugiau apsikeitė Proteobakterijos, ir stuburinių gyvūnų bakterijos, kurios daugiau keitėsi su Firmikai. Horizontaliųjų perkėlimų funkcinė analizė atskleidė konvergentišką evoliuciją, kai genai, koduojantys membranos biogenezę ir lipidų apykaitą, yra per daug tarp atskirtų bakterijų skirtingose ​​buveinėse.

Išvados

Atrodo, kad PVC rūšyse esanti intracitoplazminė membrana turi įtakos genomo evoliucijai, parenkant perkeltą DNR, atsižvelgiant į jų užkoduotas funkcijas.


Fonas

Buvo pasiūlyti įvairūs tam tikro filogenetinių medžių rinkinio konsensuso medžio skaičiavimo metodai [1]. Labiausiai žinomi konsensuso medžių tipai yra griežtas konsensuso medis, daugumos sutarimo medis ir išplėstinis daugumos sutarimo medis [1, 2]. Griežto sutarimo medyje yra tik tie kraštai, kurie yra bendri visiems įvesties medžiams. Daugumos konsensuso medyje yra briaunos, kurios yra daugiau nei 50 % įvesties medžių, nors galima atsižvelgti ir į didesnius procentus. Pagal išplėstinės daugumos taisyklę konsensuso medis apima visas daugumos briaunas, prie kurių suderinamos liekamosios briaunos pridedamos palaipsniui, pradedant nuo dažniausiai pasitaikančių. Išplėstinės daugumos sutarimo medžiai yra dažniausiai naudojami konsensuso medžiai evoliucinėje biologijoje, nes jie paprastai yra daug geriau išskiriami (t. y. turi mažesnį vidutinį vidinių mazgų laipsnį) nei griežti ir daugumos konsensuso medžiai [2].

Daugumos įprastų konsensuso medžio algoritmų išvestis yra vienas konsensuso medis [1]. Tačiau daugeliu praktinių situacijų daug tikslingiau daryti išvadą apie kelis konsensuso medžius. Biologijoje dažnai rizikinga sugrupuoti filogenetinius medžius, atitinkančius skirtingus genų rinkinius. Kiekvienas genas turi savo evoliucijos istoriją, kuri gali iš esmės skirtis nuo kitų genų evoliucijos istorijų. Pavyzdžiui, kai kurie atskiri genai ar genų klasteriai (pvz., operonai), paveikti specifinių horizontalių genų perdavimo įvykių, parodys kitokius evoliucinius modelius nei kiti tiriami genai [3–8]. Tokių genų arba genų grupių evoliucijos istorija bus pavaizduota filogenetiniais medžiais, kurių topologija skiriasi nuo rūšies medžio, kuris atspindi genų, kuriems nebuvo atliktas genų perkėlimas, evoliuciją. Be to, tam tikro genų rinkinio homogeniškumą taip pat gali paveikti senovės dubliavimosi įvykiai, sukeliantys paraloginių alelių atsiradimą.

Yra keletas skaičiavimo įrankių, skirtų nesuderinamų filogenetinių medžių rinkiniams analizuoti ir vizualizuoti, įskaitant SplitsTree [9], Dendroscope [10] ir DensiTree [11]. Šios programos leidžia daryti išvadą apie įvairių rūšių filogenetinius tinklus, kurie gali būti laikomi kelių konsensuso medžių alternatyvomis. Holland ir kt. [12] buvo vieni pirmųjų, kurie aptarė sutarimo siekimo metodą, naudojant padalinimo tinklą. Holland ir kt. palygino mielių genomų genų medžius ir parodė, kad sutarimo tinklai gali būti naudingi norint pavaizduoti paslėptus prieštaringus signalus, egzistuojančius rūšių filogenijose.

Taigi klausimas, ar unikalus konsensuso medis ar keli konsensuso medžiai geriausiai apibūdina tam tikrą filogenijų rinkinį, kyla kaip alternatyva filogenetinio tinklo rekonstrukcijos metodams. Jei pateiktos filogenijos topologiškai sutampa, jas reikia sujungti į vieną konsensuso medį. Tačiau jei šios filogenijos apima prieštaringus genetinius signalus, jie turėtų būti suskirstyti į kelis konsensuso medžius, kurių kiekvienas atspindi specifinį evoliucinį modelį [13–15]. 1 paveiksle pavaizduoti keturi filogenetiniai medžiai T1, T2, T3 ir T4 su septyniais lapais. Čia sprendimas, kurį sudaro du daugumos taisyklės konsensuso medžiai, T12 ir T34, atrodo daug tinkamesnis nei sprendimas, sudarytas iš vieno daugumos sutarimo medžio, T1234, t. y. čia yra žvaigždžių medis, pateiktas tradiciniu daugumos sutarimo metodu.

Keturi filogenetiniai medžiai T1, T2, T3 ir T4 apibrėžta tame pačiame septynių lapų rinkinyje. Jų daugumos taisyklės sutarimo medis yra žvaigždžių medis T1234. Daugumos valdo konsensuso medžiai, T12 ir T34, sukonstruotas topologiškai artimų medžių poroms: T1 ir T2, ir T3 ir T4, atitinkamai

Šiame darbe aprašome naują algoritmą, skirtą nustatyti vienarūšių medžių grupes, kurias galima sujungti, kad būtų galima padaryti išvadą apie kelis konsensuso medžius. Kelių konsensuso medžių kūrimo idėją iš pradžių suformulavo Maddisonas [16], kuris išsiaiškino, kad tam tikros medžių rinkinio kai kurių pogrupių konsensuso medžiai gali skirtis ir jie paprastai yra geriau išsprendžiami nei viso rinkinio konsensuso medis. Tada Stockham ir kt. [17] pasiūlė du medžių klasterizacijos algoritmo variantus, pagrįstus k-priemonės, kurios buvo skirtos nustatyti griežtų konsensuso medžių rinkinį (vadinamus būdingais medžiais), kurie sumažina informacijos praradimą. Tačiau šie metodai buvo labai brangūs, kalbant apie veikimo laiką, nes konsensuso medžiai turėjo būti nustatyti kiekvienam klasterių rinkiniui visuose tarpiniuose skaidymo sprendimuose, kuriuos išbandė k- reiškia. Bonnard ir kt. [13] aprašė metodą, vadinamą daugiapoliu konsensusu, kad būtų rodomi visi tam tikro filogenetinių medžių, kurių atrama viršija iš anksto nustatytą slenkstį, skilimus, naudojant mažiausią galimą konsensuso medžių skaičių. Autoriai nurodė, kad biologiškai svarbūs antriniai signalai, kurių paprastai nebūtų klasikiniame konsensuso medyje, gali būti užfiksuoti daugiapoliu konsensuso metodu, taip suteikiant patogią filogenetinės analizės tyrimo priemonę. Šis metodas leidžia parodyti daugiau antrinių evoliucinių signalų, nei siūloma pagal išplėstinės daugumos taisyklės konsensusą, nedarant galimų savavališkų pasirinkimų, kurie paprastai daromi šiuo konsensuso metodu. Naujausiame savo darbe Guénoche [14] pristatė filogenetinių medžių padalijimo į vieną klasterį metodą.K=1, kai duoti genų medžiai yra vienarūšiai) arba kelios grupės (K>1, kai nurodyti genų medžiai skiriasi). Apibendrintas skaidinio balas, apskaičiuojamas per medžio skaidinių rinkinį, apskaičiuojamas Guénoche metodu, siekiant nustatyti klasterių skaičių, K, kuriame turėtų būti padalintas tam tikras genų medžių rinkinys. Guénoche patvirtino savo metodą, naudodamas imituotus duomenis, t. y. atsitiktinius medžių rinkinius, suskirstytus į skirtingas topologines grupes, ir realius duomenis, t. y. nehomogeninių 30 genų medžių rinkinį. E.coli padermių, kurios, kaip manoma, buvo paveiktos horizontalaus genų perdavimo. Autoriaus sukurta MCT (Multiple Consensus Trees) programa išlieka viena iš retų programinės įrangos dalių, leidžiančių nustatyti kelis konsensuso medžius, prieinamą mokslinių tyrimų bendruomenei.

Aprašysime naują medžių klasterizacijos metodą, kuris remiasi konkrečiomis Silueto versijomis (SH) [18] ir Caliński-Harabasz (CH) [19] indeksai, pritaikyti medžių klasterizavimui su k-medoidai. Šie klasterio galiojimo indeksai bus naudojami siekiant nustatyti geriausią skaidymą, gautą per keletą atsitiktinių pradžios k-medoids [20], kai yra fiksuotas klasterių skaičius, o tada pasirinkti optimalų grupių skaičių tam tikram medžių rinkiniui.


Singh, B. K., Bardgett, R. D., Smith, P. & Reay, D. S. Mikroorganizmai ir klimato kaita: antžeminis grįžtamasis ryšys ir švelninimo galimybės. Nat. Rev. Microbiol. 8, 779–790 (2010).

Chistoserdova, L. & Kalyuzhnaya, M. G. Dabartinės metilotrofijos tendencijos. Trends Microbiol. 26, 703–714 (2018).

Borrel, G. ir kt. Didelė metano ir trumpos grandinės alkano metabolizmo įvairovė nekultūringose ​​​​archėjose. Nat. Microbiol. 4, 603–613 (2019).

Chistoserdova, L. ir kt. Mįslingi planktomicetai gali turėti raktą į metanogenezės ir metilotrofijos kilmę. Mol. Biol. Evol. 21, 1234–1241 (2004).

Chistoserdova, L. Platus su tetrahidrometanopterinu/metanofuranu susietų C1 pernešimo reakcijų genų pasiskirstymas įrodo jų buvimą bendrame bakterijų ir archėjų protėvyje. Priekyje. Microbiol. 7, 1425 (2016).

Weiss, M. C. ir kt. Paskutinio visuotinio bendro protėvio fiziologija ir buveinė. Nat. Microbiol. 1, 16116 (2016).

Borrel, G., Adam, P. S. ir Gribaldo, S. Methanogenesis and the Wood–Ljungdahl kelias: senovinė, įvairiapusė ir trapi asociacija. Genome Biol. Evol. 8, 1706–1711 (2016).

Fuchs, G. Alternatyvūs anglies dioksido fiksavimo būdai: ankstyvosios gyvybės evoliucijos įžvalgos? Annu. Rev. Microbiol. 65, 631–658 (2011).

Laso-Pérez, R. ir kt. Termofilinės archėjos suaktyvina butaną formuodami alkilkofermentą M. Gamta 539, 396–401 (2016).

Chistoserdova, L. Metilotrofijos moduliacija, peržiūrėta dar kartą. Aplinka. Microbiol. 13, 2603–2622 (2011).

Chistoserdova, L., Vorholt, J. A., Thauer, R. K. & Lidstrom, M. E. C1 perneša fermentus ir kofermentus, jungiančius metilotrofines bakterijas ir metanogenines archėjas. Mokslas 281, 99–102 (1998).

Vorholt, J. A., Chistoserdova, L., Stolyar, S. M., Thauer, R. K. & Lidstrom, M. E. Nuo tetrahidrometanopterino priklausomų fermentų pasiskirstymas metilotrofinėse bakterijose ir meteniltetrahidrometanopterino ciklohidrolazių filogenija. J. Bacteriol. 181, 5750–5757 (1999).

Bauer, M. ir kt. Į archejas panašūs genai, skirti C1 pernešimo fermentams planktomicetuose: netikėto jų buvimo šiame prieglobstyje filogenetinės pasekmės. J. Mol. Evol. 59, 571–586 (2004).

Kalyuzhnaya, M. G. ir kt. Genų salų, dalyvaujančių su metanopterinu susietose C1 perdavimo reakcijose, analizė atskleidžia naujas funkcijas ir suteikia evoliucinių įžvalgų. J. Bacteriol. 187, 4607–4614 (2005).

Butterfield, C. N. ir kt. Proteogenominės analizės rodo, kad žemiau žolių šaknų zonos yra bakterinė metilotrofija, o archeologinė heterotrofija. PeerJ 4, e2687 (2016).

Ettwig, K. F. ir kt. Nitritų varomas anaerobinis metano oksidavimas deguonies bakterijomis. Gamta 464, 543–548 (2010).

Muñoz-Velasco, I. ir kt. Metanogenezė ankstyvosiose gyvenimo stadijose: senovinė, bet ne pirmapradė. Orig. Gyvenimas Evol. Biosph. 48, 407–420 (2018).

Raymann, K., Brochier-Armanet, C. & Gribaldo, S. Dviejų domenų gyvybės medis yra susietas su nauja archėjos šaknimi. Proc. Natl Akad. Sci. JAV 112, 6670–6675 (2015).

Adam, P. S., Borrel, G., Brochier-Armanet, C. & Gribaldo, S. Augantis Archėjos medis: naujos jų įvairovės, evoliucijos ir ekologijos perspektyvos. ISME J. 11, 2407–2425 (2017).

Ramamoorthy, S. ir kt. Desulfosporosinus lacus sp. nov., sulfatus redukuojanti bakterija, išskirta iš nesugadintų gėlo vandens ežerų nuosėdų. Tarpt. J. Syst. Evol. Microbiol. 56, 2729–2736 (2006).

Davidova, I. A. ir kt. Dethiosulfatarculus sandiegensis gen. lapkritis, sp. lapkritis, išskirtas iš metanogeninės parafiną ardančios sodrinimo kultūros ir patobulintas desulfarculaceae šeimos aprašymas. Tarpt. J. Syst. Evol. Microbiol. 66, 1242–1248 (2016).

Adam, P. S., Borrel, G. ir Gribaldo, S. Anglies monoksido dehidrogenazės / acetil-CoA sintazės, vieno iš seniausių fermentinių kompleksų, evoliucijos istorija. Proc. Natl Akad. Sci. JAV 115, E1166–E1173 (2018).

Sousa, F. L. & amp Martin, W. F. Biocheminės fosilijos senovės perėjimo nuo geoenergetikos prie bioenergetikos prokariotiniame vieno anglies junginio metabolizme. Biochim. Biofizė. Acta 1837, 964–981 (2014).

Chistoserdova, L., Rasche, M. E. ir Lidstrom, M. E. Nauji defosfotetrahidrometanopterino biosintezės genai, atrasti atliekant mutagenezę Methylobacterium extorquens AM1. J. Bacteriol. 187, 2508–2512 (2005).

Pomper, B. K., Saurel, O., Milon, A. ir Vorholt, J. A. Formiato generavimas formiltransferazės/hidrolazės kompleksu (Fhc) iš Methylobacterium extorquens AM1. FEBS Lett. 523, 133–137 (2002).

Wagner, T., Ermler, U. ir Shima, S. Metanogenic CO2 redukuojantis ir fiksuojantis fermentas yra bifunkcinis ir turi 46 [4Fe-4S] klasterius. Mokslas 354, 114–117 (2016).

Crowther, G. J., Kosaly, G. & Lidstrom, M. E. Formatas kaip pagrindinis metilotrofinio metabolizmo šakos taškas Methylobacterium extorquens AM1. J. Bacteriol. 190, 5057–5062 (2008).

Bar-Even, A., Noor, E. & Milo, R. Anglies fiksavimo būdų per kiekybinį objektyvą tyrimas. J. Exp. Bot. 63, 2325–2342 (2012).

Figueroa, I. A. ir kt. Metagenomika pagrįsta mikrobų chemolitoautotrofinio fosfito oksidacijos analizė rodo septintą natūralų CO2 fiksavimo kelias. Proc. Natl Akad. Sci. JAV 115, E92–E101 (2018).

Vorholt, J. A., Marx, C. J., Lidstrom, M. E. & amp Thauer, R. K. Naujas formaldehidą aktyvuojantis fermentas metilobakterijoje ekstorquens AM1, reikalingas augimui metanolyje. J. Bacteriol. 182, 6645–6650 (2000).

Lin, Z. & Sparling, R. Serino hidroksimetiltransferazės tyrimas metanogenuose. Gali. J. Microbiol. 44, 652–656 (1998).

Schwartz, E., Fritsch, J. & amp Friedrich, B. in Prokariotai (eds Rosenberg, E. ir kt.) 119–199 (Springer, 2013).

Begemann, M. B., Mormile, M. R., Sitton, O. C., Wall, J. D. ir Elias, D. A. Supaprastinta biovandenilio gamybos strategija su Halanaerobium hydrogeniformans, šarminė bakterija. Priekyje. Microbiol. 3, 93 (2012).

Maune, M. W. & Tanner, R. S. Aprašymas Anaerobaculum hydrogeniformans sp. nov., anaerobas, gaminantis vandenilį iš gliukozės, ir pataisytas genties aprašymas Anaerobaculum. Tarpt. J. Syst. Evol. Microbiol. 62, 832–838 (2012).

Liang, R., Grizzle, R. S., Duncan, K. E., McInerney, M. J. & Suflita, J. M. Termofilinių tiosulfatą redukuojančių bakterijų ir metanogeninių archėjų vaidmenys naftos vamzdynų biokorozijoje. Priekyje. Microbiol. 5, 89 (2014).

Kastingas, J. F. Metanas ir klimatas Prekambrijos eroje. Precambrian Res. 137, 119–129 (2005).

Ueno, Y., Yamada, K., Yoshida, N., Maruyama, S. & Isozaki, Y. Įrodymai iš skysčių inkliuzų, skirtų mikrobų metanogenezei ankstyvojoje archeizmo eroje. Gamta 440, 516–519 (2006).

Slotznick, S. P. ir Fischer, W. W. Archean metanotrophy tyrinėjimas. Žemės planeta. Sci. Lett. 441, 52–59 (2016).

Summons, R. E., Jahnke, L. L. ir Roksandic, Z. Anglies izotopų frakcionavimas lipiduose iš metanotrofinių bakterijų: svarba interpretuojant biomarkerių geocheminį įrašą. Geochim. Kosmochimas. Acta 58, 2853–2863 (1994).

Jahnke, L. L., Summons, R. E., Hope, J. M. ir Des Marais, D. J. Anglies izotopų frakcionavimas lipiduose iš metanotrofinių bakterijų II: fiziologijos ir aplinkos parametrų poveikis biožymenų biosintezei ir izotopiniams parašams. Geochim. Kosmochimas. Acta 63, 79–93 (1999).

Battistuzzi, F. U. & Hedges, S. B. Pagrindinis prokariotų kladas, senovinis prisitaikymas prie gyvenimo sausumoje. Mol. Biol. Evol. 26, 335–343 (2009).

Haqq-Misra, J. D., Domagal-Goldman, S. D., Kasting, P. J. & Kasting, J. F. Peržiūrėtas, miglotas metano šiltnamis, skirtas archeaninei žemei. Astrobiologija 8, 1127–1137 (2008).

Konhauser, K. O. ir kt. Okeaninis nikelio išeikvojimas ir metanogeno badas prieš didžiulį oksidacijos įvykį. Gamta 458, 750–753 (2009).

Catling, D. C., Claire, M. W. ir Zahnle, K. J. Anaerobinė metanotrofija ir atmosferos deguonies padidėjimas. Filosas. Trans. R. Soc. Matematika. Fizik. inž. Sci. 265, 1867–1888 (2007).

Daines, S. J. ir Lenton, T. M. Plačiai paplitusių ankstyvųjų aerobinių jūrų ekosistemų poveikis metano ciklui ir didžiajai oksidacijai. Žemės planeta. Sci. Lett. 434, 42–51 (2016).

Markowitz, V. M. ir kt. IMG: integruota mikrobų genomų duomenų bazė ir lyginamosios analizės sistema. Nucleic Acids Res. 40, D666–D677 (2012).

Wrighton, K. C. ir kt. Fermentacija, vandenilio ir sieros metabolizmas daugelyje nekultūringų bakterijų. Mokslas 337, 1661–1665 (2012).

Hyatt, D. ir kt. Prodigal: prokariotinio geno atpažinimas ir vertimo inicijavimo vietos identifikavimas. BMC Bioinforma. 11, 119 (2010).

Kanehisa, M., Furumichi, M., Tanabe, M., Sato, Y. & Morishima, K. KEGG: naujos genomų, kelių, ligų ir vaistų perspektyvos. Nucleic Acids Res. 45, D353–D361 (2017).

Johnson, L. S., Eddy, S. R. & Portugaly, E. Hidden Markov modelio greičio euristinė ir kartotinė HMM paieškos procedūra. BMC Bioinforma. 11, 431 (2010).

Garcia, P. S., Jauffrit, F., Grangeasse, C. & Brochier-Armanet, C. GeneSpy, patogus ir lankstus genomo konteksto vizualizatorius. Bioinformatika 35, 329–331 (2019).

Abby, S. S., Néron, B., Ménager, H., Touchon, M. & Rocha, E. P. C. MacSyFinder: programa, skirta molekulinėms sistemoms išgauti genomus, taikant CRISPR-Cas sistemas. PLoS ONE 9, e110726 (2014).

Edgar, R. C. MUSCLE: kelių sekų derinimas su dideliu tikslumu ir dideliu pralaidumu. Nucleic Acids Res. 32, 1792–1797 (2004).

Criscuolo, A. & Gribaldo, S. BMGE (blokų kartografavimas ir rinkimas su entropija): nauja programinė įranga, skirta filogenetiniams informaciniams regionams atrinkti iš kelių sekų derinimo. BMC Evol. Biol. 10, 210 (2010).

Nguyen, L. T., Schmidt, H. A., von Haeseler, A. & Minh, B. Q. IQ-TREE: greitas ir efektyvus stochastinis algoritmas, skirtas įvertinti didžiausios tikimybės filogenijas. Mol. Biol. Evol. 32, 268–274 (2015).

Kobert, K., Salichos, L., Rokas, A. & Stamatakis, A. Computing the internode safety and related matters from partial gen trees. Mol. Biol. Evol. 33, 1606–1617 (2016).

Stamatakis, A. RAxML-VI-HPC: didžiausia tikimybe pagrįstos filogenetinės analizės su tūkstančiais taksonų ir mišrių modelių. Bioinformatika 22, 2688–2690 (2006).

Hoang, D. T., Chernomor, O., von Haeseler, A., Minh, B. Q. & Vinh, L. S. UFBoot2: tobulinti itin greitą įkrovos aproksimaciją. Mol. Biol. Evol. 35, 518–522 (2017).

Lartillot, N., Lepage, T. & Blanquart, S. PhyloBayes 3: Bajeso programinės įrangos paketas, skirtas filogenetinei rekonstrukcijai ir molekulinei pažinčiai. Bioinformatika 25, 2286–2288 (2009).

Kanehisa, M., Sato, Y. & Morishima, K. BlastKOALA ir GhostKOALA: KEGG įrankiai funkciniam genomo ir metagenomų sekų apibūdinimui. J. Mol. Biol. 428, 726–731 (2016).

Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W. & Lipman, D. J. Pagrindinis vietinio lygiavimo paieškos įrankis. J. Mol. Biol. 215, 403–410 (1990).

Overbeek, R. ir kt. SEED ir greitas mikrobų genomų anotavimas naudojant posistemių technologiją (RAST). Nucleic Acids Res. 42, D206–D214 (2014).

Parks, D. H., Imelfort, M., Skennerton, C. T., Hugenholtz, P. & amp Tyson, G. W. CheckM: mikrobų genomų, išgautų iš izoliatų, pavienių ląstelių ir metagenomų, kokybės įvertinimas. Genome Res. 25, 1043–1055 (2015).


Spėlionės ir išvados

Sena mintis, kad baltymų lankstymas yra geriau išsaugomas nei seka evoliucijos metu (Schulz ir Schirmer 1979), šiais laikais yra visiškai priimta. AAMY sekų A domenas yra puikus sulankstymo – TIM statinės – išsaugojimo pavyzdys, kartu prarandant bendrą sekos panašumą. Tiesą sakant, genų sekos evoliucijos metu skyrėsi nuo „pirmojo AAMY“ geno taip, kad lyginant AAMY, priklausančius nesusijusioms klasteriams, lengvai atpažįstami tik keturi 4 lentelėje nurodyti segmentai. Kaip mes taip pat pranešėme, spiralės, jungiančios konservuotas liekanas Gly (LA2) ir Asp (βA3) taip pat yra nepaprastai gerai išsilaikę.

Mūsų rezultatai rodo bendrą hipotezę apie A domeno evoliuciją AAMY, kuri apima dvi evoliucinių įvykių bangas. Pirmojoje bangoje ribotas genų rinkinys stipriai skyrėsi nuo jų bendro protėvių arba pirmojo AAMY geno. Šie „pirmosios kartos“ AAMY tikriausiai turėjo labai mažą SI tarp jų, buvo skirtingo ilgio ir buvo kai kurių nesusijusių grupių, parodytų 2 paveiksle, pirmtakai. Todėl vienintelės savybės, kurias pirmosios kartos AAMY išsaugojo iš pradinio geno, buvo (1) keturi segmentai, nurodyti 4 lentelėje, (2) 3-D struktūra ir (3) spiralės α charakteristikos.A2. Kai kurie šių pirmosios kartos AAMY pavyzdžiai yra bendras AII/BV/EI, BVIII/EIII ir BIV/EII protėvis. Kiekvienas iš šių pirmosios kartos AAMY toliau vystysis antroje bangoje, kad sudarytų sekas, kurios sudaro kiekvieną klasterį (kiekviena pirmosios kartos AAMY suteikia skirtingą klasterį). Šios „antrosios kartos“ sekos skiriasi tik nežymiai, palyginti su pirmosios bangos sekomis, ir sudaro vienalaikes AAMY. Šios antrosios bangos metu HGT gali sukurti klasterių (AII / BV / EI, BIV / EII ir BVIII / EIII) panašumus. Šia prasme Mazodier ir Davies (1991) pasiūlė, kad sekų panašumas tarp AAMY iš StrLm (P09794 klasteris BVIII) ir žinduolių bei bestuburių (EIII klasteris), kurį nustatė Long ir kt. (1987) gali būti natūralaus genų perdavimo tarp toli giminingų organizmų įrodymas. Mazodier ir Davies (1991) pasiūlė, kad HGT kryptis būtų nuo Eukariotos iki Streptomyces.

Bakterijų grupavimo medis rodo dvi ypatybes, kurių nėra Archaea ir Eukaryota medžiuose: (1) AAMY sekų išsklaidymas skirtingose ​​​​grupėse arba iš tos pačios rūšies, arba iš glaudžiai susijusių rūšių (remiantis taksonominiais pagrindais) ir priešingas. (AAMY grupavimas iš labai toli giminingų organizmų) ir (2) kad menkai susijusios AAMY sekos dažnai egzistuoja kai kurių rūšių genomuose ir yra įtrauktos į skirtingas grupes. Vadovaudamiesi aukščiau minėta bendra hipoteze dėl A domeno evoliucijos AAMY, siūlome, kad evoliuciniai įvykiai, dėl kurių atsirado šis ypatingas bakterijų AAMY pasiskirstymas, įvyko pirmosios bangos metu. Ši hipotezė pagrįsta tuo, kad šių evoliucijos reiškinių paveiktos sekos visiškai atitinka kitų klasterio sekų charakteristikas. Todėl tai įrodo, kad jie turi tą patį bendrą protėvį.

Galime stebėtis, kurie evoliucijos įvykiai yra atsakingi už tai, kad bakterijų AAMY genų klasifikacija neatitinka dabartinės rūšies klasifikacijos. Tikriausiai pirmasis AAMY genas išsivystė, kad sudarytų ribotą pirmosios kartos AAMY rinkinį dviem skirtingais būdais: (1) genų dubliavimu, po kurio sekė nepriklausoma švelni evoliucija, ir (2) HGT. Be AAMY, GH-13 superšeima apima dar 18 fermentų veiklų. Yra funkcinių (Kuriki ir Imanaka 1999) ir seka pagrįstų įrodymų (del-Rio, Morett ir Soberon, 1997 Garcia-Vallvé, Palau ir Romeu 1999), kad „pirmasis“ GH-13 genome gali sukelti paralogų rinkinys per masinį genų dubliavimąsi. A posteriori šios sekos gali vystytis dėl nepriklausomos švelnios evoliucijos ir įgyjant subtiliai skirtingus ypatumus, kad būtų gauta likusi GH-13 dalis genome. Nepaisant to, naujus glikozidų hidrolazės genus genomas taip pat gali įgyti radikaliai kitu būdu: HGT iš egzogeninio organizmo (Mazodier ir Davies 1991 Garcia-Vallvé, Palau ir Romeu 1999 Garcia-Vallvé, Romeu ir Palau 2000). 2 pavB rodo, kad kai kurių bakterijų rūšių genomuose egzistuoja prastai susijusios AAMY sekos. Greičiausiai tas pats pasakytina ir apie kitas bakterijas, tačiau šiuo metu buvo apibūdintas tik vienas genas. Todėl užbaigtų bakterijų genomų naudojimas galėtų padėti mums išsiaiškinti, ar yra daugiau nei vienas AAMY genas, ir patikrinti jų tarpusavio evoliucinius ryšius, t. y. nustatyti, ar jie yra paralogai, ar vieną iš jų atkeliavo HGT. Kadangi iš genomo gautų sekų funkcijų priskyrimas paprastai gaunamas palyginus sekas su žinomos funkcijos baltymais, o ne iš biocheminės analizės, toks tyrimas neturėtų apsiriboti AAMY, todėl turėtų būti atsižvelgiama į visus GH-13 genus. Tik 11 iš 25 užbaigtų bakterijų genomų (Aquifex aeolicus, Bacillus subtilis, Chlamydia muridarum, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Deinococcus radiodurans, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Mycobacterium tuberculosis, Synechocystis sp., ir Thermotoga maritima) turi bent vieną GH-13 (93 genus). Pasak Garcia-Vallvé, Palau ir Romeu (1999), GH-13 sekos E. coli ir B. subtilis atrodo, kad tai yra bendro protėvio genų dubliavimosi produktas, kurio HGT nepateko į jų genomus (taip pat galioja ir likusių užbaigtų bakterijų genomų GH-13 S. Garcia-Vallvé, asmeninis bendravimas). Bakterijų genomai, kuriuose egzistuoja prastai susijusios AAMY sekos (ty AerHy, PseSp, XanCa, StrLi, TheVu ir StreBo), dar nėra baigti, todėl žinoma tik dalinė informacija. Kai baigsite, būtų įdomu ištirti, ar šie genai yra paralogai, ar HGT rezultatas. Tokia informacija leistų užpildyti AAMY evoliucijos istorijos spragas.


Medžiagos ir metodai

Baltymų sekos, deponuotos 1999 m. balandžio 26 d., buvo importuotos iš Swiss-All duomenų bazės (sudarė SwissProt, TrEMBL ir atnaujina Bairoch ir Apweiler 1999), naudojant Europos bioinformatikos instituto sekų paieškos sistemą (http://srs.ebi.ac). .uk/). Mes apsvarstėme tik gerai nustatytas AAMY sekas (nei tariamas, nei tikėtinas, nei hipotetines), kurios priklausė glikozidų hidrolazėms iš 13 šeimos (GH-13) ir visiškai turėjo būdingus A ir B domenus. Visos sekos buvo sutrumpintos, kad gautų informaciniu požiūriu panašius segmentus, atitinkančius griežtą (β/α)8 barelis plius B domenas (A+B segmentai) struktūra (žr. 1 pav.). Todėl nebuvo atsižvelgta nei į N-galo uodegą, nei į domeną C. Aminorūgščių segmentai, naudojami A+B sekoms apibrėžti, buvo gauti analizuojant AAMY baltymų duomenų banko (PDB) struktūras (Berman ir kt., 2000). Tiksliau, mes paėmėme PBP sekas iš pirmosios liekanos βA1 iki paskutinės liekanos βA8 kaip mūsų nuoroda. A + B segmentų pradžios ir pabaigos taškai nekristalizuotuose AAMY buvo lengvai gauti vietiniu derinimu su panašiausiais PBP gautais segmentais. Buvo pašalintas identiškų A + B sekų, gautų iš tos pačios rūšies, perteklius. Likusios sekos sudarė mūsų „visą pavyzdį“, kurį sudaro 144 sekos (7 iš Archaea, 48 iš bakterijų ir 89 iš eukariotų) iš 87 skirtingų rūšių. Visos AAMY šaltinių taksonominės klasifikacijos buvo atliktos pagal Taxonomy duomenų bazę (//www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/).

Antrame etape visi A+B segmentai buvo panaudoti dviem skirtingiems sekų rinkiniams, vienas atitinkantis griežtą domeną A, o kitas atitinkantis domeną B. Dar kartą, riba tarp domenų buvo gauta vizualiai apžiūrėjus visas kristalizuotas. AAMYs. B domeno seka kyla iš labai konservuotos His liekanos, esančios po βA3 iki keturių liekanų pasroviui nuo Asp, kuris jungiasi su Ca 2+ (prieš αA3, α-spiralė prieš labai konservuotą βA4). Domenas A buvo gautas sujungus du posegmentus kairėje ir dešinėje domeno B. Kai kurioms sekoms (pvz., Q05884 [StrLi]) buvo sunku rasti B domeno C-galo ribą. Šiais ypatingais atvejais naudojome PSIpred serverį (http://insulin.brunel.ac.uk/psipred), kad nuspėti antrinę atitinkamų A+B sekų struktūrą ir nustatyti, kur αA3 prasidėjo. Šis serveris buvo pasirinktas, nes naujausiame Baltymų struktūros numatymo metodų kritiniame vertinime (CASP3 http://PredictionCenter.llnl.gov/casp3/) tai buvo tiksliausias išbandytas antrinės struktūros numatymo metodas, kuriuo buvo pasiektas bendras trijų 77 % būsenos tikslumas 24 numatymo taikiniuose. PSIpred serveris buvo naudojamas (1) β-sruogų vietoms A domene rasti sekų, kurių bendras panašumas su kristalizuotomis AAMY, ir (2) patvirtinti antrinių struktūrų vietas, nustatytas iš derinimo su kristalizuotų struktūrų sekomis. Du serverio siūlomi numatymo metodai buvo plačiai naudojami antrinės struktūros užduočių nuoseklumui patikrinti. Tai buvo PSIpred, skirtas prognozuoti baltymų antrinę struktūrą, o GenTHREADER - baltymų tretinei struktūrai numatyti atpažinimo būdu.

Norėdami išvengti mūsų rezultatų paklaidų dėl labai panašių tam tikros rūšies izofermentų visame mėginyje, apibrėžėme AAMY „reprezentacinį mėginį“. Todėl naujajame pavyzdyje buvo 7 sekos iš Archaea, 44 iš bakterijų ir 61 iš Eukaryota ir buvo sudarytas iš skirtingų biologinių rūšių ir izofermentų AAMY, kurių panašumo indeksai (SI) buvo mažesni nei 95% tiek A, tiek B domenuose. Šiame dokumente pateikti rezultatai (jei konkrečiai nenurodyta) yra iš reprezentatyvios imties. AAMY sekų, sudarančių šį pavyzdį, rinkinys parodytas 2 paveiksle, kuriame sekas gali būti identifikuojamos pagal jų Šveicarijos prisijungimo numerius, o rūšių pavadinimų santrumpas sudarytos iš pirmųjų trijų genties pavadinimo raidžių. pirmomis dviem rūšies pavadinimo raidėmis (pvz., AerHy Aeromonas hydrophila). Viso pavyzdžio rezultatus galima gauti kaip papildomą medžiagą mūsų svetainėje (http://argo.urv.es/∼pujadas/AAMY/AAMY_01).

GH-13 sekos iš užbaigtų bakterijų genomų (http://www.ebi.ac.uk/genomes) buvo gautos iš CAZy duomenų bazės (http://afmb.cnrs-mrs.fr/∼pedro/CAZY/ghf_13.html ). Galimo horizontalaus genų perdavimo (HGT) mechanizmo, skirto GH-13 evoliucijai užbaigtuose bakterijų genomuose, analizę pateikė S. Garcia-Vallvé (asmeninis bendravimas) ir gautas Garcia-Vallvé, Palau ir Romeu (1999) metodu. ).

Kristalografinių duomenų paieška, taip pat iš sekos ir struktūros gauta informacija buvo paimta iš duomenų bazės ir nuorodų, esančių „Structure Explorer“ (http://www.rcsb.org/pdb/). AAMY PBP įrašai buvo tokie: 1BSI (Rydberg ir kt. 1999), 1B2Y (Qian ir kt. 1994), 1CPU (GD Brayer ir kt., asmeninis bendravimas), 1HNY (Brayer, Luo ir Withers 1995), ir 1SMD (Ramasubbu et al. 1996) iš Homo sapiens 1BVN (Wigand, Epp ir Huber, 1995), 1DHK (Bompard-Gilles ir kt., 1996), 1JFH (Qian ir kt., 1997), 1OSE (Gilles ir kt., 1996), 1PIF (Machius ir kt.), 1996 (Machius ir kt., 1996), ir 1PPI (Qian ir kt., 1994) iš Sus scrofa 1JAE (Strobl ir kt., 1998a ), 1TMQ (Strobl ir kt., 1998).b ), ir 1VIW (Nahoum et al. 1999) iš Tenebrio molitor 1AMY (Kadziola ir kt. 1994), 1AVA (Vallee ir kt. 1998) ir 1BG9 (Kadziola ir kt. 1998) iš Hordeum vulgare 2AAA (Boel ir kt., 1990) iš Aspergillus niger 2TAA (Matsuura ir kt. 1984) ir 6TAA ir 7TAA (Brzozowski ir Davies 1997) iš Aspergillus oryzae 1BLI (Machius ir kt. 1998), 1BPL (Machius, Wiegand ir Huber 1995) ir 1VJS (Hwang ir kt. 1997) iš Bacillus licheniformis 1BAG (Fujimoto ir kt. 1998) iš Bacillus subtilis ir 1AQH, 1AQM (Aghajari ir kt., 1998).a ) ir 1B0I (Aghajari ir kt., 1998).b ) iš Pseudoalteromonas haloplanctis. Šių struktūrų rentgeno spindulių difrakcijos skiriamoji geba ir R faktoriai svyravo atitinkamai nuo 1, 6 iki 3, 2 Å ir nuo 0, 151 iki 0, 208. Nors 1BVZ nuo Thermoactinomyces vulgaris (Kamitori ir kt., 1999) PDB faile laikomas AAMY, FASTA paieška (http://www2.ebi.ac.uk/fasta3/) parodė, kad šis fermentas yra neopullulanazė (EC 3.2.1.135), kurios seka tiksliai atitinka NEPU_THEVU (Q08751) SwissProt įrašą.

Darbinės duomenų bazės baltymų sekų derinimas buvo atliktas naudojant CLUSTAL V algoritmą (Higgins ir Sharp 1989) ir komercinę programą MEGALIGN, 3.16 versiją iš Lasergene programinės įrangos paketo (1997 DNASTAR, Inc., Londonas, Anglija). veikia „Power Macintosh“. Pradinės dendrogramos ir SI buvo apskaičiuotos taikant turimas MEGALIGN paprogrames, kurios apskaičiavo SI parametrą tarp dviejų sekų (i ir j) based on the method of Wilbur and Lipman (1983) with a gap penalty of 3, a K-tuple of 1, five top diagonals, and a window size of 5. The SI was calculated as the number of exactly matching residues in this alignment minus a “gap penalty” for every gap introduced. The result was then expressed as a percentage of the length of the shorter sequence. Multiple-alignment parameters (fixed and floating gap penalties) both had a value of 10. The protein weight matrix was PAM 250. We calculated the phylogenetic trees by the neighbor-joining method ( Saitou and Nei 1987 ) with 1,000 bootstrap replicates and a seed value of 111 with the CLUSTAL X program, version 1.8 ( Thompson et al. 1997 ). Unrooted trees were drawn with NJPLOT ( Perrière and Gouy 1996 ).

Hydrogen bonds involved in helix-capping interactions at the N- and C-terminal ends of αA2, along with distances between donors and acceptors, were analyzed using HBPLUS ( McDonald and Thornton 1994 ). The capping interactions were visually analyzed with the program Rasmol ( Sayle and Milner-White 1995 ) using a Silicon Graphics Indigo 2 XZ workstation. The DSSP algorithm included in Rasmol was used to determine the limits of β-strands which were not included in the PDB files (e.g., some of the β-strands in the TIM barrel of 1AQH), although their presence was obvious in the visualization.


Publications by authors named "Andrew Moore"

Division of Pulmonary and Critical Care Medicine, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA, USA.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

International Association for the Study of Pain Presidential Task Force on Cannabis and Cannabinoid Analgesia: research agenda on the use of cannabinoids, cannabis, and cannabis-based medicines for pain management.

Autoriai:

Pain 2021 Jul162(Suppl 1):S117-S124

Pain Research, Department of Surgery & Cancer, Faculty of Medicine, Imperial College London, United Kingdom.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Pragmatic but flawed: the NICE guideline on chronic pain.

Autoriai:

Lancet 2021 May397(10289):2029-2031

Research Department of Clinical, Educational and Health Psychology, University College London, London, UK.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Adhesion-mediated mechanosignaling forces mitohormesis.

Autoriai:

Cell Metab 2021 May 17. Epub 2021 May 17.

Center for Bioengineering and Tissue Regeneration, Department of Surgery, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences and Department of Radiation Oncology, Eli and Edythe Broad Center of Regeneration Medicine and Stem Cell Research, and The Helen Diller Family Comprehensive Cancer Center, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA. Elektroninis adresas:

Atsisiųsti pilno teksto PDF

What a privilege to have been a true editor.

Autoriai:

Bioessays 2021 Jun43(6):e2100111

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Actin mixes up mitochondria for inheritance.

Autoriai:

Nature 2021 May 14. Epub 2021 May 14.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Tumor cell invasion into Matrigel: optimized protocol for RNA extraction.

Autoriai:

Biotechniques 2021 Jun 1070(6):327-335. Epub 2021 May 10.

Department of Onco-haematology, Gene & Cell Therapy, Bambino Gesù Children's Hospital-IRCCS, Rome, 00146, Italy.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Is it worth writing covering letters anymore? Yes, but not for the reason you'd imagine.

Autoriai:

Bioessays 2021 May43(5):e2100085

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Phylogeny of the Bacillus altitudinis Complex and Characterization of a Newly Isolated Strain with Antilisterial Activity.

Autoriai:

J Food Prot 2021 Apr 1. Epub 2021 Apr 1.

The University of Tennessee Assistant Professor Food Science 2600 River Drive UNITED STATES Knoxville TN 37996.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Actin cables and comet tails organize mitochondrial networks in mitosis.

Autoriai:

Nature 2021 Mar 3591(7851):659-664. Epub 2021 Mar 3.

Department of Physiology, University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, Philadelphia, PA, USA.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

ZAP-70 constitutively regulates gene expression and protein synthesis in chronic lymphocytic leukemia.

Autoriai:

Blood 2021 Feb 22. Epub 2021 Feb 22.

University of Cambridge, Cambridge, United Kingdom.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

The cost of superficial values in a life-threatening pandemic: How globalization grates against evolution….

Autoriai:

Bioessays 2021 Mar43(3):e2100026

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Genomic Background Governs Opposing Responses to Nalidixic Acid upon Megaplasmid Acquisition in .

Autoriai:

mSphere 2021 02 176(1). Epub 2021 Feb 17.

School of Plant Sciences, University of Arizona, Tucson, Arizona, USA.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

ACE2 abrogates tumor resistance to VEGFR inhibitors suggesting angiotensin-(1-7) as a therapy for clear cell renal cell carcinoma.

Autoriai:

Sci Transl Med 2021 Jan13(577)

Division of Hematology-Oncology and Cancer Biology, Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, MA 02215, USA.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Cigarette Smoke Activates NOTCH3 to Promote Goblet Cell Differentiation in Human Airway Epithelial Cells.

Autoriai:

Am J Respir Cell Mol Biol 2021 0464(4):426-440

Department of Medicine, Section of Pulmonary, Critical Care and Sleep Medicine, University of Oklahoma Health Sciences Center, Oklahoma City, Oklahoma and.

Atsisiųsti pilno teksto PDF

Reliability and diagnostic performance of a new blood ketone and glucose meter in humans.

Autoriai:

J Int Soc Sports Nutr 2021 Jan 718(1). Epub 2021 Jan 7.

Department of Kinesiology, Augusta University, 3109 Wrightsboro Road, Augusta, GA, 30909, USA.

Fonas: Accurate and reliable monitoring of blood ketone and glucose levels is useful for athletes adhering to a ketogenic diet who want to verify that they are in a state of ketosis and, therefore, accruing performance adaptations. However, the cost of devices and testing materials may prohibit their use. More affordable field testing systems are available, but their accuracy and reliability remain in question. The objectives of this study were to evaluate the agreement between a previously validated ketone and glucose meter (Meter 1 - Precision Xtra) and a more affordable meter that has not been validated (Meter 2 - Keto-Mojo), and also to assess the diagnostic performance of Meter 2 for identifying nutritional ketosis.

Metodai: Thirteen participants (7 females and 6 males 21.6 ± 3.0 years old) visited the laboratory three times in this randomized, double-blind cross-over design study. Ketone and glucose levels were measured with Meter 1 and Meter 2 twice before and twice after ingestion of a racemic ketone, natural ketone, or maltodextrin supplement. Intraclass correlation coefficient (ICC) estimates and their 95% confidence intervals were calculated to evaluate interrater reliability for Meter 1 and Meter 2. Bland-Altman plots were constructed to visually assess the agreement between devices. Area under the ROC curve analysis was performed to evaluate the diagnostic ability of Meter 2 to detect nutritional ketosis at a threshold ketone level of 0.5 mM as identified by Meter 1.

Rezultatai: Reliability between the meters was excellent for measuring ketones (ICC = .968 .942-.981) and good for measuring glucose (ICC = .809 .642-.893), though the Bland-Altman plot revealed substantial differences in agreement for measuring glucose. Area under the ROC curve (Area = 0.913 0.828-0.998) was excellent for diagnosing nutritional ketosis.

Išvados: Both Meter 1 and Meter 2 displayed excellent agreement between each other for ketone measurement. Meter 2 also displayed an excellent level of accuracy for diagnosing nutritional ketosis at a threshold value of 0.5 mM, making it an effective and affordable alternative to more expensive testing devices.


Žiūrėti video įrašą: Superžmonių amžius ir genų redagavimas per CRISPR ir DI (Birželis 2022).