Informacija

Kuo skiriasi filogrupė ir subkladas?

Kuo skiriasi filogrupė ir subkladas?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ieškau paaiškinimo terminijoje, pavyzdžiai būtų labai dėkingi!

Nežinau, kaip tai ne į temą. Tai bendras klausimas apie skirtumą tarp biologinių sąvokų, apibrėžtų bioinformatikos srityje.

„Klausimus pateikia studentai, akademikai ir aktyvūs biologijos ir glaudžiai susijusių sričių mokslininkai, įskaitant:

  • bendrieji klausimai apie biologines sąvokas

  • klausimai apie biologinius mechanizmus, lemiančius sveikatos būklę

  • klausimai apie metodus biologinėje ar biocheminėje laboratorijoje

Taip pat laukiami klausimai apie tarpdisciplininius dalykus, tokius kaip bioinformatika, jei jie sutelkia dėmesį į biologinę dalyko dalį.


Subkladas

Kaoru Sato, Haruhiko Siomi, knygoje „Fermentai“, 2012 m

2.1 Piwi

PIWI subklado steigėjas yra Drosophila Piwi, kuris iš pradžių buvo atrastas dėl savo funkcijos gemalo linijų kamieninių ląstelių (GSC) savaiminiam atsinaujinimui ir gemalo linijų vystymuisi. Tiek vyriškos, tiek moteriškos Piwi mutantinės musės nesugeba išlaikyti GSC, todėl jos yra sterilios [24]. Piwi ekspresuojamas tiek GSC, tiek aplinkinėse somatinėse ląstelėse ir kaupiasi abiejų tipų kiaušidėse esančių ląstelių branduoliuose [24]. Genetiniai tyrimai atskleidė, kad Piwi ekspresija aplinkinėse somatinėse nišinėse ląstelėse reikalinga GSC priežiūrai, o Piwi ekspresija GSC skatina jų dalijimąsi [24,25]. Priešingai, sėklidėse Piwi yra lokalizuotas tik somatinių ląstelių, vadinamų centrinėmis ląstelėmis, branduoliuose, kurios sudaro nišą GSC [26]. Kaip „Piwi“ veikia atliekant GSC atsinaujinimą ir priežiūrą? Užuomina į tai davė atradimas, kad keli transpozonai buvo derepresuoti piwi mutantų kiaušidėse ir sėklidėse, o tai rodo, kad Piwi reikalingas transpozonų nutildymui tiek vyrų, tiek moterų lytiniuose organuose [27–33]. Perkeliami elementai į naujas genomo vietas patenka arba kopijavimo ir įklijavimo mechanizmu, arba iškirpimo ir įklijavimo mechanizmu, todėl jie yra natūralūs mutagenai [21,34]. GSC genomas yra pažeidžiamas chromosomų lūžiams dėl mejotinės rekombinacijos arba transpozono mobilizavimo [35, 36]. Taigi, norint išlaikyti gemalo linijos genomo vientisumą, labai svarbu nutildyti transpozonus. Kaip tada Piwi slopina transpozonus? Nustatyta, kad Piwi suriša gemalo linijai būdingas mažas 23–29 nt ilgio RNR, bendrai vadinamas su Piwi sąveikaujančiomis RNR (piRNR) (7.2 pav.) [1,2,21,22], kurios yra ilgesnės už siRNR ir miRNR. Dauguma su Piwi susijusių piRNR yra gaunamos iš įvairių transpozonų antisensinių grandžių, susijusių su transpozonų mRNR (transposonų pojūčių transkriptai) [27,28,32,37,38]. Su Piwi susietos piRNR turi 5′ monofosfato grupę ir pirmenybę teikia 5′ uridino (U) liekanai [27,28,37,39]. Skirtingai nuo žinduolių miRNR, bet panašiai kaip augalų miRNR ir gyvūnų endogeninės siRNR, piRNR turi 2′-O-metilas (2′-O-Me) modifikacija jų 3′ galuose [32,40-44] . Šį metilinimą tarpininkauja HEN1 RNR metiltransferazė, kuri greičiausiai veikia piRNR pirmtaką, kol jis jau yra susietas su Piwi [45, 46]. 3′ galo metilinimas tikriausiai apsaugo piRNR nuo neplanuoto uracilo liekanų pridėjimo, kuris savo ruožtu sukelia piRNR degradaciją [47]. Šie atradimai iškėlė galimybę, kad piRNR nukreipia Piwi represinę veiklą link transpozonų nuorašų arba transpozonų DNR, tikriausiai per bazių poravimą, kad slopintų transpozonus [27, 28, 32, 48]. Mechanizmas (-iai), kuriuo (-iais) Piwi slopina transpozonus, dar turi būti išaiškintas, tačiau mutacijų analizė atskleidė, kad Piwi branduolinė lokalizacija reikalinga transpozonų nutildymui, nors atrodo, kad Piwi's Slicer veikla šiai funkcijai nereikalinga [48]. Ankstesnių tyrimų rezultatai rodo, kad Piwi gali turėti įtakos heterochromatino susidarymui genomo transpozonų lokusuose [33,49].

7.2 pav. piRISC formavimas. piRNR pirmtakai (pre-piRNR) gali būti generuojami apdorojant ilgus transkriptus iš piRNR klasterių (pirminis kelias) arba suskaldytus tikslinius nuorašus, kuriuos tarpininkauja subrendęs piRISC (ping-pong ciklas). PIWI baltymai apima ilgas pre-piRNR, turinčias ištikimą 5′-nukleotidų pirmenybę. Pavyzdžiui, pre-piRNR su 5′ monofosfatu įkeliama į Siwi, šilkaverpių Piwi baltymą, turintį didelį uridino šališkumą 1 padėtyje (1 U). Tada įkeltos išankstinės piRNR apkarpomos iki maždaug 27–30 nt nenustatytu (-iais) kirpikliu (-ais), ir galiausiai 2′-O- metilinami jų 3′ galuose Hen1/Pimet. 2′-O-metilinimas, greičiausiai, kartu su apipjaustymu.


Įvadas į filogeniją:Kietos ar minkštos politomijos?

Politomijos gali atstovauti du skirtingus atvejus. Pirma, jie gali atspindėti pažodinę hipotezę, kad bendra protėvių populiacija išsiskyrė kladogenezė (t.y., specifikacija) į kelias linijas. Pagal šį aiškinimą toks vidinis mazgas vadinamas a sunki politomija (apačioje kairėje). Arba tas, kuris kladogramoje vaizduoja politomiją, iš tikrųjų nesitiki, kad tas pats protėvis sukėlė visus dukterinius taksonus, bet nėra tikras, kuris išspręstas modelis yra geriausia hipotezė. Tokiomis aplinkybėmis toks mazgas vadinamas a minkštoji politomija (dešinėje apačioje). Tai iš tikrųjų yra labiau paplitusi politomijos reikšmė.

POLITOMIJOS IR GRIEŽTAS SUTARTIES MEDŽIAI:
Toliau pateiktos dvi kladogramos iliustruoja įprastą filogenetinės analizės situaciją, kai dvi ar daugiau konkuruoja visiškai išspręstas kladogramos hipotezes gali taip pat gerai paremti taupumas. Šis pavyzdys naudojamas paaiškinti, kaip tokį neapibrėžtumą kartais reiškia a griežtas sutarimas medis.


Apsvarstykite aukščiau pateiktas kladogramas A ir B. Šios kladogramos skiriasi spėjamu vėžlio ryšiu su kitais ropliais (*). Kladograma A yra hipotezė, kad vėžlys yra klado sesuo taksonas, paukštis + krokodilas (Archosaurija). Kladograma A yra labiau įprasta alternatyvi hipotezė vėžlys Vietoj to, yra visų kitų roplių seserinis taksonas (kladistiškai iš naujo apibrėžtas, kad į šį kursą būtų įtraukti paukščiai!). Pastarasis roplių subkladas vadinamas bet kuriuo Sauria arba Diapsida, priklausomai nuo to, kuris vardas yra pageidaujamas.


Kladogramas A ir B galima „sujungti“ kaip a griežtas sutarimas kladograma. Tai vienas iš kelių konsensuso medžių tipų. Tiksliau, griežtas sutarimas išsaugo tik tuos vidinius mazgus, kurie yra bendri dviem ar daugiau kladogramų hipotezių, kuriomis jis grindžiamas. Atkreipkite dėmesį, pavyzdžiui, kad paukščiai + krokodilai buvo palaikoma abiejose kladogramose A ir B (aukščiau). Taigi paukščiai + krokodilai taip pat randamas griežtame sutarime (kairėje). Taip pat, gyvatė + driežas randamas griežtame sutarime. Tačiau kladogramos A ir B skiriasi savo išdėstymu vėžlys. Tai veda prie vidinių mazgų, palaikomų A arba B kladogramoje, žlugimo, todėl dabar griežtai sutariama politomija. Taigi tai yra minkšta politomija, nes mes naudojame griežtą sutarimą, norėdami apibendrinti alternatyvias visiškai išspręstas kladogramos hipotezes. Tai dažnai patogu, ypač tais atvejais, kai yra daug daugiau nei du (dažnai tūkstančiai) vienodai taupių medžių, todėl griežtas sutarimas yra apibendrintas skaičius. Tačiau griežtas sutarimas nėra be trūkumų. Visų pirma atkreipkite dėmesį, kad iš tikrųjų yra daugiau nei dvi (kladogramos A ir B) politomijos skiriamosios gebos, kurias būtų galima apibendrinti šiuo griežtu sutarimu, todėl nėra galimybės žinoti, kurios (iš daugelio) visiškai ar iš dalies išspręstų kladogramų yra apibendrinti griežtu sutarimu. Norėdami iliustruoti šį apribojimą, apsvarstykite, kad griežtas A ir C kladogramų sutarimas (toliau) yra identiškas A ir B kladogramų konsensusui.


Tačiau šie identiški griežto sutarimo medžiai yra pagrįsti labai skirtingomis prielaidomis. Pirmuoju atveju (ankstesniame pavyzdyje kladogramos A ir B), vėžlys buvo vienodai gerai palaikomas kaip seserinis taksonas kitiems ropliams (B kladograma) ir vėžlys buvo ne palaikomas kaip sesuo taksonas gyvatė + driežas (kladograma C), o antruoju atveju (pagal A ir C kladogramas) yra teisingi priešingi teiginiai. Esmė ta, kad politomija kladogramoje įveda dviprasmiškumą dėl to, kuris (-i) medis (-iai) geriausiai vertinamas kaip gailestingiausias turimais duomenimis. * Kladograma B yra tradiciškai pageidaujama hipotezė, nors pastaruoju metu kaupiasi molekuliniai įrodymai, palaikantys kladogramą A, priskiriant vėžlius arba Archosurijos seserims (įskaitant krokodilus ir paukščius) arba archozaurams, paprastai kaip krokodilų seserims taksonams. Spustelėkite čia, kad gautumėte nuorodas į šiuos skirtingus rodinius arba grįžkite į pavyzdį.


Europos paukščių patogeninio E. coli (APEC) lyginamoji genomika

Fonas: Paukščių patogeninė Escherichia coli (APEC) sukelia kolibacilozę, dėl kurios visame pasaulyje paukštininkystės pramonė patiria didelių ekonominių nuostolių. Tačiau izoliatų įvairovė vis dar menkai suprantama. Čia iš viso 272 APEC izoliatai, surinkti iš Jungtinės Karalystės (JK), Italijos ir Vokietijos, buvo apibūdinti naudojant multipleksines polimerazės grandinines reakcijas (PCR), nukreiptas į 22 vienodai svertinius veiksnius, apimančius virulentiškumo genus, R tipą ir filogrupę. Po šios analizės 95 iš pasirinktų padermių buvo toliau analizuojamos naudojant viso genomo sekos nustatymą (WGS).

Rezultatai: Labiausiai paplitusios filogrupės buvo B2 (47 %) ir A1 (22 %), nors buvo nacionalinių skirtumų: Vokietija pateikė B2 grupę (35,3 %), Italija pristatė A1 grupę (53,3 %) ir JK, B2 grupę (56,1 %). labiausiai paplitęs. R-tipas R1 buvo dažniausiai pasitaikantis tipas (55%) tarp APEC, tačiau dažni buvo ir keli R tipai (26,8%). Surinkus visus PGR duomenis, kurie apėmė iš viso 15 virulentiškumo genų, buvo galima sukurti panašumo medį, naudojant kiekvieną nesvertą PGR rezultatą, kad būtų sudarytos 9 skirtingos grupės. Vidutinis virulentiškumo genų skaičius buvo 6–8 viename izoliate, tačiau teigiamo ryšio tarp filogrupės ir virulentiškumo genų skaičiaus ar tipo nenustatyta. Iš viso 95 izoliatams, atstovaujantiems kiekvienai iš šių 9 grupių, buvo nustatytas genomo sekvenavimas ir ištirtas in silico serotipas, multilocus sekos tipavimas (MLST) ir atsparumas antimikrobinėms medžiagoms (AMR). JK izoliatai parodė didžiausią serotipo ir MLST skirtumą, palyginti su Vokietijos ir Italijos izoliatais, o mažiausias AMR paplitimas buvo nustatytas Vokietijos izoliatams. Panašumo medžiai buvo sudaryti naudojant sekos duomenis, o ypač vieno nukleotido polimorfizmo duomenys sukūrė dešimt skirtingų geno grupių. Geno grupių dažnis visoje Europoje sudarė 26,3 %, priklausančių 8 grupei, atstovaujančiai serogrupes O2, O4, O18 ir MLST ST95, ST140, ST141, ST428, ST1618 ir kitus tipus, 18,9 % priklauso 1 grupei (Serogrupės O723 ir MLST). , ST2230), 15,8 % priklauso 10 grupei (O8, O45, O91, O125ab serogrupės ir kintamieji MLST tipai), 14,7 % priklauso 7 grupei (O4, O24, O35, O53, O161 ir MLST serogrupės) ir ST1.177 tipo. priklausantys 9 grupei (serogrupės O1, O16, O181 ir kitos bei MLST tipai ST10, ST48 ir kt.). Kitose grupėse (2, 3, 4, 5 ir 6) kiekvienoje buvo palyginti nedaug padermių. Tačiau kai kuriose genogrupėse (pvz., 6 ir 7 grupėse) dalinis sutapimas su SNP grupavimu ir PGR grupavimu (buvo pastebėtos 8 PGR grupės (13 izoliatų iš 22) ir 1 (14 izoliatų iš 16). Tačiau nebuvo įmanoma gauti aiškios koreliacijos tarp genogrupių ir nesvertinių PGR grupių. Tai gali būti dėl E. coli genomo plastiškumo, dėl kurio štamai gali turėti tuos pačius virulentiškumo faktorius, net jei bendras genotipas iš esmės skiriasi.

Išvados: Išvada, kurią reikia padaryti iš koreliacijų trūkumo, yra ta, kad, pirma, APEC yra labai įvairūs ir, antra, neįmanoma pasikliauti vienu ar daugiau pagrindinių molekulinių ar fenotipinių testų, kad būtų galima aiškiai apibrėžti APEC, dar kartą patvirtinant viso genomo analizės poreikį. metodus, kuriuos aprašome čia. Šis tyrimas pabrėžia, kad Europoje anksčiau nebuvo pranešta apie APEC serotipus ir MLST. Be to, tai pirmas žingsnis atsargiai persvarstant klasikinių identifikavimo kriterijų, tokių kaip R tipavimas, filogrupavimas ir serotipų nustatymas, privalumus.

Raktiniai žodžiai: Paukščių patogeninės E. coli Lyginamoji genomika Daugiakartinė PGR Virulentiškumo faktorių analizė.


SAR116 klado filogenomika atskleidžia du subkladus su skirtingomis evoliucinėmis trajektorijomis ir svarbų vaidmenį vandenyno sieros cikle

Alfaproteobakterijų klasėje esantis SAR116 kladas yra viena iš gausiausių heterotrofinių bakterijų grupių, gyvenančių vandenyno paviršiuje. Nedidelis kultivuotų SAR116 atstovų skaičius (iki šiol tik du) yra pagrindinė kliūtis, kuri neleido atlikti išsamaus genomo lygio tyrimo, siekiant suprasti ryšį tarp genomo įvairovės ir jo vaidmens jūrų aplinkoje. Šiame tyrime naudojame visus viešai prieinamus genomus, kad pateiktume genominę filogenijos, metabolizmo ir biogeografijos apžvalgą SAR116 klade. Dėl šios padidėjusios genomo įvairovės buvo atrasti du SAR116 subkladai, kurie, nepaisant panašaus genomo dydžio (apytiksliai. 2,4 Mb) ir egzistuoja toje pačioje aplinkoje, turi skirtingas genominės sudėties savybes. Vienas iš jų yra naujas subkladas, kuriam nebuvo išskirtos grynos kultūros ir kurį daugiausia sudaro vienkartiniai genomai (SAG). Šio subklado genomai rodė konvergentiškas evoliucines trajektorijas su labiau supaprastinančiomis savybėmis, tokiomis kaip mažas GC kiekis (apytiksliai. 30%), trumpi tarpgeniniai tarpikliai (<22 bp) ir stiprus valymo pasirinkimas (mažas dN/dS). Be to, jų buvo daugiau metagenominėse duomenų bazėse, kuriose taip pat buvo didžiausias chlorofilo kiekis. Mažiau gausus ir apsiribojęs viršutiniais pasaulinio vandenyno fotosluoksniais, kitas SAR116 subkladas, praturtintas MAG, talpino vieninteles dvi grynas kultūras. Genominė analizė parodė, kad abu kladai atlieka svarbų vaidmenį sieros cikle, nes skiriasi būdas, kuriuo abu kladai gali metabolizuoti dimetilsulfoniopropionatą (DMSP).

SVARBU Alphaproteobacteria SAR116 kladas yra visur esanti heterotrofinių bakterijų grupė, gyvenanti vandenyno paviršiuje, tačiau informacijos apie jų ekologiją ir populiacijos genominę įvairovę yra mažai, nes sunku gauti grynos kultūros izoliatus. Vienos ląstelės genomikos ir metagenomikos derinys tapo alternatyviu metodu tirti tokio tipo mikrobus. Mūsų rezultatai praplečia supratimą apie genomo įvairovę, pasiskirstymą ir gyvenimo būdą šiame klade ir pateikia skirtingų dviejų subkladų genomo sudėties evoliucinių trajektorijų įrodymų, kurie galėtų padėti suprasti, kaip evoliucinis slėgis gali paskatinti skirtingus prisitaikymus prie tos pačios aplinkos. . Todėl SAR116 kladas yra idealus pavyzdinis organizmas tiriant evoliucinį genomų supaprastinimą mikrobuose, kurie yra gana glaudžiai susiję vienas su kitu.


Įvadas

Escherichia coli yra dažnas šiltakraujų organizmų virškinimo trakto gyventojas, taip pat gali būti aptinkamas dirvožemio ir gėlo vandens aplinkoje 1 . Šios rūšys apėmė ir komensalines, ir patogenines padermes, kurios gali sukelti įvairių šeimininkų ligas 2 . Dėl istorinių ir medicininių priežasčių “Shigella“ padermės išlaikė atskirą genties pavadinimą, nors jis jau daugelį metų buvo nusistovėjęs įvairiais metodais, Shigella iš esmės yra porūšis E. coli 3 . Žmonėms patogeniškas E. coli padermės yra pagrindinė su viduriavimu susijusių hospitalizacijų priežastis 4 . Kai kurios priežastys, kodėl E. coli Intensyviai tiriamos šios: greitas augimo greitis esant deguoniui, lengvas prisitaikymas prie aplinkos pokyčių ir santykinis lengvas, kuriuo juo galima manipuliuoti genetiškai 5 . Genominė rūšių įvairovė, kuriai priklauso gentis Shigella buvo pasiūlyta įtraukti 6,7, tai atspindi kelių filogenetinių grupių (filogrupių), kurios buvo nustatytos naudojant įvairius metodus 8,9,10, egzistavimas.

Istoriškai buvo pripažintos, kad keturios filogrupės gali būti aptinkamos naudojant tripleksinį PGR: A, B1, B2 ir D 8,10, o vėliau buvo pridėtos dar trys filogrupės11: filogrupės C (arčiausiai B1), F (kaip filogrupės seserinė grupė). B2), ir E, į kuriuos buvo perskirta daug D narių. Kai kurie tyrimai dar labiau suskirstė šias filogrupes į F ir D poskyrius ir atskiras filogrupes Shigella rūšis 12 . Neseniai Clermont ir kt. 13 apibūdino G filotipą, naudojant multipleksinę PGR kaip tarpinę filogrupę tarp B2 ir F. Manoma, kad šios filogrupės yra monofilinės 10,12 ir iš dalies sutampa su skirtingomis ekologinėmis nišomis ir gyvenimo būdu. Be to, filogrupės skiriasi metabolinėmis savybėmis, virulentiškumo genų buvimu, taip pat atsparumo antibiotikams profiliais 10, 14, 15, 16 .

Kadangi bakterijų genomo sekos nustatymas tampa vis lengvesnis, greitesnis ir pigesnis, buvo sukurti keli viso genomo palyginimo metodai. Taigi filogrupės, kurioms iš pradžių buvo būdingas PGR ir daugialokių sekos tipavimas (MLST) ir daugialokių fermentų elektroforezė (MLEE), atrodo, yra skirtingi filogenetiniai kladai, nuosekliai atkuriami iš įvairių viso genomo metodų 12, 17, 18, 19 .

Čia aprašome išsamią daugiau nei 100 000 viešai prieinamų genomo sekų analizę, kurią sudaro 12 602 surinktos genomo sekos iš GenBank ir daugiau nei 125 000 nesurinktų genomo sekų iš Sequence Read Archive (SRA). Šiame tyrime sujungiamos viso genomo sekos (WGS) ir SRA nesurinkti genomai, naudojant didelio našumo skaičiavimo išteklius, kad būtų atlikta, mūsų žiniomis, iki šiol didžiausia populiacijos struktūros analizė. E. coli. Mes įvertinome genominius panašumus ir skirtumus tarp filogrupių, kad apibūdintume šių skirtingų filogenetinių linijų genetinį nevienalytiškumą. Taip pat nustatėme 14 „medoidinių“ 20 genomų, kurie gali būti laikomi kiekvienos iš mūsų duomenų rinkinio filogrupių genetiniu „centru“ ir gali būti naudojami kaip reprezentatyvi seka susijusiai filogrupei. Be to, šis tyrimas pritaikomas visuomenės sveikatos ir medicinos mokslo srityse, nes jame pateikiama išsami informacija apie esamą E. coli rūšys, leidžiančios visuomenės sveikatos tyrėjams nustatyti patogenines padermes, priklausančias tai pačiai genetinei linijai, atsirandančias protrūkių metu skirtingose ​​laiko ir geografinėse vietose.


Sinuicella denisonii , nauja Peltigeraceae gentis ir rūšis iš Vakarų Šiaurės Amerikos

Naujoji Sinuicella gentis, ankstyva sukcesija kerpė, buvo aptikta plikoje dirvoje Oregone, JAV. Talis yra smulkaus vaismedžio spalvos, nuo pilkos iki beveik juodos spalvos, išsišakojusios izotominės dvilypės, šakos apvalios, 20–90 μm pločio vandenyje. Žievę sudaro susipynusios ląstelės, suformuotos kaip dėlionės gabaliukai. Sporos yra hialininės, 1 pertvaros, 25–40 (–50) × 6,5–9 (–11) μm. Didžiausios tikimybės filogenetinės daugelio lokusų duomenų rinkinių analizės, pirmiausia apimančios visą Peltigerales būrį, o vėliau apsiribojusios Peltigeraceae, imant išplėstinius mėginius iš Solorina ir Peltigera , atskleidė, kad Sinuicella yra už šiuo metu pripažintų genčių, Peltigera sesuo, su dideliu palaikymu. Remdamiesi filogenetiniu, morfologiniu ir ekologiniu Sinuicella išskirtinumu, oficialiai pristatome naują gentį, atstovaujamą vienos rūšies S. denisonii . S. denisonii cianobiontas yra Nostoc iš filogrupės XL, 2 klase, 3 subklade, remiantis rbcLX žymeniu.


Metodai

Iš viso 30 iš eilės pacientų, sergančių CRA (17 vyrų, 13 moterų, 39–79 metų amžiaus, vidutinis amžius 63 ± 9), 30 pacientų, sergančių CRA (23 vyrai, 7 moterys, 38–86 metų amžiaus, amžiaus vidurkis 67 ± 11) ir Į perspektyvų tyrimą buvo įtraukta 20 sveikų kontrolinių asmenų (populiacija, kurios vidutinė rizika susirgti CRC su normaliais endoskopiniais duomenimis ir neigiama CRA, CRC ar uždegiminių žarnyno ligų istorija – 9 vyrai, 11 moterų, 23–84 metų amžiaus, vidutinis amžius 55 ± 15).

Buvo 6 pacientai, sergantys nepažengusia (N-A) ir 24 pacientai, sergantys pažengusia (A) CRA. Išplėstinė CRA yra arba adenoma su žemo laipsnio displazija, didesne nei 10 mm, ir (arba) adenoma su didelio laipsnio displazija bet kokio dydžio ir (arba) adenoma su gaureliu komponentu, randamu histologijoje. Į grupę, sergančią CRC, buvo 4 pacientai, sergantys dešiniuoju CRC, ir 26 pacientai, sergantys kairiuoju CRC. Riba tarp „kairiosios“ ir „dešinės“ dvitaškio buvo ties tiesine dvitaškio lenkimu.

Asmenys, įtraukti į tyrimą, buvo pakviesti atlikti diagnostinę ir (arba) terapinę pankolonoskopiją. Įprastas žarnyno preparatas buvo polietilenglikolio arba natrio fosfato tirpalas. Visiems tiriamiesiems pankolonoskopija buvo atlikta įprastu būdu, esant sąmoningai sedacijai. Vaizdo kolonoskopai Olympus 160 serija (Olympus Corp., Tokijas, Japonija) buvo naudojami po ankstesnės aukšto lygio dezinfekcijos kiekvienam konkrečiam tyrimui (ETD2 ir ETD3 dezinfektoriai Olympus). Gleivinės biopsijos buvo paimtos iš aklosios žarnos, skersinės gaubtinės ir tiesiosios žarnos procedūros metu visiems pacientams / sveikiems kontroliniams asmenims (90 biopsijų pacientams, sergantiems CRA, 90 biopsijų pacientams, sergantiems CRC ir 60 biopsijų kontrolinėje grupėje). Kiekvienai biopsijai buvo naudojamos sterilios biopsijos žnyplės (Olympus). Ankstesniame tyrime patikrinome, ar vidinė žnyplių erdvė išliko sterili, nepaisant to, kad priedas praėjo per darbinį endoskopo kanalą (duomenys nerodomi). Kiekvienas gaubtinės žarnos gleivinės biopsijos mėginys buvo nedelsiant įdėtas į transportavimo kepenimis praturtintą sultinį. Standartinės pirminės kultūros buvo pasėtos į kraują ir MacConkey agarus (37 °C temperatūroje 24 valandas), po to buvo išskirtas standartinis klonas. Iš kiekvieno mėginio (kraujo, MacConkey ir deoksicholato agarų) buvo išskirta iki 7 skirtingų koliforminių bakterijų kolonijų. Vitek2 sistema (BioMérieux, Marcy l'Etoile, Prancūzija) tiksliai nustatė tam tikras bakterijas ir buvo įvertintas padermių jautrumas antibiotikams. Iš viso buvo nustatyti 622 izoliatai: 221 pacientų, sergančių CRA, grupėje, 151 sveikų kontrolinių asmenų grupėje ir 250 pacientų, sergančių CRC. Visos bakterijų padermės buvo tinkamai užšaldytos kriotubeniuose buteliukuose -80 ° C temperatūroje.

Kiekvienos padermės bakteriocinogeniškumas (bakteriocino gamyba), bakteriocinogenotipizavimas (bakteriocino tipo nustatymas) ir E. coli filogrupės buvo toliau tiriamos. Sušaldytos bakterijų padermės buvo išmargintos atskiroms kolonijoms, o viena kolonija buvo panaudota skystos TY terpės, kurioje yra triptono (Hi-Media, Mumbajus, Indija) 8 g/l, mielių ekstrakto (Hi-Media) 5 g/l, ir natrio, inokuliacijai. chloridas 5 g/l. Vėliau agaro plokštelės (turinčiose 1,5 % TY agaro, w/v) buvo pasėtos adatos dūriu šviežiomis sultinio kultūromis ir lėkštelės inkubuojamos 37 °C temperatūroje 48 valandas. Bakterijos buvo nužudytos naudojant chloroformo garus 30 minučių. Kiekviena plokštelė buvo padengta plonu minkšto agaro sluoksniu (0,7 % TY agaro, m/v), turinčio 107 ląstelių/ml indikatoriaus padermės. Tada plokštelės buvo inkubuojamos 37 ° C temperatūroje per naktį. Išskyrus TY agaro lėkštes, bakteriocino gamyba buvo išbandyta santykinai neprisodrintame agare, kuriame buvo Difco™ maistinių medžiagų sultinio (Difco Laboratories, Sparks, MD) 8 g/l, natrio chlorido 5 g/l ir 1,5 % (m/t ) agaras. Indikacinės padermės E. coli K12-Eilutė, E. coli C6 (phi) ir Shigella sonnei 17 buvo naudojami bakteriocino gamybai įvertinti (aplink tiriamą padermę yra augimo slopinimo zona, jei indikatorinė padermė yra jautri tiriamos padermės gaminamam bakteriocinui). Visos šios indikatorinės padermės buvo iš mūsų vidinės padermių kolekcijos. Bakteriocino gamyba taip pat patvirtinta PGR metodais. Bakteriocinogenotipizavimas ir nustatymas E. coli filogrupės buvo tiriamos PGR metodais, naudojant specifinius pradmenis, skirtus kolicino, mikrocino genų (išsamiau žr. 1 ir 2 lentelėse) ir kiekvienam specifiniam genui. E. coli filogrupė [14]. Iš viso 23 atskiri kolicino tipai (kolicinai A, B, D, E1-E9, Ia, Ib, Js, K, L, M, N, S4, U, Y, 5/10) ir 8 mikrocinų tipai (mB17, mC7 , mE492, mH47, mJ25, ml, mM, mV).

Gauti duomenys buvo statistiškai apdoroti naudojant aprašomąją statistiką, nesuporuotą t-testą ir Fišerio tikslų testą naudojant Statistica programinę įrangą. Bakteriocinogeniškumo, kolicinogeniškumo ir mikrocinogeniškumo skirtumai tarp tirtų grupių buvo įvertinti neporiniu t testu (kadangi tai buvo nurodyta kiekvienoje grupėje paimtų biopsijų skaičiumi: 90 prieš 90 prieš 60). Fišerio t testas buvo naudojamas tiriant kiekvieno bakteriocino gamybos skirtumus tarp tirtų grupių (nes tai buvo nurodyta kiekvienoje grupėje asmenų skaičiumi: 30 prieš 30 prieš 20 ir skaičiai buvo nedideli).

Visi į tyrimą įtraukti asmenys buvo suaugę asmenys. Dalyviai buvo tinkamai informuoti ir iš visų įtrauktų tiriamųjų buvo gautas rašytinis informuotas sutikimas dalyvauti tyrime, įskaitant sutikimą su duomenimis ir informacija, kuri turi būti skelbiama anoniminiu būdu. Projektą patvirtino Jungtinis etikos komitetas (Charles University in Praha, Medicinos fakultetas Hradec Kralove & University Teaching Hospital Hradec Kralove). Iš visų gautų duomenų visa asmens tapatybės informacija buvo pašalinta laikantis Čekijos įstatymų dėl konfidencialumo apsaugos.


Kartais taip ilgai darome genetinę genealogiją, kad pamirštame, ką reiškia būti nauju. Kartais su humoru man primena kai kurie klausimai, kuriuos gaunu.

Kai klientams darau DNR ataskaitas, kiekvienas asmuo gauna formą, kurią užpildo keli klausimai, skirti man pasakyti, kokie yra jų testavimo tikslai, ir užduoti bet kokius klausimus. Viena moteris paklausė: „Ar galite papasakoti apie mano psichogrupę?

Maniau, kad ta psichogrupė yra ypač tinkama genealogų, ypač genealogų, grupei, bet nusprendžiau, kad geriau tai palikti.

Tada buvo žmogus, kuris norėjo sužinoti apie savo hologrupę. Pagalvojau, ar man reikia 3D akinių.

Kažkas dar susimąstė apie jų pagalbos grupę. Negalėjau nepagalvoti prisistatyti: „Sveiki, mano vardas Roberta ir aš esu haplogroup J narys“. Tai suteikia naują reikšmę žodžiui „koks tavo ženklas?

Tada buvo asmuo, kuris, nors tai buvo Biblijos nuoroda, Holygroup, ir norėjo sužinoti, kaip jie susisiekė su Biblijos žmonėmis. Na, mes kalbame apie Y linijos Adomą ir mitochondrijų Ievą, tad kodėl kas nors to nepaklaustų?

Tačiau mano mėgstamiausias yra asmuo, kuris nurodė šią priežastį palikti haplogroup projektą, „ne mano glopo“. Ei, bent jau jie tai suprato, priešingai nei tas, kuris mane pavadino KKK nariu, užsiminęs, kad jie nepriklauso konkrečiam projektui. Man pasirodė, kad tai ypač juokinga, atsižvelgiant į mano etninį derinį, paveldą ir šeimą.

Tačiau šiandien, kai mano pusbrolis manęs paklausė, ar haplogrupė seka mitochondrijų DNR, nusprendžiau, kad laikas pakalbėti apie tai, kas yra haplogrupė, šiek tiek istorijos ir kodėl mes jas naudojame. Ir Shanen, ačiū, kad paklausėte!

Pagalvokite apie haplogrupę kaip apie protėvių klaną, didelę šeimą, pavyzdžiui, keltai ar vikingai. Tai būtų didesnės nei indėnų gentys, apimančios daugelio genčių narius. Yra dvi vyrų indėnų haplogrupės, kuriose yra visi indėnų vyrai. Yra dar keli Afrikos klanai arba haplogrupės, bet nedaug.

Yra Y chromosomos klanai, kurie, žinoma, yra tiriami Y DNR testu Family Tree DNR ir paprastai seka tėvo pavarde aukštyn ir žemyn. Y DNR perduodama iš tėvo sūnui tik per Y chromosomą, kurią turi tik vyrai.

Taip pat yra mitochondrijų DNR klanai, kurie buvo patikrinti mtDNR tyrimais, atliekamais Family Tree DNR, kuri seka tiesioginę motinos liniją jūsų šeimos medyje. Tai reiškia, kad jūsų motina, jos motina, jos motina ir tt Moteris perduoda savo mitochondrijų DNR visiems savo palikuonims, vyrams ir patelėms, bet tik patelės perduoda ją.

Žemiau esančioje kilmės diagramoje galite pamatyti Y-liniją, tėvo (mėlyna) ir mitochondrijų, motinos (raudona) linijas.

Tokios įmonės kaip „23andMe“ ir „Geno 2.0“ projektas teikia haplogrupes tiek Y linijos, tiek mitochondrijų DNR, tačiau nė viena iš jų netikrina asmeninių mutacijų, leidžiančių palyginti savo mutacijas su kitų žmonių mutacijomis, kad būtų galima nustatyti genealoginius atitikmenis. Įprasti Y linijos ir mitochondrijų testai Family Tree DNR atlieka tai. Be to, abu taip pat nurodo jūsų haplogrupę arba klaną.

Nauja haplogrupė gimsta, kai įvyksta labai specifinė nauja mutacija. Visi palikuonys turės tą mutaciją. Ta mutacija apibrėžia tą haplogrupę. Taigi, jei šiandien gimtų nauja haplogrupė, sužinotume, kad tai buvo haplogrupė, kol po šimtų ar tūkstančių metų pamatysime, kad daug žmonių turi tą pačią vieno individo mutaciją. Kaip galite įsivaizduoti, daugelis haplogrupių per amžius išmirė, tačiau kai kurios iš jų buvo labai sėkmingos, tai rodo faktas, kad mes visi esame čia šiandien! Maždaug pusė Europos vyrų turi Y haplogrupę R, o mitochondrijų haplogrupė H randama beveik 50 % visų europiečių – abu atitinkamai kilę iš vieno žmogaus prieš dešimtis tūkstančių metų.

Kadangi visa žmonija, tiek vyrai, tiek moterys, iš pradžių kilo iš Afrikos, ten buvo aptiktos ankstyviausios haplogrupės. Kai kurie žmonės nutolo toliau ir persikėlė į Aziją ir Europą, jie sukūrė unikalias mutacijas, kurios sukeltų Europos, Azijos ir Amerikos indėnų haplogrupes, kurias žinome šiandien. Yra 4 pagrindinės grupės: Afrikos, Europos, Azijos ir Amerikos indėnų, tačiau daugumoje šių pagrindinių grupių yra keletas pogrupių, išskyrus vietinius amerikiečius, kurie turi tik dvi vyrų haplogrupes.

Taigi iš esmės haplogrupės yra žmonijos klanų kilmės diagrama. Šeimos medžio DNR rodo haplogrupių diagramą su pagrindinėmis haplogrupėmis, rodomomis kiekvieno asmeniniame Y linijos DNR puslapyje. Jie buvo tiesiog pavadinti abėcėlės tvarka, nesusiję su žodžiu. Taigi ne, A nėra A, nes jis yra afrikietiškas, nors taip yra. N nėra indėnas. E nėra europietis. Jūs gaunate dreifą. Bet koks panašumas yra grynai atsitiktinis.

Jūsų klanas, šiame pavyzdyje, I haplogrupė, rodomas rodykle. Kiekvienas klanas, tiek vyrų, tiek moterų, turi subklanus, dažnai vadinamus Y DNR subklanais arba mitochondrijų DNR pogrupiais. Norėdami pamatyti įvairius I pogrupius, spustelėkite skirtuką ir voila, štai jie yra I haplogrupės pogrupiai. Jūsų yra žemiausia žaliame medyje, šiuo atveju I2b1a1.

Dėl neseniai aptikto dramatiško naujo haplogrupių skaičiaus, būsimos haplotree versijos bus nutolusios nuo raidžių pavadinimų, tokių kaip I2b1a1, ir naudos tik terminalą arba žemiausią šaką SNP, kad nustatytų haplogrupę. Šiuo atveju tai būtų L126 arba L137, kurie yra lygiaverčiai SNP. Taigi ateityje šio asmens haplogrupė bus vadinama I-L126, o ne I2b1a1, nes L126 niekada nepasikeis, bet pavadinimas I2b1a1 pasikeičia kiekvieną kartą, kai tarp I haplogrupės šaknies ir I2b1a1 bus aptikta nauja aukštesnė haplogrupė ir ją reikės įterpti į jos vietą. tinkama vieta medyje.

Kai sužinome daugiau apie pogrupius, kiekvienas iš jų turi savo istoriją, kuri šiek tiek skiriasi nuo kitų pogrupių istorijos. Kai kurie yra akivaizdūs, pavyzdžiui, žydų klasteriai, kai kurie ne tokie. Kiekviena klano istorija apima tai, kaip ta haplogrupė buvo rasta ten, kur ji yra šiandien. Pavyzdžiui, haplogrupė E yra afrikietiška, tačiau haplogrupėje E yra du pagrindiniai skyriai, kurių klanų istorijos labai skiriasi. Viena grupė randama tik Afrikoje į pietus nuo Sacharos, o kita – daugiausia Viduriniuose Rytuose ir Viduržemio jūros baseine ir šnekamojoje kalboje žinoma kaip berberų haplogrupė. Mes vis dar mokomės apie pogrupius, o su Geno 2.0 testu haplotree auga eksponentiškai.

Šeimos medžio DNR nuspėja jūsų klaną arba haplogrupę su bet kokiu Y-DNR tyrimu, jei tiksliai atitinkate 12 žymenų su asmeniu, kuriam buvo atliktas SNP tyrimas. SNP testavimas yra tai, kas tikrina specialią haplogrupę, apibrėžiančią mutacijas. Jei nesutampate, jie nemokamai išbandys SNP, kad nustatytų jūsų pirminę haplogrupę.

Daugelis žmonių perka papildomus SNP testus, kad galėtų toliau apibrėžti savo Y haplogrupę, kad galėtų sužinoti, kur buvo jų protėviai, kada ir ką jie veikė. Pavyzdžiui, žinome, kad SNP M222 prilygsta Niall iš 9 įkaitų istorijoje. Kaip šaunu tai žinoti!

Prieš keletą metų daktaras Dougas McDonaldas surinko šį nuostabų pagrindinių pasaulio haplogrupių žemėlapį. Nors kiekvienai haplogrupei atradome pogrupius, jis vis tiek galioja. Nuo to laiko E3b buvo pervadintas į E1b1b, o ExE3b reiškia haplogrupę E1b1a. RxR1 reiškia haplogrupę R, išskyrus R1a ir R1b, kurios turi savo legendą.

Mitochondrijų DNR taip pat turi haplogrupes, kurios yra klanai. Žemiau esančiame piešinyje daktaro Whit Athey komplimentai, lengviau matyti, kaip atsirado, gimė ir buvo pavadinti dukterų klanai. Dėl pavadinimo modelio tai atrodo šiek tiek mažiau kaip kilmės diagrama ir šiek tiek panaši į žvaigždes, planetas ir mėnulius.

Vienas skirtumas tarp Y linijos DNR ir mitochondrijų DNR klanų yra tas, kad nors jie visi šiuo metu pavadinti abėcėlės tvarka, mitochondrijų klanai turi pavadinimus. Tai dėka daktaro Bryano Sykeso, kuris parašė knygą „Septynios Ievos dukros“, išleistą 2001 m. Pavyzdžiui, jis pavadino H haplogrupę Helena, nes Helena graikiškai reiškia šviesą. Jis papasakojo šiek tiek tikslias istorijas apie kiekvieną klaną ir, nors dabar gana moksliškai datuojamas, apibūdino kiekvieno klano gyvenimą poledyninėje Europoje. Ši knyga buvo pirmoji knyga apie DNR, pasiekusi populiarųjį skaitytoją, ir sulaukė didžiulės sėkmės, nes ji humanizavo mokslą ir normalius oru kvėpuojančius žmones. Per jo įmonę užsisakiau pirmąjį mitochondrijų DNR testą ir gavau vieną puslapį su sekmadienio mokyklos auksine žvaigždute raudoname taške J haplogrupei.

Tuo metu buvau sujaudintas, bet laikai labai pasikeitė. Dėl mokslinių tyrimų pažangos ir naujų subkladų apibrėžimo, daugiausia dėl tokių piliečių mokslininkų kaip jūs, dabar žinau, kad dėl visos sekos mitochondrijų DNR testo esu J1c2f haplogrupė.

Skirtingai nuo Y linijos DNR, norint visiškai nustatyti mitochondrijų DNR haplogrupę, nereikia papildomo SNP tyrimo. Atlikę visą mitochondrijų sekos testą (mtFullSequence) šeimos medžio DNR, automatiškai gausite išsamiausią, pilną haplogrupės pavadinimą. Naudodami HVR1 (mtDNA) ir HVR2 (mtDNAPlus) testus, gausite bent bazinę haplogrupę. Norint nustatyti visą haplogrupę, reikalinga visa seka.

Norėdami tai suprasti, pagalvokite apie savo mitochondrijų DNR kaip apie laikrodžio ciferblatą. Jūsų mitochondrijų DNR iš viso yra 16 569 vietos. HVR1 bandymas tikrina vietų skaičių nuo 11:55 iki vidurdienio, o HVR2 bandymas – vietų skaičių nuo vidurdienio iki 12:05. Atliekant visos sekos testą, patikrinama visa kita, 50 valandų valandos balansas.

„Family Tree“ DNR yra vienintelė komercinė testavimo įmonė, siūlanti visą sekos testą.

As more discoveries are made for both male and female haplogroups, the subgroup names sometimes change within the clan or main haplogroup because new branches get inserted in the tree as they are discovered.

For example, from a scientific paper, here’s an early version of the haplogroup H mitochondrial phylotree which is what the haplotree is called for mitochondrial DNA.

You wouldn’t even be able to see today’s version, because the print would have to be miniscule to fit it on the page. In Dr. Behar’s paper, “A ‘Copernican’ Reassessment of the Human Mitochondrial DNA Tree from its Root” published in April 2012, the supplemental material records haplogroup H87. Most of those subgroups have subgroups of their own, like you can see above, and those that don’t today soon will as new discoveries are made.

Now that you know what a haplogroup is, there’s a lot you can do with both mitochondrial and Y-line DNA results.

Even if you do nothing more, it’s fun to identify your clan. It’s the only way of extending our genealogy back in time beyond surnames. For me, to connect my last known maternal ancestor, Elisabetha Mehlheimer, born in or near Goppsmannbuhl, Germany around 1800 to the cave paintings in Chauvet, France created about 12,000 years ago was a magical moment, a reach across time through a tenuous umbilical strand allowing me to identify and touch my 12,000 year-old ancestor. In my wildest genealogist dreams, I never dreamed this could or would ever be possible and indeed, it wouldn’t be, were it not for the genetic genealogy tools we have today.

I receive a small contribution when you click on some of the links to vendors in my articles. This does NOT increase the price you pay but helps me to keep the lights on and this informational blog free for everyone. Please click on the links in the articles or to the vendors below if you are purchasing products or DNA testing.


Rezultatai

Mycobiont Phylogeny and Species Delimitation

Based on the BP&P species validation method, section Chloropeltigera comprised eight well-supported lineages (i.e., speciation posterior probability 𢙐.95), which might represent species (Figure ​ (Figure1). 1 ). P. leucophlebia sensu lato was recovered as non-monophyletic because it comprised P. latiloba (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). Most analyses split P. leucophlebia s. l. (Figure ​ (Figure1) 1 ) into five to six distinct lineages. However, a few conflicts were observed between the species delimitation schemes inferred with the discovery methods and their validation with BP&P (e.g., the split between P. leucophlebia 3 ir P. leucophlebia 4). Newly delimited lineages within P. leucophlebia s. l. were well supported (bootstrap values above 75%), except for the monophyly of P. leucophlebia 2, which received a bootstrap support of 54% (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). The monophyly of P. latiloba was recovered with bootstrap support of 67% and was nested inside P. leucophlebia s. l. (Figure ​ (Figure1 1 and Supplementary Figure S1). Four of the discovery analyses split this species into two distinct lineages, i.e., specimen P6080 represents one lineage distinguishable from the remaining individuals that form a well-supported clade. However, BP&P merged these two lineages into one (pp = 0.96 Figure ​ Figure1). 1 ). The bGMYC analysis performed on the ITS matrix for sections Chloropeltigera ir Peltidea (combined) delimited the same species as the BP&P analysis restricted to section Chloropeltigera (result not shown).

Maximum likelihood phylogeny of Peltigera section Chloropeltigera (mycobiont) based on six combined loci. Species were delimited by implementing discovery (PTP and bGMYC) and validation (BP&P) methods on 42 specimens from section Chloropeltigera. Representatives of sections Phlebia ir Peltidea were used as outgroup (Magain et al., 2017a). Numbers above branches are bootstrap proportions and thick branches represent nodes with bootstrap values �%. Gray bars represent species delimitation scheme inferred by each method. Boxes indicate species delimitation based on BP&P. Arrows indicate the three putative cryptic clades within P. leucophlebia s. lat. reported in O𠆛rien et al. (2009).

Photobiont Identity

Eighty Nostoc rbcLX sequences, obtained from the three sections of the genus Peltigera with trimembered lichens, clustered in 12 monophyletic groups (Nostoc phylogroups) in the ML tree (Figure ​ (Figure2), 2 ), following phylogroups designation sensu Magain et al. (2017a). Seven of these phylogroups had strong bootstrap support (�% Figure ​ Figure2). 2). Two of these phylogroups (III and IV) are part of Nostoc clade 2 subclade 2 sensu Otálora et al. (2010), while the remaining phylogroups belong to Nostoc clade 2 subclade 3 (Figure ​ (Figure2). 2 ). Three sequences that could not be assigned to any known phylogroup (i.e., phylogenetically placed outside existing and newly defined phylogroups) were labeled using an rbcLX unique haplotype number (Supplementary Table S1).

Nostoc rbcLX maximum likelihood phylogeny. Clades highlighted with colors on the complete tree, without tip labels, on the left, correspond to the phylogroups associated with Peltigera species included in this study. Detailed tip labels are shown on the clades on the right. Top left Roman numerals correspond to the Nostoc phylogroup numbering system initiated by O𠆛rien et al. (2013) and further developed by Magain et al. (2017a). Tip label names correspond to the mycobiont forming the thallus within which the Nostoc strain was sequenced. Names in bold correspond to the sequences generated in this study. Thick branches represent bootstrap support �%.

The ITS phylogeny for Coccomyxa (Figure ​ (Figure3) 3 ) revealed the same major clades and all species-level phylogenetic relationships reported by Malavasi et al. (2016). Newly added sequences from trimembered Peltigera species fell inside two strongly supported species: C. solorinae ir C. subellipsoidea. The latter clade comprises photobionts associated with lichen-forming fungi from both Ascomycota and Basidiomycota phyla, whereas C. solorinae has been found only in association with Ascomycota fungi (Figure ​ (Figure3 3 ).

Coccomyxa ITS maximum likelihood phylogeny. Thick branches represent �% bootstrap support. Labeled clades correspond to species delimited by Malavasi et al. (2016). Clades highlighted with colors correspond to species found in association with trimembered Peltigera rūšių. Names in bold correspond to the sequences generated for this study and refer to the mycobionts forming the thalli containing the green alga (phycobiont) Coccomyxa. Open circles, Ascomycota mycobiont Closed circles, Basidiomycota mycobiont.

Symbiotic Specificity and Geographic Patterns

Peltigera species from section Chloropeltigera were found in association with nine Nostoc phylogroups, each species associating with up to seven phylogroups (no data were available for P. nigripunctata s. str.) (Figure ​ (Figure4). 4 ). Species in section Peltidea were found in association with four phylogroups, each species associating with no more than two phylogroups. The cyanobiont from the only individual of P. venosa (section Phlebia) studied by us was identified as a rare Nostoc phylogroup (XLIV). Phylogroups (III and IV) from Nostoc clade 2 subclade 2 (Figure ​ (Figure2) 2 ) are associated exclusively with Peltigera species from section Peltidea, whereas phylogroups from Nostoc clade 2 subclade 3 were found in association with species from all three sections (Chloropeltigera, Phlebia ir Peltidea).

Unrooted maximum likelihood phylogenetic relationships among the three Peltigera sections that include trimembered thalli. Thick branches represent �% bootstrap support. Bars on the right indicate the proportion of Peltigera specimens associating with Nostoc phylogroups, Coccomyxa species, and inhabiting various geographic regions. Only specimens with sequence data from at least one photobiont were considered when calculating these proportions. We divided the distribution ranges of our samples into ten broad geographic regions based on latitudinal, oceanic and orographic conditions: Alaska (ALA), Alberta (ALB), Arctic (ARC), Central Europe (CE), Eastern North America (ENA), Mid-Western North America (MWNA), Northern Europe (NE), Pacific North West (PNW), Russia (RUS), and South East Asia (SEA). The Assigned regions for each specimen are listed in Supplementary Table S1. N, Sample size N/A, Not applicable.

Abu Coccomyxa solorinae ir C. subellipsoidea were present in all three Peltigera sections without any obvious patterns of specificity toward a single fungus or cyanobiont (Figure ​ (Figure4). 4 ). However, some mycobiont species showed preference for one of the two Coccomyxa species, e.g., P. leucophlebia 3 was always found with C. subellipsoidea, tuo tarpu P. leucophlebia 6 was found with C. solorinae.

Apskritai, Peltigera species within these three sections, and their Nostoc phylogroups, have wide geographic distributions, except P. chionophila ir P. nigripunctata s. str. 1 which are restricted to the Pacific North West (PNW) and South East Asia (SEA), respectively (Figure ​ (Figure4 4 and Supplementary Table S1). Coccomyxa solorinae was present in every sampled region whereas C. subellipsoidea was only found in North America (Supplementary Table S1).

Proportion of Sexual vs. Asexual Reproduction

A significant positive correlation (p < 0.05) was found between the proportion of specimens with apothecia and ITS haplotype diversity (H) in species from sections Chloropeltigera ir Peltidea (Figure ​ (Figure5B). 5B ). There were twice as many ITS haplotypes in section Chloropeltigera as in section Peltidea when accounting for sample sizes (Figure ​ (Figure5C). 5C ). The proportion of specimens with apothecia in section Chloropeltigera (0.39) was nearly twice as large as for section Peltidea (0.21 Figure ​ Figure5D). 5D). In general, species from section Chloropeltigera showed higher ITS haplotype diversity and higher proportion of specimens with sexual structures (apothecia) than most species from section Peltidea (Figure ​ (Figure5B 5B ).

Assessment of specificity and reproductive mode in sections Chloropeltigera ir Peltidea. (A) Rarefaction curve showing the distribution of the number of Nostoc phylogroups as a function of the number of samples per section. Shaded areas represent the 95% confidence intervals. (B) Correlation between ITS haplotype diversity and frequency of occurrence of apothecia. Each square represents a species. Only species with more than 20 specimens were considered for this analysis. Correlation test p < 0.05 R 2 = 0.5554. (C) Rarefaction curve showing the distribution of the number if ITS haplotypes as a function of the number of samples per section. Shaded areas represent the 95% confidence intervals. (D) Frequencies of specimens with apothecia in sections Chloropeltigera ir Peltidea.


Shared Flashcard Set

Setae extending from Parapodia. Water regulation and excretion by Metanephridia out nephridiopores.

Ganglia coordinate locomotion hydrostatic skeleton with longitudinal and circular muscles. Closed Circulatory system[image]

Errant: sensory organs, parapodia with prominent setae all needed to be ACTIVE PREDATORS

Sedentary: (think sediment) only have shadow reflex, filter feed, reduced setae, many protect themselves in tubes or shells: such as the SPIROBIS species[image][image]

3 characteristics of Leeches.

Saliva contains 3 things: anasthetic, capillary dilator, anti-coagulant.

Hirudinea, a Clitellata subclade.

Echiura is closest (spoon/Fat Innkeeper Worm)

How do earthworms reproduce?

Where can you find a spoon worm around here?

Resemble colonial hydrozoan cnidarians, but have lophophore.

Have a CALCAREOUS or PROTEINACEOUS exoskeleton with closable OPERCULUM.

Reproduce via sexual zooids.[image]

Look a lot like bivalves, but w/o the same symmetry. They attach to substrate w/ pedicel.